Eureka

Jack Carter eskortuje córkę do Los Angeles. W wyniku wypadku trafiają do małego miasteczka. Oczekując na naprawę samochodu, mężczyzna jest świadkiem zaginięcia miejscowego chłopca.

Przyjaciele zebrali się na cmentarzu, aby pochować Waltera i Susan Perkinsów. Carter po ceremonii powraca do biura, gdzie, ku zaskoczeniu wszystkich, pojawia się zmarła Susan, która szuka męża.

Jason Anderson, światowej sławy naukowiec, wraz z żoną Kim przybywają do Eureki, by dokończyć i przetestować pewien kluczowy wynalazek na potrzeby amerykańskiej armii.

Do Eureki przyjeżdża na wizytację kongresman Arnold Faraday, który ma zadecydować o przyznaniu Global Dynamics kolejnych funduszy na badania. Dr Stark ma zaprezentować najnowszą broń.

W laboratorium dochodzi do wybuchu. Efekty wieloletnich badań nad regeneracją komórek zostają zniszczone. Okazuje się, że eksplozję spowodował niechcący cierpiący na nerwicę natręctw dr Carl Carlson. Stark zwalnia go z pracy. Załamany naukowiec postanawia popełnić samobójstwo skacząc z mostu. Jack próbuje go powstrzymać. Spada razem z nim z wysokości i cudem uchodzi z życiem, lądując na Carlsonie. Co dziwne, kiedy szeryf odzyskuje przytomność, orientuje się, że doktora nie ma. Okazuje się, że naukowiec nie zginął, a jego organizm błyskawicznie się zregenerował.

Fargo uruchamia starą konsolę. Okazuje się, że uaktywnił broń z czasów zimnej wojny. "Śmiercionośny promień" po odbiciu się od lustra na Księżycu powróci na Ziemię, powodując spustoszenie.

Jack otrzymuje informację o wypadku drogowym. Coś z dużą siłą uderzyło w samochód. Jack, Lupo i Henry ustalają, że człowiek, którego ciało znaleziono w miejscu zdarzenia, biegł z prędkością 900 km/h.

W miasteczku Eureka rząd umieszcza naukowców, aby mogli spokojnie prowadzić badania. Agent Jack Carter przypadkiem zatrzymuje się w Eurece.

Jack obserwuje, jak Jim za pomocą małych robotów, nanoidów, próbuje wyleczyć rannego psa. Nanoidy wydostają się spod kontroli i chcą się replikować. Taggart i Jack zaczynają polowanie na te groźne roboty, które kopiują Starka. Jack postanawia zwabić wszystkie klony w jedno miejsce.

W mieście zalega cisza, której przyczyną jest utrata przytomności przez mieszkańców. Następnego ranka przebudzeni ze snu znajomi Jacka nie zachowują zachowują się tak, jak zazwyczaj.

Carter jest sfrustrowany kolejnym spięciem ze Starkiem, postanawia wziąć kilka dni urlopu i z pomocą SARAH rozejrzeć się za nowym miejscem do życia. Jego odpoczynek zostaje zakłócony.

Rok 2010. Fargo wzywa szeryfa i Allison do Global Dynamics, gdzie pojawiło się spalone ciało kobiety. Doszedł do wniosku, że mają miejsce anomalie czasowe, spowodowane "akceleratorem tachionów".

Henry jest pogrążony w żałobie. Allison jest pochłonięta obroną byłego męża Nathana Starka. Mężczyzna nadzorował eksperyment, w którym zginęła Kim.

Pierwszego dnia pracy Allison na stanowisku szefowej Global Dynamics ma miejsce kilkugodzinna przerwa w pracy komputerów. Kierownik nadzorujący magazyny zgłasza brak jednego z urządzeń.

Pogoda w Eurece ulega gwałtownym zmianom. W ich wyniku zamarza naukowiec Neil Baxter. Jack próbuje wyjaśnić jego śmierć i rozwiązać zagadkę pogarszającej się aury.

Henry rozpoczyna pracę w Global Dynamics. Abby i Zoe przygotowują się do wyjazdu do Los Angeles. Dziewczyna jest zła na ojca, że o nią nie walczy.

W samochód Jacka trafia meteoryt. Jack, Finn i Henry odkrywają, że w kierunku miasta zmierzają tysiące kosmicznych śmieci. Jeśli ich nie powstrzymają, Eureka zostanie zrównana z ziemią.

