Rurouni Kenshin

11 rok ery Meiji w centrum Tokio. Kaoru Kamiya, działająca mistrzyni stylu "Kamiya Kasshin-ryu", ścigała "Hitokiri Battosai", który twierdził, że jest użytkownikiem jej stylu miecza. Pewnej nocy Kaoru spotyka mężczyznę niosącego miecz. Natychmiast zagaduje mężczyznę, ale ten wydaje się nie mieć absolutnie żadnej woli walki. "Czy to jest ten Hitokiri Battosai, o którym krążą plotki?" Gdy Kaoru przygląda mu się z powątpiewaniem, mężczyzna przedstawia się jako Kenshin Himura, "Rurouni".

Minął tydzień od rozwiązania sprawy zabójstwa na rozdrożu, w której nazwa Kamiya Kasshin-ryu została podstępnie wykorzystana. Chociaż nazwa Kamiya Dojo została oczyszczona, nie ma żadnych oznak wzrostu liczby uczniów Kaoru. Przechodzący chłopak, Yahiko Myojin, kradnie portfel Kenshina. Kenshin oddaje mu portfel, mówiąc, że to jego wina, że pozwolił go ukraść. Yahiko jest oburzony traktowaniem go jak dziecko, ale ma powód, by odebrać pieniądze.

Kenshin porusza serce Yahiko, który postanawia rzucić kradzież kieszonkową. Yahiko odmawia zapłacenia Kanto Shueigumi i opiera się ich żądaniom, ale zostaje pobity. Kenshin przychodzi mu na ratunek i rozwiązuje sprawę. Żałując, że nie mógł sam rozwiązać problemu, Yahiko pragnie stać się silniejszy. Widząc to, Kenshin zabiera Yahiko do Kamiya Dojo.

Kenshin, Kaoru i Yahiko odwiedzają Akabeko, restaurację z gorącą wołowiną, gdzie grupa działaczy na rzecz praw demokratycznych wdaje się w ostrą kłótnię. Jeden z nich rzuca butelką sake, która trafia w Kenshina, powodując zamieszanie. Sanosuke Sagara, który akurat był w sklepie podczas kłótni, wstał i zdmuchnął aktywistów jednym uderzeniem w czoło. Widząc siłę Kenshina, Sanosuke poczuł ciekawość i zapytał: "Chcesz kupić ode mnie walkę?".

Kenshin konfrontuje się z Sanosuke, który z łatwością włada gigantycznym Zanbato. Jednak Sanosuke pokazuje swoją niesamowitą wytrzymałość po tym, jak z łatwością wytrzymuje uderzenie Kenshina. To sprawia, że Kenshin wymierza mu serię ciosów i Sanosuke pada na ziemię. Przez chwilę wydawało się, że zwycięstwo jest przesądzone. Jednak gdy Sanosuke jest oszołomiony, przypomina sobie powód swojej obsesji na punkcie zwycięstwa, swoją przeszłość sprzed dziesięciu lat, kiedy był w armii Sekiho...

Kenshin otrzymuje od szefa policji prośbę o pomoc w ujęciu "Kurogasy", seryjnego mordercy, który wielokrotnie atakował byłych wojowników Rewolucji. Kenshin i Sanosuke idą eskortować Jusanro Tani, który otrzymał list zawierający groźbę śmierci. Zgodnie z ostrzeżeniem zawartym w liście, punktualnie o 1:00 w nocy pojawia się Kurogasa. Jego prawdziwą tożsamością był Jine Udo, włóczęga, który wyrobił sobie markę w branży zabójstw od czasów Bakumatsu Era.

Wiedząc, jak silny był Kenshin, gdy był Hitokiri Battosai, Jine bierze Kaoru jako zakładnika, aby podsycić gniew Kenshina. Obaj wdają się w zaciekłą walkę. Jednak Jine, wierząc, że Kenshin nie odzyskał jeszcze swojej dawnej siły, zadaje Kaoru Nikaido Heiho "Shin no Ippo", powodując, że przestaje oddychać. Mając tylko dwie minuty do śmierci Kaoru z powodu uduszenia, gniew Kenshina sięga zenitu.

