Prawdziwa historia rodu Borgiów

Po zażartej kłótni z della Rovere Rodrigo przekonuje papieża Innocentego, by nadał królowi Ferdynandowi i królowej Izabeli z Hiszpanii tytuł „Króla i Królowej Katolickiej”. Medyceusze udzielają zbankrutowanemu Innocentemu pożyczki na spłatę długów hazardowych jego syna w zamian za fotel kardynalski dla Giovanniego de Medici. Rodrigo ujawnia, że jeśli zostanie papieżem, zamierza odbudować Bazylikę św. Piotra.

Alessandro i Cesare odwiedzają wiedźmę, by poznać przyszłość Cesarego. Kobieta przepowiada, że w ciągu lata wydarzy się pięć zgonów, które odmienią jego życie. Borgiowie, Orsini, Medyceusze i Cibo świętują nowy sojusz przy wspólnym stole: Giovanni de Medici jest już kardynałem, Juan zostaje księciem Gandii, a Maddalena de Medici poślubia syna papieża, Franceschetta Cibo.

Dzwony biją na znak tymczasowego zażegnania zamieszek. Cesare wraca do Pizy, gdzie potajemnie spotyka się z ciężarną Fiamettą, bojąc się, że Rodrigo dowie się o jego nienarodzonym synu.

Konklawe trwa, ponieważ żaden z kardynałów nie uzyskał wystarczającej liczby głosów, by zasiąść na tronie Piotrowym. Rodrigo odwiedza della Portę, licząc na jego poparcie, i przedstawia konsekwencje wyboru innych kandydatów: wojnę z Neapolem lub Mediolanem i rzeź Rzymu. Podkreśla przy tym swoją neutralność, przekonując, że to on nadaje się najlepiej.

Cesare i Alessandro docierają do Spoleto, gdzie Rodrigo kazał im zostać do odwołania. Poznają tam nowego sekretarza Cesarego, Agapita Geraldiniego. Rodrigo zostaje koronowany na papieża i ogłasza zamiar odbudowy Bazyliki św. Piotra ze środków z rocznej dziesięciny od każdego kardynała. Ku przerażeniu Burcharda na zarezerwowane tylko dla mężczyzn obchody w Pałacu Apostolskim zjawia się Giulia.

Ambasador Hiszpanii De Haro ogłasza odkrycie Nowego Świata przez słynnego odkrywcę, Cristoforo Colombo. Jeśli Rodrigo uzna hiszpańskie roszczenia za prawomocne, król Ferdynand odda Juanowi rękę księżniczki Marii Enriques de Luny. Rodrigo dzieli Nowy Świat między Hiszpanię i Portugalię za pomocą cyrkla, faworyzując Hiszpanię, ale zachowując pozory bezstronności.

Podczas konsystorza Carafa ogłasza śmierć króla Neapolu, Ferrante. Kardynałowie spierają się o prawowitego następcę tronu: syna Ferrante, księcia Alfonso d'Aragonę, czy też króla Francji Karola. Kardynał della Rovere opowiada się za Karolem, mimo nowych powiązań Rodrigo z Alfonso. Obrady dobiegają końca, a della Rovere wyrusza poinformować króla Karola, że Rodrigo zamierza dokładnie przeanalizować oba roszczenia.

Mediolan, della Rovere, Colonnowie oraz Orsini sprzymierzają się z Francją. Wenecja, Hiszpania i Święte Cesarstwo Rzymskie nadal nie opowiadają się po żadnej ze stron.

Gdy Giulia rodzi dziecko, Rodrigo i pozostali kardynałowie naradzają się w obliczu wojny. Della Rovere szykuje się do przejęcia władzy papieskiej. Zmieniając taktykę, Rodrigo zezwala Karolowi na przemarsz przez Rzym.

We francuskim obozie Djem dowiaduje się, że jego brat Bajazyd zamordował mu syna. Zrozpaczony, zapada na zdrowiu. Cesare wykorzystuje okazję do ucieczki i donosi Lucrezii, że d'Este leży w rzymskim szpitalu. Lucrezia udaje się do niego i dowiaduje się, że cierpi on na „francuską chorobę”. Złamana wiadomością o jego niewierności, prosi Rodrigo o pozwolenie na wstąpienie do klasztoru.

Dowiedziawszy się, że jego żona zmarła przy porodzie, wściekły Juan ma pretensje do Lucrezii o jej udział w ucieczce Marii Enriques. Zdruzgotana Lucrezia nie zamierza rezygnować z życia zakonnego i udaje się do Lucii, by dowiedzieć się, jak „zasłużyć” na stygmaty. Kardynał Carafa oznajmia, że lud Neapolu obwołał swoim królem Federiga d'Aragonę.

Rodrigo przemawia do kardynałów. Po otrzymaniu listu kondolencyjnego od della Rovere zaprasza go z powrotem do Rzymu i odprawia Giulię. Kiedy Cesare wyjawia mu, że Juan zabił ich przyrodniego brata Pedra Luisa, Rodrigo odsyła go do Walencji. Papież nie zgadza się na ślub Lucrezii z Pedro Caldesem. Nakazuje jej wstąpić do klasztoru i zaopiekować się osieroconymi dziećmi Juana.