Ciężarówka wioząca toksyczne odpady z Global Dynamics ulega wypadkowi. Okazuje się, że mieszkańcy Eureki mieli ten sam sen, w którym kierowca umiera. Z powodu wspólnych snów w Eurece panuje chaos.

W jednej z komór kriogenicznych w Global Dynamics znalezione zostaje zahibernowane ciało doktora Pierre'a Fargo, dziadka Douglasa. Po zbudzeniu mężczyzna nie umie powiedzieć, jak trafił do komory. Jest za to dumny, że efekty jego badań są wciąż wykorzystywane. Wnuk mówi mu jednak, że wszystkie odkrycia przypisano Andre Sandrovowi, dawnemu współpracownikowi Pierre'a. Prawdopodobnie to Andre zamknął w komorze swojego kolegę. Tymczasem Allison i Jack nie ufają odnalezionemu. Z archiwum dowiadują się, że dziadek Douglasa przed zniknięciem odszedł z pracy. Jego narzeczona, Belle, była wtedy w ciąży. Za namową szeryfa, Stark sprawdza wiedzę doktora dotyczącą wynalazków, których nie ukończył. Gdy okazuje się, że Pierre wie o nich wszystko, Sandrov przyznaje się do kradzieży rezultatów jego badań. Wkrótce dają o sobie uboczne skutki hibernacji.

Allison chce zatrudnić fizyka Zane'a Donovana. Miałby on pomagać w eksperymencie, którego celem jest odtworzenie wielkiego wybuchu. Większość pracowników nagle choruje. Zane będzie musiał im pomóc.

Na skałach w Global Dynamics zaczynają wytwarzać się radioaktywne kryształy. Zoe ma wypadek podczas samodzielnej jazdy samochodem. Dziewczyna twierdzi, że zderzyła się z czymś niewidzialnym.

Lupo, Henry, Allison i Kevin udają się do kościoła, by wysłuchać kazania wielebnej Harper. Po drugiej stronie miasta Zoe nagle traci głos, a jakiś czas potem skóra Allison zaczyna świecić. Stark domyśla się, że uległa ona działaniu bioluminescencji, która jest śmiertelna w skutkach. W międzyczasie biolog Seth Osbourne widzi, jak woda w jego akwarium zamienia się w krew. W filtrze zbiornika Jack dostrzega mały otwór. Taki sam znajduje się w pokoju Zoe oraz w mieszkaniu Allison. Szeryf zaczyna podejrzewać, że winna jest duchowna Harper, która tłumaczy ostatnie niepokojące zjawiska odwróceniem się od Biblii. Jack jest przekonany, że kaznodziejka zniżyła się do niecnych sposobów, by zwiększyć frekwencję w swojej świątyni. Podczas wizyty w kościele uwagę Jacka i Henry'ego zwracają zakłócenia słyszane w mikrofonie, które mogą być przyczyną niedawnych wydarzeń. Teraz podejrzenia skupiają się na kościelnej aktywistce, Diane Lancaster. Złapana na gorącym uczynku kobieta twierdzi, że jest bliska otwarcia "wrót do nieba", gdzie czeka na nią zmarły mąż.

Allison prosi Jacka, by odnalazł dr. Stone'a, odpowiedzialnego za recykling i ścieki w mieście. Jack udaje się do kawiarni, w której zaczyna z nim flirtować Lupo. Jo jest zaskoczona swoim zachowaniem.

Żelazna statua Pitagorasa w centrum miasta nieoczekiwanie zamienia się w złoto. Jack dociera do artysty Christophera Dactylosa, który wręcza mu książkę o średniowiecznych alchemikach. Tymczasem kolejne przedmioty w Eurece zamieniają się w cenny kruszec. Henry odkrywa, że za zjawisko odpowiedzialne są niby-bakterie, które dodatkowo mutują doprowadzając do korozji nawet szlachetnych metali. Lucas przyznaje się, że bransoletkę dla Zoe, która także zmieniła swój skład, wykonał podczas zajęć Dactylosa. Okazuje się, że artysta testował średniowieczne receptury, a chłopak tworząc klejnot uwolnił Klątwę Alchemika. Początkowo zmienia ona metal w złoto, aby potem przybrać groźniejsze formy. W tym czasie Henry, Stark i Allison badają artefakt z Sekcji 5., który zabił Kim. Stark potajemnie wzywa do Eureki psychoterapeutkę Beverly Barlowe, która dzieli się swoją wiedzą na temat przedmiotu. Jack z pomocą przyjaciół musi powstrzymać niszczycielską korozję metali. Istnieje bowiem zagrożenie, że bakteria zacznie atakować ludzi.