Przyjaciel Sanosuke zmarł z powodu przedawkowania opium. Kenshin i Sanosuke nie wiedzą jednak, jak udało mu się zdobyć narkotyk, ponieważ opium jest zakazane i zbyt drogie, by przeciętny człowiek mógł sobie na nie pozwolić. Wtedy pojawia się przed nimi tajemnicza kobieta, Megumi Takani. Kenshin i pozostali walczą z prywatną armią Kanryu Takedy, która próbuje schwytać Megumi. Megumi ma jednak przy sobie opium...

Hyottoko, członek grupy Oniwaban, napada na Kamiya Dojo, gdzie ukrywa się Megumi. Wypuszcza swój specjalny atak "Ognisty Oddech", w którym zionie ogniem z ust na Kenshina i Sanosuke. Przewidując porażkę Kenshina i reszty po pojawieniu się potężnego szpiega średniej rangi, Megumi próbuje uciec z miejsca zdarzenia, ale Kaoru zatrzymuje ją i mówi: "On walczy dla ciebie", mówiąc jej, by wierzyła w siłę Kenshina.

Prześladowcy z grupy Oniwaban nie pojawili się od ponad tygodnia, a w tym czasie Megumi zapoznała się z grupą Kamiya Dojo. Jednak Sanosuke wciąż czuł się zaniepokojony i sfrustrowany, wiedząc, że to Megumi wyprodukowała opium, które spowodowało śmierć jego przyjaciela. Pewnego dnia Megumi nagle znika. W liście, który od niej znaleźli, było napisane, że odeszła z własnej woli, ale Kenshin i inni uznali to za nienaturalne. Postanawiają udać się do rezydencji Kanryu Takedy, człowieka, który wysyłał za nią szpiegów.

Kenshin, Sanosuke i Yahiko próbują odbić Megumi z rezydencji Kanryu. Na ich drodze staje Han'nya, szpieg grupy Oniwaban. Potraktował Kenshina swoimi umiejętnościami sztuk walki i "Zaklęciem Rozszerzającym Ramiona", ale Kenshinowi udało się go pokonać, gdy odkrył sekret techniki podczas walki. Gdy już wydawało się, że bitwa dobiegła końca, Han'nya zdejmuje maskę i ujawnia swoje prawdziwe oblicze.

W końcu Kenshin staje do walki z Aoshi Shinomori, szefem grupy Oniwaban. W erze Bakumatsu obsesyjnie walcząca "grupa Oniwaban" straciła sens istnienia po poddaniu zamku, któremu służyli, nie będąc nawet w stanie walczyć. Aoshi nie jest w stanie znieść tego żalu i usilnie dąży do zdobycia tytułu najsilniejszego wojownika. Jako były wojownik Rewolucji, Kenshin nie może tolerować konfliktu bez moralności. Dwóch mężczyzn, dla których zabijanie stało się zawodem w erze Bakumatsu, ściera się ze sobą, narażając swoją dumę.

Aby zabić Kenshina, Kanryu używa działka Gatlinga i zasypuje go gradem pocisków, nie bacząc na to, że dowodzona przez niego grupa Oniwaban również zostanie trafiona tym atakiem. W obliczu tego niecnego czynu, grupa Oniwaban w pełni wykorzystuje swoje indywidualne umiejętności, aby przeciwstawić się działku Gatlinga. W tym momencie cel ich i Kenshina staje się jeden. Kenshin i grupa Oniwaban łączą siły, by stawić czoła przytłaczającej sile nowoczesnej broni.

Yahiko, jedyny uczeń Kamiya Dojo, zaczął od czasu do czasu odchodzić od treningu. Mówi, że po prostu idzie na spacer, ale jasne jest, że traktuje swój trening szermierki bardzo poważnie i nie wygląda na to, że opuszcza trening, aby się zrelaksować. Zaciekawieni tym, co robi, Kenshin, Kaoru i Sanosuke postanawiają go śledzić. Jaki dokładnie jest powód ucieczki Yahiko?

