Z Archiwum X

Agentka Dana Scully zostaje przydzielona do współpracy z agentem Foxem Mulderem, w celu zdemaskowania jego działań w ramach projektu o kryptonimie „Archiwum X”, zajmującego się niewyjaśnionymi sprawami, w tym zjawiskami paranormalnymi. Ich pierwsza sprawa dotyczy grupy nastolatków ze stanu Oregon, którzy giną w lesie porażeni oślepiającym światłem. Mulder podejrzewa, że w grę może wchodzić porwanie przez kosmitów.

Mulder i Scully udają się do Idaho, gdzie prowadzą śledztwo w sprawie zaginięcia wojskowego pilota testowego, który pracował w tajnej bazie lotniczej. Na miejscu wpadają na trop eksperymentalnych samolotów, a Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie pozyskane ze statku obcych, który rozbił się w Roswell.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii tajemniczych zabójstw, przy czym nie wiadomo, w jaki sposób morderca przedostaje się na miejsce zbrodni. Głównym podejrzanym jest niejaki Eugene Victor Tooms, całkiem przeciętny dozorca. Mulder podejrzewa jednak, że człowiek ten jest mutantem, który zabija swojej ofiary i pozyskuje ich wątroby, w celu przedłużania sobie życia.

W małym miasteczku w stanie Iowa, znanym z dużej aktywności UFO, znika dziewczyna, w okolicznościach zbliżonych do zaginięcia siostry agenta Muldera. Młodszy brat zaginionej, który był świadkiem zajścia, zaczyna odkodowywać szum pochodzący z przekazu satelitarnego. Mulder wierzy, że jest to klucz do rozwiązania zagadki.

Zabójstwo pewnego bezdomnego mężczyzny, które w szczegółach bardzo przypomina zbrodnię popełnioną w 1947 roku, naprowadza Muldera i Scully na ślad legendarnej bestii, znanej jako Diabeł z Jersey, która od 40 lat grasuje po lasach okalających Atlantic City.

Agenci zajmują się sprawą Lauren, w której otoczeniu zmarły ostatnio trzy osoby. Mulder podejrzewa, że w grę mogą wchodzić zjawiska psychokinetyczne. Uważa również, że w sprawę zamieszany jest duch byłego szefa młodej kobiety, którego śmierć uznano za samobójstwo, a w istocie został on zamordowany i teraz stara się ją chronić przed swoim byłym wspólnikiem. Scully pozostaje sceptyczna.

W Bostonie, Mulder i Scully badają sprawę nietypowej śmierci jednego z dyrektorów korporacji. Wszystkie poszlaki wskazują na twórcę systemu komputerowego, zarządzającego funkcjonowaniem biurowca. Mulder jednak uważa, iż jest on niewinny. W końcu podejrzenie pada na komputer wyposażony w wysoce zaawansowaną formę sztucznej inteligencji.

Gdy pracownicy arktycznej stacji badawczej zaczynają się w tajemniczy sposób nawzajem zabijać, w kilka dni po wykonaniu najgłębszego jak dotąd odwiertu w lodzie, Mulder i Scully towarzyszą grupie lekarzy i naukowców mających przeprowadzić śledztwo. Na miejscu odkrywają organizm, który zaraża żywe stworzenia, po czym wzmacnia u nosiciela poczucie gniewu i paranoi. W miarę jak nowy zespół zaczyna chorować, zastanawiają się, kto spośród nich może być zabójcą.

Tajemnicza siła sabotuje start promu kosmicznego. Ślady prowadzą bezpośrednio do dowódcy zespołu, który twierdzi, iż kiedyś, podczas obserwacji Marsa z orbity okołoziemskiej, zauważył w kosmosie obcego. Mulder podejrzewa, że duch kosmity przybył wraz nim na Ziemię i jest przyczyną zjawisk na statku.

Mulder stawia na szali przyszłość Archiwum X po tym, jak udaje się na miejsce katastrofy UFO, które szybko przejmuje wojsko, by zatrzeć ślady. Zostaje aresztowany, a więzieniu poznaje Maxa Feniga, ufologa i fana teorii spiskowych. Po wypuszczeniu z aresztu, Scully nakłania go do powrotu do Waszyngtonu, w celu spotkania się z przełożonymi i ratowania swojej posady. Mulder jednak dowiaduje się, że Fenig wie więcej niż się wydaje, ignoruje ostrzeżenia swojej partnerki i zostaje, by go ratować.

Gdy dwaj ojcowie, mieszkający po przeciwnych stronach kraju, zostają w niewytłumaczalny sposób zamordowani dokładnie o tej samej godzinie i w ten sam sposób, Mudler i Scully dowiadują się, że ich ośmioletnie córki są bliźniaczkami jednojajowymi i zostały stworzone w ramach kontynuacji eksperymentu eugenicznego z lat 50., który polegał na klonowaniu chłopców o imieniu Adam i dziewczynek o imieniu Ewa. Klony były silniejsze i bardziej inteligentne, ale jednocześnie skłonne do zaburzeń psychotycznych.