Henry ogłasza, że bakterie klątwy alchemika wywołują zarazę. System obronny Global Dynamics zamienia instytut w schron i izoluje w nim część personelu.

Zoe postanawia dorabiać w Cafe Diem. Za złamanie zabezpieczeń firmy Henry zostaje aresztowany. Stark oświadcza się swej byłej żonie Allison. Na zlecenie Ministerstwa Obrony Eva Thorne ma nadzorować działalność GD. Larry, Zan i Fargo przygotowują przeprowadzenie próby systemu antyrakietowego. Bezzałogowe samoloty wymyślone przez dra Edisona mają dokonać ataku. Plan zakłada, że maszyny zniszczy system obronny Viper. Niestety, jednemu z samolotów udaje się przetrwać. Jack musi go odnaleźć. Edison zapewnia go, że komputer Martha na pewno powróci, gdy skończy mu się energia. Jednak gdy maszyna widzi, jak ekipa GD zabiera doktorowi jego wynalazki, postanawia je uwolnić.

Thorne wprowadza cięcia budżetowe. Allison i Stark są zmieszani widząc nowe, bogato wyposażone laboratorium Zane'a. Jack odwiedza Henry'ego w więzieniu. Dostaje pilny telefon od Allison. Okazuje się, że zniknął jeden z naukowców biorących udział w tajnym eksperymencie. Dziesięciu ochotników odizolowano na 11 lat w podziemnym ekosystemie. Jack chce przeprowadzić śledztwo w sprawie zaginionego. Thorne zgadza się, by czynności śledczych dokonali Jack i Allison. Tymczasem Fargo podłącza się w Cafe Diem do podziemnego monitoringu. Po przeprowadzeniu dochodzenia okazuje się, że zaginiony Bob Nobb przekształcił się na skutek promieniowania radioaktywnego w zmutowanego potwora. Wszyscy znajdują się w niebezpieczeństwie. Pomóc im może jedynie Henry, który jest w więzieniu.

W Eurece trwają przygotowania do corocznego pokazu cyberpsów. Ostatnie dwa konkursy wygrała Carol Taylor, lecz w tym roku poważną konkurencję stanowi dla niej Anne Young.

Allison wychodzi za mąż. Dla Jacka poranek tego dnia jest wyjątkowo nieprzyjemny. Bierze zimny prysznic, zacina się przy goleniu, a na mundur wylewa keczup.

Za sprawą Evy Thorne w Global Dynamics pojawia się starożytny sarkofag z mumią. Egiptolog dr Wilding przestrzega przed otwarciem trumny, ale Thorne, kierowana chęcią zysku, lekceważy jego opinię.

Zoe ma pretensje do ojca, że ten za bardzo ingeruje w jej życie. Zane otwiera drzwi prowadzące do wojskowych tuneli i znajdującej się w piwnicach szkoły im. N. Tesli.

W Cafe Diem odbywa się spotkanie wyborcze. Na skutek wybuchu na niebie pojawia się "drugie słońce", które podwyższa temperaturę na Ziemi. Kandydaci wykorzystują zjawisko do pozyskania elektoratu.

S.A.R.A.H., komputer sterujący domem Jacka, mówi, że Zoe jest intruzem i zamyka ją w klatce, twierdząc, że jej DNA zostało zmienione. Jack uświadamia sobie, że córka jest w niebezpieczeństwie.

Generał Mansfield zwalnia Cartera z funkcji szeryfa. Zastępuje go Andym, najnowocześniejszym modelem robota w Eurece. Siostra szeryfa wierzy, że wydarzy się coś, co zatrzyma go w Eurece.

Jack przystępuje do egzaminu mającego potwierdzić jego zdolność do pełnienia służby. Przez 48 godzin będą sprawdzane jego pomysłowość i męstwo. W tym czasie ma go zastępować Jo.

W mieście pojawia się dr Tess Fontana, która okazuje się przyjaciółką Allison. Kobieta od pierwszego spotkania budzi antypatię Jacka. Fonatna przybyła do Eureki, by nadzorować otwarcie Sekcji 5.