Kaoru, Kenshin i Yahiko odwiedzają Maekawa Dojo na sesję treningową. Dojo jest bardzo ożywione, a trening Kaoru jest dobrze przyjmowany przez uczniów innych stylów miecza. Wtedy do środka wdziera się szermierz o imieniu Isurugi Raijuta. Mówi, że martwi się o przyszłość sztuki miecza, a mężczyzna, noszący tylko prawdziwy miecz, odrzuca pomysł pojedynku na bambusowe miecze. Aby pokonać pretendenta, Maekawa, mistrz Maekawa Dojo, podejmuje walkę z Raijutą, ale...

Raijuta, który chce ożywić morderczy miecz, uważa Kenshina, który zaprzecza jego pomysłowi, za wroga. Raijuta rozpoczyna walkę, używając swojego prawdziwego miecza, ale Kenshin zadaje cios, który łamie miecz Raijuty i powstrzymuje dalszą eskalację sytuacji. Po pewnym czasie do Kamiya Dojo przybywa Yutaro, chłopak, który twierdzi, że jest uczniem Raijuty. Twierdzi, że przyszedł wyzwać Yahiko, z którym się nie dogaduje, na pojedynek, ale sposób, w jaki Yutaro trzyma swój bambusowy miecz, nie jest dobry...

Yutaro został ciężko ranny mieczem Raijuty i to tak poważnie, że już nigdy nie będzie w stanie machać mieczem tą ręką. Chociaż Yahiko do tej pory ciągle nie zgadzał się z Yutaro, bardzo dobrze rozumiał, co znaczy dla niego szermierka. Bierze Yutaro za rękę i wyprowadza go z pokoju medycznego, aby mogli być świadkami ostatecznej bitwy pomiędzy Kenshinem i Raijutą. Głęboko w nocy, na leśnej ścieżce, rozpoczyna się pojedynek Kenshina i Raijuty.

Sanosuke odwiedza restaurację sukiyaki Akabeko, w której zawsze zostawia rachunek. Jedna z pracownic Akabeko, Tae, prosi go, by w jej imieniu kupił obraz Nishiki w sklepie z obrazami. Chociaż Sanosuke nie interesował się obrazami, znalazł w sklepie jeden, który przykuł jego uwagę. Był to obraz człowieka, którego uważał za swojego mistrza, kiedy był członkiem armii Sekiho, kapitana Sagary. Z błyskiem w oku, Sanosuke udaje się na spotkanie z twórcą obrazu.

Tsunan pragnie oczyścić się z dziesięcioletniego, nierozwiązanego żalu związanego z armią Sekiho. Wczuwając się w jego sytuację, Sanosuke dołącza do Tsunana, planując atak na Ministerstwo Spraw Wewnętrznych. Jednak Kenshin czekał na nich wewnątrz budynku, aby ich powstrzymać. Widząc byłego rewolucyjnego wojownika stojącego im na drodze, w ten sam sposób, w jaki stawiali czoła rewolucyjnym wojownikom, gdy byli w armii Sekiho, duch walki Tsunana płonie. W Kenshina zostaje rzucona seria ładunków wybuchowych.

Kenshin i grupa spędzają razem czas przy herbacie. Grupa prosi Kenshina o przedstawienie ciekawej historii z jego podróży, szczególnie prosząc o "historię, która jest niezwykła, zabawna i zawiera pokonanie złoczyńcy". Odpowiadając na ich prośby, Kenshin postanawia opowiedzieć im o kimś, kogo spotkał, gdy odwiedzał obcą osadę w tętniącej życiem Jokohamie. Był to zagraniczny lekarz o imieniu Elder, który zawsze nosił maskę.

Obecny Kenshin porzucił swoją przeszłość zabijaki i zapragnął pokojowego świata. Chociaż Elder patrzył na niego z zakłopotaniem, Kenshin wiedział, że Elder również podziela to samo pragnienie zdrowego społeczeństwa i poczuł z nim więź. W międzyczasie inny lekarz, Deian Ishizu, planował pozbyć się Elder, ponieważ Elder nie szukała zysku pieniężnego w zamian za swoje usługi medyczne, a Deian uważał, że zakłóca to jego działalność. Deian zatrudnia Espirala, mistrza szermierki zachodniej, aby pozbył się Elder. Wygląda jednak na to, że Espiral ma zupełnie inny motyw podjęcia się tego zadania...