Rodrigo Borgia, papież Aleksander VI, wciąż nie może pogodzić się ze stratą syna, Juana. Wszystko wskazuje na to, że władza zaczyna wymykać mu się z rąk.

Kiedy Rodrigo skazuje mężczyznę na śmierć za homoseksualizm, Della Rovere obmyśla podstępny plan, by pozbyć się papieskiego sekretarza, Gaceta.

Pod koniec Wielkiego Postu ulewne deszcze zalewają Rzym. Na dodatek w mieście wybucha panika z powodu mitycznego stwora z głową muła, który ma zagrażać mieszkańcom.

We Florencji Savonarola wysyła dominikanina, by ten zastąpił go w próbie ognia; z kolei miejsce Cesarego zajmuje franciszkanin.

Gdy Cesare wraca do Rzymu, miasto wita go po królewsku. Mężczyzna uważa swój sukces w starciu z Savonarolą za punkt zwrotny w swoim życiu.

Rodrigo musi polegać na swoim sekretarzu Gacecie bardziej niż kiedykolwiek. Chcąc położyć kres pontyfikatowi Rodrigo, Della Rovere próbuje zdobyć kompromitujący go dokument.

Otruczony Rodrigo zmaga się z halucynacjami i kompromituje się publicznie, decyduje się więc na kurację odtruwającą.

Podczas wystawiania publicznego moralitetu dochodzi do ataku na papieża. Oburzeni kardynałowie podejrzewają, że przyczyną jest sojusz rodu Borgiów z Francją.

Znudzony pobytem na francuskim dworze w Lyonie Cesare prosi króla Ludwika o armię, która zmusi włoskie prowincje do ugody.

Cesare szykuje się do wymarszu na Mediolan i wymusza na weneckim ambasadorze obietnicę powstrzymania niemieckich wojsk, gdyby te ruszyły miastu z odsieczą.

Cesare szkoli prywatną armię na wypadek, gdyby Ludwik nie przysłał obiecanych wojsk. W tym czasie Lucrezia przysłuchuje się, jak jej matka odmawia różaniec przy grobie Juana.

Świętując zwycięstwo w Mediolanie, Cesare wzywa do siebie Leonarda da Vinci, chcąc powierzyć mu zaprojektowanie nowatorskich machin wojennych.

Rodrigo wraca z klasztoru i mianuje Lucrezię Pierwszą Doradczynią, podczas gdy Cesare kontynuuje wyprawę wojenną, by podporządkować sobie zbuntowane prowincje.

Cesare czeka na odpowiedź na swoje ultimatum postawione Florencji. W tym czasie Rodrigo ciężko choruje, a Lucrezia zostaje wciągnięta w polityczne rozgrywki o podłożu seksualnym.

Nowa kochanka Cesarego może wywołać incydent dyplomatyczny, a rodzina Borgiów musi zmierzyć się z publicznymi oskarżeniami o rozpustę.

Kiedy jeden z dowódców Cesarego zdobywa miasto bez pozwolenia, ten musi udobruchać władcę. Syn Lucrezii ulega groźnemu, potencjalnie śmiertelnemu wypadkowi.

Podczas gdy Rodrigo prowadzi delikatną grę polityczną, Leonardo da Vinci oferuje Cesaremu potężną broń, a w rodzinie Borgiów dochodzi do morderstwa.

Poza granicami Włoch rodzi się bunt, a kardynałowie obawiają się utraty wpływów. W tym samym czasie ruszają przygotowania do kolejnego małżeństwa Lucrezii.

Cesare traci kochankę i córkę, co prowadzi do bolesnej porażki, a zaręczyny Lucrezii komplikują się pod względem politycznym i emocjonalnym.

W przededniu ślubu Lucrezii zbuntowani generałowie Cesarego wzniecają przeciwko niemu powstanie, a bliscy Rodriga knują za jego plecami.

Spotkanie Lucrezii z nową rodziną przynosi mieszane skutki, a w Rzymie epidemia malarii pociąga za sobą historyczne konsekwencje dla rodu Borgiów.

Śmierć Rodriga wywołuje chaos na wielu frontach i zmusza Cesarego do wejścia na wyżyny dyplomacji, gdy stawka staje się coraz wyższa.

Po wyborze nowego papieża ład zaczyna się rozpadać, a Cesare ma przeciwko sobie więcej silniejszych niż kiedykolwiek wrogów.

Cesare staje przed sądem pod zarzutem zdrady Stolicy Apostolskiej i złamania dziesięciu przykazań, a oskarżycielem jest jego dawny przyjaciel, Niccolo Machiavelli.

Cesare zostaje przewieziony do La Manchy i staje przed sądem inkwizycji, podczas gdy Lucrezia musi sięgnąć po radykalne środki, by ratować swoje małżeństwo.

Dopełnia się ostateczny los Cesarego, a Lucrezia próbuje zrozumieć historię swojej rodziny i odnaleźć się w nowej rzeczywistości.