Gdy do miasta przybywa drużyna kręglarska ze Strefy 51, dawna rywalizacja przeradzająca się w wojnę wybucha na nowo, a niewinny żart kończy się katastrofą. Carter musi teraz nie tylko zażegnać spór między gośćmi ze Strefy 51 a gospodarzami, by zapobiec dalszym zniszczeniom, ale też uporać się ze skutkiem żartu: nienasyconą, galaretowatą mazią. W międzyczasie Duncan wraca, by przekonać do siebie niechętną Lexi.

Nad głowami mieszkańców Eureki wybucha rakieta. Okazuje się, że to dr Wyman pracuje nad systemem obrony przed tajemniczym sygnałem z kosmosu i jego źródłem, które w szybkim tempie zbliża się do Ziemi. Tymczasem w okolicy ktoś kradnie najróżniejsze i niezwiązane ze sobą przedmioty i zbiera je w miejscu, które przypomina zbudowany ze złomu Stonehenge. Pojawia się podejrzenie, że jest to generator plazmy, który może służyć do zasilania broni. Jack przygotowuje nocną zasadzkę na tajemniczego konstruktora. Zamiast jednej osoby, nakrywa na gorącym uczynku dziesiątki młodych ludzi, w tym własną córkę. Nazajutrz żadne z nich nie pamięta tych zdarzeń. Staje się jasne, że ktoś lub coś nimi steruje.

Projekt Henry'ego sprzed dwudziestu lat powraca z bogatszą zawartością niż ta, z którą wystartował. Kiedy jeden człowiek ginie, a drugi zostaje ranny, Henry musi zmierzyć się z przeszłością, by ocalić życie wszystkich. W mieście Jo i Carter z różnym skutkiem próbują zwrócić właścicielom przedmioty z wież.

Jedna ze specjalistek Global Dynamics zostaje znaleziona martwa w wypełnionym wodą samochodzie. Podejrzaną o zabójstwo jest rywalizująca ze zmarłą badaczka. Ta zarzeka się, że jest niewinna. Wkrótce sama ginie w łazience pełnej wody. Okazuje się, że płyn znaleziony przy ofiarach to syntetyk. Odpowiedzialna za jego produkcję dr Rivers upiera się, że sztuczna woda nie może nikomu zaszkodzić, gdyż jest pozbawiona jakichkolwiek chemicznych zanieczyszczeń. Z kolei Henry i dr Manlius pracują w laboratorium nad skopiowaniem danych z wewnętrznego komputera robota, który niedawno przybył do Eureki z kosmosu. Maszyna zostaje umieszczona w zbiorniku ze specjalnym roztworem i poddana promieniowaniu.

Dr Tess Fontana wymyśla urządzenie do przechowywania wspomnień mieszkańców Eureki. Jakiś czas później szeryf Carter i Allison spotykają w Global Dynamics kilku zdezorientowanych naukowców. Jack zauważa u jednego z nich rejestrator wspomnień. Henry stwierdza u badaczy częściową utratę pamięci. Jack i Allison chcą skontaktować się z Fontaną, ale zostają uwięzieni. Co gorsza, rozpoczyna się właśnie proces akustycznej sterylizacji gmachu GD. Z kolei niemal wszyscy na zewnątrz cierpią na amnezję, gdyż Fargo chcąc usunąć z systemu kilka niechlubnych faktów, wyczyścił przypadkiem pamięć mieszkańców Eureki. Jeśli Jackowi nie uda się powstrzymać procesu czyszczenia, wszyscy w budynku zginą.

Allison Blake idzie na urlop macierzyński. Szefową Global Dynamics zostaje dr Tess Fontana. Zane Donovan i Jim Taggart przywożą do instytutu próbki lodu z Rosji.

Kwitnie związek Cartera i dr Tess. Zoe dostaje się do szkoły medycznej na Harvardzie. Lucas projektuje urządzenie mające uratować Ziemię przed gwiazdą, która uderzy w glob za około 2000 lat.

Sześćdziesiąta rocznica powstania Eureki odmienia losy wielu osób, gdy oświadczyny zostają przyćmione przez tajemnicze przeniesienie do bazy wojskowej i pojawienie się w tłumie nowej twarzy.

W trakcie trwających obchodów Dnia Założycieli Carter i reszta muszą przywyknąć do nowej linii czasowej oraz odnaleźć w niej miejsce dla doktora Granta. Niestety, na adaptację nie ma zbyt wiele czasu, ponieważ „Tiny”, jeden z projektów Global Dynamics, sieje spustoszenie w zatłoczonym mieście.