Kenshin ma sen, w którym wspomina Shinsengumi, z którymi walczył, gdy był wojownikiem rewolucyjnym. Shinsengumi to grupa wysoko wykwalifikowanych szermierzy, z którymi walczył na równi, gdy był Hitokiri Battosai. Czuje się zaniepokojony i zastanawia się, dlaczego nagle sobie o nich przypomniał. Gdy napięcie nie słabnie, tajemniczy mężczyzna o wyjątkowych oczach składa wizytę w Kamiya Dojo, gdy Kenshina, Kaoru i Yahiko nie ma w domu. Kiedy spotyka Sanosuke, który akurat był w Dojo, twierdzi, że jest Goro Fujitą, sprzedawcą leków, ale...

Po pokonaniu Arundo Akamatsu, Kenshin wraca do Kamiya Dojo i widzi Hajime Saito. Hajime przedstawił się Kaoru i Yahiko jako Goro Fujita, policjant, a oni zaprosili go do Dojo bez żadnych podejrzeń. Hajime krytykuje Kenshina i pozostałych za ich naiwność. W ciągu ostatnich dziesięciu lat, gdy Kenshin umył ręce od zabijania ludzi, Hajime doskonalił swoje mordercze zamiary i umiejętności jako zabójca, a teraz dzikość Hajime była skierowana przeciwko nim.

Osobą, która wysłała Hajime, by stawił czoła Kenshinowi, jest nikt inny jak szef Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, były wojownik Rewolucji Domeny Satsuma, Toshimichi Okubo. Poprosił on Kenshina o udanie się do Kioto w celu powstrzymania tajnych planów człowieka, który twierdzi, że jest prawowitym następcą Hitokiri Battosai. Jednak człowiek ten miał zostać zabity 10 lat temu przez swoich własnych towarzyszy w rządzie, ponieważ uważali go za zagrożenie. Jaka będzie odpowiedź Kenshina na prośbę o przeprowadzenie zabójstwa?

Podejmując decyzję o walce z Shishio, Kenshin opuszcza Kamiya Dojo i samotnie wyrusza do Kioto szlakiem Tokaido. Tymczasem Sanosuke i Yahiko próbują udać się do Kioto w ślad za Kenshinem.

Megumi zostaje sama w Tokio i przypadkowo spotyka w Kamiya Dojo Aoshiego, który powrócił, by stoczyć kolejną walkę z Kenshinem. Aoshi pyta Megumi, gdzie przebywa Kenshin, lecz ona udaje niewiedzę. Niezadowolony z braku odpowiedzi grozi jej śmiercią, jeśli mu nie powie, gdy nagle pojawia się pewien mężczyzna. W tym samym czasie Kenshin, zmierzając do Kioto, spotyka młodą dziewczynę w lasach gór Hakone.

Dziewczyna, którą Kenshin spotyka w lasach, nazywa się Misao Makimachi i przybyła z Kioto, aby odnaleźć dowodzoną przez Aoshiego grupę Oniwaban. Kenshin jest zaskoczony, słysząc to imię. Widząc jego reakcję, Misao pyta go, czy wie, gdzie jest Aoshi, ale ten milczy. Poruszony jednak uczuciami Misao do Aoshiego, Kenshin postanawia wyruszyć w dalszą drogę do Kioto razem z nią.

Kenshin wkracza do wioski Shingetsu – miejsca, z którego uciekli bracia Mishima. Wioska znajduje się obecnie pod kontrolą Senkaku, podwładnego Shishio, który rządzi twardą ręką i zastrasza mieszkańców przemocą. Przerażeni ludzie nie mogą zrobić nic poza posłuszeństwem. Zrujnowana osada emanuje niezwykłą, złowrogą aurą. Kenshin udaje się do miejsca pobytu Shishio wraz z Hajime, który dowiedział się o sytuacji i przybył do wioski. W cieniu tych wydarzeń serce Eijiego płonie pragnieniem zemsty na Senkaku.