Na prośbę dawnej dziewczyny Muldera, z czasów studiów w Oxfordzie, agenci prowadzą śledztwo w sprawie śmierci i nękania brytyjskich arystokratów, którzy stali się celem seryjnego podpalacza. Okazuje się, że sprawca posiada zdolności pirokinetyczne, a jedynym powiązaniem z przestępstwami są listy miłosne do żon ofiar.

Umiera ojciec Scully. Tymczasem ginie dwoje nastolatków, a pewien skazaniec, oczekujący na egzekucję, twierdzi, że jest jasnowidzem i może doprowadzić Muldera do seryjnego zabójcy, w zamian za złagodzenie wyroku z kary śmierci na dożywocie. Scully jest skłonna mu uwierzyć, ale Mulder pozostaje sceptyczny.

Seria identycznych morderstw na tle seksualnym, gdzie zabójca wydaje się być zarówno kobietą, jak i mężczyzną, naprowadza Muldera i Scully na tajemniczą sektę, przypominającą Amiszów i jednego z jej członków, który jest w stanie zmieniać swoją płeć.

Agent FBI Jack Willis oraz przestępca Warren Dupre zostają postrzeleni w tym samym czasie, w trakcie napadu na bank. Dupre umiera, ale Willisa daje się uratować. Gdy agent ucieka ze szpitala i zaczyna się dziwnie zachowywać, Mulder stwierdza, że świadomość Dupre przeniosła się do ciała Jacka Willisa.

Psychopatyczny przestępca z jednej ze starych spraw Muldera – John Barnett – powraca, by dokonać na nim zemsty za wsadzenie go do więzienia. Przed jego zwolnieniem, pewien lekarz renegat znalazł sposób na odwrócenie procesu starzenia się, wykorzystując Barnetta w charakterze królika doświadczalnego. Agenci ścigają się z czasem, by złapać nierozpoznawalnego, młodzieńczego Barnetta zanim ten spełni swoje groźby i wymorduje wszystkich bliskich Muldera.

Głębokie Gardło informuje Muldera i Scully o UFO zestrzelonym nad Irakiem, które w tajemnicy przewieziono do Stanów. Jednakże później, celowo wprowadza agentów w błąd, by nie mogli odkryć prawdy.

Mulder i Scully udają się do Tennessee, by przeprowadzić śledztwo w sprawie domniemanego cudotwórcy – młodego człowieka, który posiada zdolność leczenia ludzi za pomocą dotyku – po tym, jak ktoś umiera wkrótce po sesji uzdrawiania.

Mulder i Scully jadą do indiańskiego rezerwatu w północno-zachodniej Montanie, aby przeprowadzić śledztwo w sprawie nieumyślnego spowodowania śmierci. Mulder wierzy, że sprawa łączy się z pierwszym, kiedykolwiek stworzonym Archiwum X w FBI, którego głównym przedmiotem jest likantropia, inaczej wilkołactwo.

Mulder i Scully udają się w odległe tereny leśne stanu Waszyngton po tym, jak zostaje zgłoszone zaginięcie grupy trzydziestu drwali. Wkrótce odkrywają, że wybudzono niewidzialną siłę, która przez lata znajdowała się w uśpieniu.

Mimo starań Muldera, Tooms zostaje wypuszczony z zakładu psychiatrycznego, w którym został zamknięty po napaści na Scully. Potrzebna jest mu ostatnia wątroba, to pozwoli mu wejść w stan hibernacji i przeczekać kolejne 30 lat. Mulder i Scully ścigają się z czasem, by znaleźć dowody jego udziału w serii niedawnych morderstw zanim Tooms ponownie rozpłynie się w powietrzu.

Po tym, jak pewien detektyw i jego były partner giną w niewyjaśnionych okolicznościach, oba wypadki powiązane zostają z dziewczynką, która była świadkiem tych zgonów. Mulder wierzy, że ośmiolatka może być reinkarnacją policjanta, zamordowanego przez swoich kolegów.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa popełnionego w ośrodku naukowym. W miarę, jak jeden po drugim giną kolejni członkowie zespołu badawczego, jedynym podejrzanym staje się umysłowo upośledzony dozorca o imieniu Roland.

Głębokie Gardło daje Mulderowi cynk, żeby zajął się sprawą pościgu za piratem drogowym o nadnaturalnych zdolnościach, co naprowadza agentów na tajne laboratorium, kryjące pewien sekret, który może stanowić dowód istnienia rządowego spisku.