Doktor Isaac Parrish, genialny dyrektor Laboratorium Broni Nieśmiercionośnej, czuje się ostatnio niedoceniany. Wkrótce jego skrywana wrogość rozprzestrzenia się jak wirus, zarażając wszystkich taką wściekłością, że nikt nie może czuć się bezpiecznie, a zwłaszcza Fargo.

Gdy Eureka świętuje Tydzień Kosmosu, doktor Ramsey prezentuje swój przełomowy wynalazek, który może umożliwić kolonizację Marsa. Niestety drobna usterka może sprawić, że urządzenie spopieli miasto, zanim marzenie się ziści. Co gorsza, człowiek niezastąpiony w sytuacjach kryzysowych właśnie wyjechał do Bostonu, by odwiedzić córkę na Harvardzie.

Claudia Donovan odwiedza Eurekę, by sprawdzić, czy obietnice Fargo o cudownych wynalazkach są prawdziwe. Zamiast tego trafia w sam środek zagadki rodem z Magazynu 13, gdy w całym mieście i GD zaczynają losowo pojawiać się przedmioty. Trzeba ją rozwiązać, zanim dojdzie do tragedii.

Wszystkie obdarzone sztuczną inteligencją komputery w Eurece nagle zaczynają szwankować. Wśród nich jest także Andy, czyli zmechanizowany asystent Cartera. Okazuje się, że źródłem problemów jest wirus. Allison decyduje się wyłączyć wszystkie roboty do momentu usunięcia szkodliwego programu. Jedyną maszyną, której nie można naprawić jest przypominający gigantycznego pająka robot Tiny, wysłany właśnie do NASA. Tymczasem Kevin przebywa z Carterem, Grantem i Fargo na kempingu. Po kłótni z Jackiem chłopak znika.

Budowa domu Jo zostaje wstrzymana. Paleontolog Derek natrafia w tym miejscu na kości humanoida. Wkrótce okazuje się, że wszyscy, którzy mieli do czynienia z wykopaliskiem, w tym także Derek, zaczynają zamieniać się w żywe posągi. Carter wybiera się do laboratorium uczonego, gdzie znajduje dowody jego oszustwa. Paleontolog odkrył bowiem metodę na postarzanie szczątek ludzkich, co przysporzyłoby mu sławy jako odkrywcy najstarszych znalezisk. Ubocznym efektem jest zamiana żywych ludzi w kamień, czego doświadcza m.in. Zoe. Tymczasem Grant potajemnie spotyka się z Beverly Barlowe, córką jednego z naukowców z przeszłości.

W chwili gdy między Carterem a Allison wszystko zaczyna się układać, pojawiają się osoby z ich przeszłości i komplikują sytuację. W tym samym czasie nowy projekt GD wzbudza zainteresowanie Beverly Barlowe.

Po zniknięciu urządzenia D.E.D. Carter, Jo, Fargo i Allison przeżywają déja vu, gdy śledztwo stawia Trevora Granta na szczycie listy podejrzanych. Pętla wokół jego szyi zaciska się jeszcze mocniej po odkryciu dowodów łączących go z Beverly Barlowe, a jej motyw zagrozi wszystkiemu, o co tak ciężko walczyli.

Carter nie potrafi wczuć się w świąteczny nastrój, zwłaszcza że miasto otacza pole siłowe. Fargo organizuje imprezę bożonarodzeniową w GD, a Allison tryska świątecznym entuzjazmem.

Zane męczy Jo o szczegóły, których ona nie chce ujawnić. Carter rozwiązuje kolejne problemy podczas ślubu Andy'ego i S.A.R.A.H. W międzyczasie działania Zane'a sprawiają, że on i Fargo niespodziewanie wzbijają się w powietrze.

Obowiązki Cartera rozszerzają się o opiekę nad dzieckiem, gdy Allison wyjeżdża na konferencję medyczną, a Fargo wpada w trans, gdy rozbrzmiewa pewna piosenka. Tymczasem w Café Diem zjawia się inżynier rakietowy.

Soczewki przewidujące naruszenia bezpieczeństwa zyskują pełne uznanie Jo, ale Carter podchodzi do nich ze sceptycyzmem. Trudno mu jednak podważać ich wartość, gdy oboje widzą w przerażającej projekcji przyszłości koniec Eureki. Gdzie indziej Fargo i doktor Marten sprawdzają setki naukowców, którzy odpowiedzieli na ogłoszenie o naborze dwudziestu uczestników misji Astraeus.