Kenshin pokonuje Senkaku i staje twarzą w twarz z Shishio. Shishio wyraża jednak rozczarowanie zasadą Kenshina, który odmawia zabijania, i pozostawia rozprawienie się z nim swojemu bliskiemu współpracownikowi, Sojiro Secie. Sam opuszcza wioskę z inną towarzyszką, Yumi Komagatą. Aby kontynuować pościg za Shishio, Kenshin mierzy się z Sojiro, a o losach starcia ma zadecydować wymiana ciosów Battojutsu. To pojedynek boskiej prędkości z obu stron...

Sanosuke przedziera się przez las w drodze do Kioto i gubi szlak. Na trakcie poznaje Anjiego Yukyuzana, upadłego mnicha, który obecnie trenuje. Sanosuke jest naocznym świadkiem potężnego uderzenia w wykonaniu Anjiego – techniki, której opanowanie zajęło mnichowi dziesięć lat. Anji postanawia nauczyć Sanosuke techniki niszczenia zwanej „Mistrzostwem Dwóch Warstw”. Stawia jednak warunek: Sanosuke musi opanować ją w ciągu miesiąca, w przeciwnym razie zginie. W odpowiedzi na te wygórowane żądania Sanosuke oświadcza, że nauczy się jej w tydzień. Rozpoczyna się trening techniki, od której zależy jego życie…

Kenshin i Misao docierają do Kioto, gdzie wita ich Okina, będący dla dziewczyny niczym dziadek. Okazuje się, że Okina to były członek grupy Oniwaban. Starzec oferuje pomoc, a Kenshin prosi go o wsparcie w odnalezieniu pewnej osoby.

Szukając zastępstwa dla swojego złamanego miecza sakabato, Kenshin odwiedza Seiku, syna szanowanego kowala Shakku Araiego, lecz dowiaduje się, że ten porzucił kucie oręża. Szanując pacyfistyczne zasady Seiku, Kenshin rezygnuje ze swojej prośby. W międzyczasie Hoji Sadojima, członek grupy Dziesięciu Mieczy, zdaje Shishio raport z ruchów Kenshina.

Znany w organizacji Dziesięciu Mieczy jako „Łowca Mieczy”, Cho biegle włada różnymi, unikalnymi rodzajami broni białej. Tymczasem Kenshin wciąż ryzykuje życiem, walcząc o pokój w nowej erze i próbując ocalić syna Seiku, Ioriego, mimo że jest zmuszony do starcia ze złamanym sakabato.

Akcja cofa się do 4. roku ery Keio. Kenshin zmaga się z wysoką gorączką w głównym pawilonie opuszczonej świątyni. Gdy zapada w sen i budzi się jakiś czas później, odkrywa, że opiekują się nim we własnym domu były prywatny detektyw Giichi i jego żona Satsuki.

Kenshin zdobywa nowe sakabato. Uwikławszy Seiku w ten konflikt, postanawia opuścić Aoiya, by nie ściągać na innych dalszego niebezpieczeństwa. W międzyczasie Misao zagląda do Shirobeko – restauracji z kociołkami wołowymi, gdzie dorywczo pracują Kaoru i Yahiko – i dowiaduje się, że Kaoru szuka Kenshina.

Kenshin spotyka się ponownie z Kaoru i resztą u Seijuro Hiko, mistrza stylu Hiten Mitsurugi-ryu. Gdy Seijuro dowiaduje się od Kaoru, że Kenshin przemierza kraj jako rurouni pomagający ludziom, postanawia przekazać mu ostateczną tajemną technikę Hiten Mitsurugi-ryu.

Hoji planuje nocny atak na Aoiya z użyciem tajnego oddziału, Klanu Sów, aby schwytać Okinę i zdobyć wskazówkę dotyczącą miejsca pobytu Kenshina, lecz to klan ponosi porażkę. Okina wyzywa Aoshiego na pojedynek za pośrednictwem odesłanego z powrotem do Shishio członka oddziału.

Aoshi rani Okinę, zostawia Misao i pojawia się w Aoiya. Pyta członków grupy Oniwaban o miejsce pobytu Kenshina. Aoshi znajduje się w przerażającym stanie, ale przyjmuje słowa Yahiko oraz Kaoru i decyduje się czekać na Kenshina tam, gdzie przebywa Shishio. Okina jest na skraju śmierci, lecz pomocy udziela mu Megumi, która pospiesznie przybyła do Kioto.