Carter zajmuje się sprawą napadu na bank, który może mieć związek z nagłymi anomaliami grawitacyjnymi dotykającymi mieszkańców Eureki. Tymczasem rywalizacja Fargo z Isaakiem Parrishem zaognia się, gdy wychodzi na jaw, że Holly i Parrish byli na randce.

Gdy Zoe przyjeżdża z wizytą, Jo musi stawić czoła wściekłej dziewczynie, która nie przyjmuje jej mętnych tłumaczeń na temat Zane'a. Wszystko to schodzi jednak na dalszy plan, gdy okazuje się, że wszyscy mieszkańcy Eureki są nieprzytomni. Kobiety muszą połączyć siły, by ocucić miasto i powstrzymać Beverly, zanim ta położy ręce na cennych danych.

Global Dynamics mierzy się z dwoma zagrożeniami: wizytą senator Wen oraz mechanicznymi robalami zdolnymi pożreć wszystko. Trudno ocenić, co stanowi większe niebezpieczeństwo. Tymczasem Allison nie chce przyjąć do wiadomości żadnych skutków ubocznych wywołanych przez implanty.

Do Eureki powraca Tina, międzygwiezdny robot, który poleciał z misją na Tytan. W momencie lądowania dochodzi do wybuchu, który rozrywa maszynę na setki części. Szczątki stanowią zagrożenie dla mieszkańców, ponieważ mogą prowadzić do kolejnych eksplozji. W mieście pojawia się audytor związków, Warren Hughes. Carter i Allison są pod jego obserwacją. Henry obawia się, że nie zasługuje na Grace. Jo dowiaduje się, że kryminalna przeszłość została wymazana z akt Zane'a i może on opuścić Eurekę.

Seria ataków w mieście może przekreślić misję Astraeus dokładnie w tygodniu, w którym ma zostać wyłoniona finałowa dwudziestka. Carter i Allison odwołują się od zaleceń audytora, jednak proponowane rozwiązanie – urządzenie do czytania w myślach na finałowych rozmowach – może ujawnić o nich nawzajem więcej, niżby chcieli.

Gdy wybuch w laboratorium misji Astraeus przypadkowo wysyła Andy'ego na Tytana, zespół musi opracować plan ratunkowy, zanim będzie za późno.

Uczestnicy misji Astraeus żegnają się z pozostającymi na Ziemi bliskimi i przyjaciółmi. W tym samym czasie Carter i Jo prowadzą śledztwo w sprawie osoby (lub istoty), która zaatakowała prezydencki konwój, sprawdzając, czy ma to jakikolwiek związek z kosmicznymi anomaliami zagrażającymi Eurece.

Poprzedni sezon "Eureki" kończy się w momencie niespodziewanego startu statku, który miał lecieć z misją na Tytana. Na pokładzie maszyny, oprócz ekipy astronautów, została uwięziona Allison, która budzi się w momencie, gdy statek jest bliski zderzenia z tajemniczą planetą. Po interwencji Allison załodze udaje się bezpiecznie wylądować z powrotem w Eurece, tyle że cztery lata później. W miasteczku wiele się przez ten czas zmieniło. Andy z armią klonów pilnuje porządku w mieście, a funkcję dyrektora GD przejęła po Fargo S.A.R.A.H. Również w życiu uczuciowym bohaterów zaszły zmiany. Jo i Jack są parą i wspólnie wychowują dzieci Allison

W Eurece trwają poszukiwania zaginionego statku. Nikt nie podejrzewa, że załoga została porwana przez Beverly. Jej plan zakłada przetrzymywanie najlepszych naukowców Eureki w sztucznie wykreowanym świecie i wykorzystywanie ich wiedzy. Allison i reszcie wydaje się, że wylądowali w Eurece 4 lata później, ale w rzeczywistości leżą podłączeni do aparatury, która ingeruje w ich myśli. Beverly chce w ten sposób kraść ich naukowe odkrycia. W prawdziwej Eurece senator Wen informuje mieszkańców, że oficjalne poszukiwania statku zostały zakończone. Jack nie poddaje się jednak. Wspólnie z Henrym i synem Allison, Kevinem, próbują znaleźć sposób na znalezienie załogi. Nie podejrzewają jeszcze, kto jest zamieszany w porwanie.

Carter jest bliski rozwiązania zagadki zaginięcia załogi Astrajosa. Podejrzewa, że za porwaniem statku stoi senator Wen, z którą współpracuje Beverly Barlowe. Gdy ludzie szeryfa zaczynają jej szukać, kobieta niespodziewanie zjawia się na posterunku w Eurece i oferuje swoją pomoc. Jo, Henry i Jack wymyślają sposób na uwolnienie załogi. Carter zamierza przedostać się do wirtualnego świata i wywołać gigantyczną eksplozję, która zniszczy program od wewnątrz. W ostatniej chwili udaje im się uciec. Niestety, Jo i szeryf muszą przekazać Fargo tragiczną wiadomość.

Fargo nie może poradzić sobie ze śmiercią Holly. Reszcie załogi Asteriusa też trudno zapomnieć o tym, co widzieli będąc w Eurece cztery lata później. Ani Carter, ani Zane nie powiedzieli Jo o tym, że była wtedy w związku z szeryfem. Problemy mają również Henry i Grace. Grace nie jest w stanie zapomnieć, że Henry próbował ją zabić w wirtualnej rzeczywistości. Isaacowi udaje się wynaleźć ognistą kulę sterowaną iPadem. Niestety żywioł wymyka się spod kontroli i lata po GD siejąc spustoszenie. Od psychiatrów z GD Fargo dostaje środek, który ma złagodzić żałobę po Holly. W ciągu jednego dnia przechodzi wszystkie etapy żalu po stracie bliskiej osoby. Isaacowi nie udaje się okiełznać swojego wynalazku: kula ognia wydostaje się z GD i lata po Eurece szukając źródeł prądu. Szeryf nakazuje wyłączenie wszystkich urządzeń elektrycznych w mieście.

Do Eureki przyjeżdża Warren Hughes. Ma on sprawdzić, czy członkowie nieudanej misji na Tytana nadają się do pracy w GD. Zane i Allison wciąż rozpamiętują wirtualny romans Jo i Cartera. Mimo sprzeciwu Fargo, Zane rozpoczyna badania nad macierzą programu, do którego podłączyła ich Beverly. Wskutek jednego z eksperymentów w GD, Fargo i Carter zamieniają się ciałami. Następnie szeryf budzi się w ciele Zane'a. Zamiany ciał powodują wiele dziwnych sytuacji w życiu mieszkańców miasta. Gdy wszystko wraca do normy, Jack oświadcza się Allison. Grace, która bardzo przeżywa fakt, że nieświadomie brała udział w projekcie Beverly, postanawia opuścić Eurekę.

W trakcie badań nad programem komputerowym stworzonym przez Beverly w celu kontrolowania naukowców Eureki, Zane odkrywa, że być może gdzieś w wirtualnym świecie część Holly nadal istnieje. GD zostaje zaatakowane. W budynek uderza rakieta. Na szczęście okazuje się, że to tylko ćwiczenia ewakuacyjne. Z powodu sytuacji, które miały miejsce w wirtualnym świecie i w trakcie zamiany ciał, pomiędzy Jo i Carterem panuje niezręczna sytuacja. Zane pomaga Fargo dostać się do matriksa, aby mógł pożegnać się z Holly. Jednak Fargo nie potrafi rozstać się z ukochaną.

Jo organizuje w Global Dynamics pogrzeb Holly. W czasie uroczystości w siedzibie pojawia się major Shaw, który ma za zadanie skonfiskować wszystkie urządzenia z laboratorium Beverly oraz założyć w GD system bezpieczeństwa bezpośrednio połączony z Waszyngtonem. Zane i Fargo, którzy wierzą, że Holly nadal jest w systemie, chcą mu przeszkodzić. Wtajemniczają w sprawę Allison i Jo. Henry chce kontynuować badania Grace nad falami Z, które uaktywniły się w mózgach wszystkich osób podłączonych do matriksa. Shaw formatuje komputer w którym "żyje" Holly. Fargo jest zrozpaczony. Niespodziewanie w GD wszystkie urządzenia zaczynają wariować.