Kenshin przechodzi trening, aby opanować ostateczną technikę. W sparingu udaje mu się z trudem trafić Seijuro, po czym uczy się „Kuzuryuusen” – potężnego ataku wyprowadzającego dziewięć cięć jednocześnie. Kenshin zaczyna dostrzegać błyskawiczne ruchy miecza Seijuro i opanowuje „Kuzuryuusen” po jednokrotnym zobaczeniu techniki. Był to jednak tylko wstęp do przekazania ostatecznej techniki Hiten Mitsurugi-ryu: „Amakakeru Ryuu no Hirameki”.

W wyniku przekazania ostatecznej techniki Seijuro odnosi śmiertelną ranę.

Podwładni Shishio po cichu przygotowują się do realizacji planu bitwy, jednak nadejście patroli zmusza ich do odwrotu.

Kenshin i Hajime uświadamiają sobie, że Shishio ma jeszcze jeden cel, który znajduje się w Osace. Spotykają tam Sanosuke. Aby powstrzymać wielki pożar Kioto, Kenshin w liście prosi o pomoc wszystkich z Aoiya, powierzając nadzór nad działaniami na miejscu szefowi policji, Ryusaku Arato. Po załatwieniu spraw Kenshin, Hajime i Sanosuke ruszają powozem w stronę Zatoki Osakijskiej. Wtedy starszy oficer policji, Hikozaemon Omi, przyprowadza 11-letniego Juro Kitazawę, który twierdzi, że chce się spotkać z Arato.

Wybija północ. Goichi i pozostali ruszają do działania, gdyż nadszedł czas wcielenia w życie planu wielkiego pożaru Kioto, po czym stają się świadkami pościgu policji za innymi ludźmi Shishio. Henya irytuje się, że ogień nie został podłożony na czas. W międzyczasie Dziesięć Mieczy otrzymuje rozkaz i natychmiast przystępuje do akcji. Równocześnie Kenshin i reszta docierają do Zatoki Osakijskiej, gdzie na coś trafiają.

Kenshin i Aoshi toczą pojedynek na pokładzie opancerzonego okrętu Rengoku. W tym czasie Sanosuke dostaje się na statek i próbuje wysadzić maszynownię materiałami wybuchowymi od Tsunana. Zatrzymują go jednak poplecznicy Shishio: Hoji, Shuzo i Toshiro. Tymczasem w Kioto Arato samotnie stawia czoła Kamatariemu i Henyi, aby kupić siłom policyjnym czas na ewakuację.

Maszynownia Rengoku. Hoji łapie ładunki wybuchowe i zapobiega eksplozji pomieszczenia. Sanosuke uderza jednak techniką Mistrzostwa Dwóch Warstw w zawór denny Kingstona, zalewając okolicę wodą. W tym czasie Usui ukazuje się Kaoru, Yahiko i Misao, podczas gdy Arato mierzy się z Kamatarim i Henyą. Goichi błaga Megumi w jej lecznicy o uratowanie życia jego młodszemu bratu, Tokujiemu. W ferworze starć w różnych częściach Kioto z pozoru niegroźny, przeoczony ogień zaczyna gwałtownie rosnąć.

Gdy Misao wraca na miejsce ugaszonego pożaru w Kioto, Kaoru od razu zauważa, że dzieje się z nią coś niedobrego. W klinice Megumi wybudza się Omi, wywołując u Juro łzy ulgi. Tymczasem na palcu stopy Tokujiego zostaje zawieszona czarna zawieszka oznaczająca zgon. Kenshin i pozostali wracają do Aoiya, gdzie dowiadują się od Omasu, że Okina odzyskał przytomność.

Shishio wysyła wyzwanie na pojedynek skierowane do Kenshina, Hajime i Sanosuke. Starcie ma odbyć się następnego dnia na górze Hiei, w połowie drogi na szczyt po jej północno-wschodniej stronie, w małej kapliczce z sześciopiętrową bramą torii. W twierdzy Shishio, gdzie zbiera się Dziesięć Mieczy, Hoji przedstawia mu strategię mającą zapewnić „absolutne zwycięstwo”.... Nocą przed pojedynkiem Kaoru rozmawia z Kenshinem, który wpatruje się w nocne niebo.