Henry'emu udaje się odzyskać duszę Holly i zamienić ją w hologram. Dziewczyna mieszka teraz razem z S.A.R.A.H w inteligentnym domu Jacka. Carter prosi Andy'ego, żeby dał Fargo delikatnie do zrozumienia, że wraz z Holly muszą się wyprowadzić. W Eurece trwa właśnie dzień Feynmana, który jest podobny do prima aprilis. Jo denerwuje fakt, że wszyscy wokół robią sobie dowcipy. Carter zaskakuje Allison i zabiera ją na rejs łodzią podwodną. Niestety, zostają uwięzieni na dnie jeziora. Ekipa znajdująca się w GD ma mało czasu, żeby ich odnaleźć i uwolnić. W czasie, gdy wszyscy walczą o życie szeryfa i Allison, Fargo żyje w swoim świecie wraz z hologramową Holly.

Do Eureki przyjeżdża Marcus, brat Allison. Chce poznać świeżo upieczonego małżonka siostry. Carter nie jest zachwycony tą wizytą, jest przekonany, że rodzina Allison ma go za głupka. Kevin, syn Allison chce pomóc Jackowi. Udaje mu się sprawić, że Carter staje się supermądry. Holly ma dość życia w zamknięciu z S.A.R.A.H. i prosi Zane'a o pomoc. Zane wraz z Henrym dochodzą do wniosku, że są w stanie zbudować Holly prawdziwe, oddychające ciało.

Carter zabiera Allison na miesiąc miodowy do domku w lesie, który odziedziczył w spadku po poprzednim szeryfie. Allison, która spodziewała się egzotycznej wyprawy jest trochę zaskoczona. Zwłaszcza, że Carter zaplanował w czasie ich pobytu wspólny remont domku. Do Eureki powraca Grace. Dzięki jej pomocy Zanowi i Henry'emu udaje się stworzyć ciało dla Holly. Allison i Jack znajdują podczas remontu akta sprawy, którą prowadził poprzedni szeryf. Przekazują je Andy'emu i Jo, która orientuje się, że śledztwo dotyczyło szpiegów wśród mieszkańców Eureki, współpracujących z Beverly Barlow. Szeryf postanawia wrócić do tej sprawy.

Wszyscy mieszkańcy Eureki podejrzewają się wzajemnie o szpiegostwo. W GD pojawiają się przedstawiciele Departamentu Sprawiedliwości, by przejąć śledztwo, w którym Grace jest podejrzewana o przekazywanie tajnych informacji Beverly Barlow i senator Wen. Holly próbuje odnaleźć się w drugim życiu. Odtwarzając jedną z wiadomości ze swojej skrzynki mailowej natrafia na hipnotyzujący obraz, który ją przeprogramuje tak, że zaczyna prace nad wydrukowaniem ciała, podobnego to tego, które stworzyli dla niej Fargo i Zane. Naukowcom z GD udało się opracować technologię pyłu ozonowego, która ma pomóc w walce z dziurą ozonową. Przy testach wydaje się, że wynalazek działa prawidłowo. Aż do momentu, kiedy okazuje się, że za jego sprawą w Eurece zaczynają się pojawiać wszędzie lustrzane odbicia. Sprawa jest jednak bardziej skomplikowana niż wszystkim się na początku wydaje.

Holly, Henry, Jo i Andy zostają zastąpieni przez swoje fałszywe odpowiedniki, które wydrukowała Holly. Fałszywy Henry udaje się do więzienia w GD i uwalnia z celi Grace. Allison, Fargo i Zane zaczynają powoli dochodzić do tego, co jest przyczyną tak dziwnego zachowania ich przyjaciół. Fałszywy Carter zbiera naukowców, którzy brali udział w misji na Asteriusa i podpina ich do matrixa, który tworzy wraz z innymi klonami. Fargo udaje się pochwycić Holly, ale wspólnie z Allison wypuszczają ją na wolność, aby doprowadziła ich do kryjówki klonów. Gdy już wszystko wraca do normy, mieszkańcy otrzymują złą wiadomość od majora Shawa. Rząd nie zamierza dłużej finansować eksperymentów w GD.

W związku z decyzją rządu o likwidacji Eureki w mieście trwa wielkie pakowanie. Wszyscy zastanawiają się, co ze sobą zrobić. Do Jacka przyjeżdża córka Zoe, która chce się pożegnać z przyjaciółmi z Eureki. Jack odkrywa tunel czasoprzestrzenny, który prowadzi do GD. Nie mija doba, jak w mieście zaczyna przybywać tuneli czasoprzestrzennych i ludzie nieoczekiwanie dla samych siebie przenoszą się z miejsca na miejsce. To nie ułatwia procesu likwidacji miasta. Fargo robi co może, aby uratować Eurekę i GD.