Archiwum X zamknięte. Mulder wyrusza do tajnej bazy w tropikach, by przechwycić pozaziemski sygnał radiowy. Dochodzi do spotkania Muldera z Obcym.

W kanalizacjach grasuje mutant, człowiek-motylica.

Na ekranach elektronicznych urządzeń pojawiają się komendy typu: „zabij, zabij wszystkich”. Komendy okazują się być podświadomością, ożywioną przez tajny rządowy eksperyment.

Giną ludzie. Umierają na coś, czego w zasadzie nie ma. Po prostu, przyśniło im się. Mulder zostaje przydzielony do sprawy, którą prowadzi agent Alex Krycek, który od tej pory staje się jego nowym partnerem. Prowadząc śledztwo, Mulder dostaje tajemniczy telefon od nieznanej osoby, który okazuje się być nowym informatorem, przejmując tym samym rolę Głębokiego Gardła. Tajemniczy mężczyzna przekazuje Mulderowi informacje o tajnym wojskowym projekcie sprzed lat, który dotyczył eksperymentów nad snem, w celu stworzenia super żołnierza.

Tytułowy Duane Barry, były agent FBI, uważa, że kilkanaście lat wcześniej został uprowadzony przez kosmitów. Przebywając w zamkniętym szpitalu psychiatrycznym porywa lekarza, a następnie w biurze podróży przetrzymuje zakładników. Mulder zostaje wezwany, aby prowadzić negocjacje z porywaczem. Barry opowiada agentowi, co zdarzyło się na pokładzie statku kosmicznego. W tym czasie Scully zdobywa zaskakujące informacje na temat przeszłości medycznej Barry’ego. Ostatecznie porywacz trafia w krytycznym stanie do szpitala, gdzie badania wydają się potwierdzać wersję o uprowadzeniu i eksperymentach medycznych. Wydostawszy się ponownie ze szpitala Barry napada na Scully.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Duane Barry porywa Scully. Na miejscu zdarzenia Mulder spotyka się z matką Scully. Mulder, współpracując z Krycekiem, próbuje odnaleźć porywacza kierującego się na miejsce kolejnego spotkania z Obcymi. Krycek, w porozumieniu z Palaczem, skutecznie utrudnia działanie Mulderowi. Pozwala to Barry’emu przekazać kosmitom Scully w zamian za siebie. Po ujęciu przez agentów Duane Barry umiera w niejasnych okolicznościach. Dochodzenie przejmuje wojsko, a Mulder zostaje oskarżony o morderstwo. Mulder oskarża Kryceka, ale ten znika. Skinner jest bezsilny, ale decyduje się reaktywować Archiwum X.

W ramach reaktywowanego Archiwum X Mulder próbuje rozwiązać sprawę szajki seryjnych morderców pozbawiających swoje ofiary krwi. Pierwszy z podejrzanych, wystawiony na działanie promieni słonecznych, umiera w areszcie. Trop prowadzi do podziemnego światka ludzi zafascynowanych wampiryzmem.

Matka Scully i Mulder przygotowują się do symbolicznego pogrzebu agentki. Niespodziewanie Scully odnajduje się w szpitalu, w stanie głębokiej śpiączki. Nie udaje się ustalić jak znalazła się w szpitalu. Zgodnie ze swoim testamentem, agentka nie chce, by jej życie podtrzymywała aparatura. Przy łóżku chorej czuwa, jako medium, Melissa, siostra Dany, oraz tajemnicza siostra Owens. Celem wyjaśnienia stanu chorej, Mulder korzysta z pomocy Samotnych Strzelców, a następnie Pana X, ale nie przynosi to rezultatów. Mulder odnajduje Palacza, próbuje wyciągnąć od niego istotne informacje, ale jest bezsilny. Skinner nie przyjmuje jego rezygnacji z FBI i motywuje go do dalszej pracy w Archiwum X. Zostaje podjęta decyzja o zaprzestaniu podtrzymywania życia agentki. Po odłączeniu urządzeń, agentka przytomnieje.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie niewytłumaczalnych zdarzeń w wulkanologicznym ośrodku badawczym. Na miejscu okazuje się, że genialny, a jednocześnie chory psychicznie szef ekspedycji, Daniel Trepkos, morduje współpracowników. Jego ofiarą stał się już Erickson, wkrótce ginie Pierce. Pozostali naukowcy – Ludwig, Tanaka i O’Neil – żyją osaczeni w ośrodku badawczym. Mulder podejrzewa, że przyczyną psychozy kierownika ekspedycji jest odkrycie pasożytniczej formy życia opartej na związkach krzemowych, która żyje wewnątrz wulkanu. Jeden z naukowców, Tanaka, umiera zabity przez wzrastającego pasożyta. Pobieżne badanie próbek potwierdza podejrzenia Muldera. Agent w towarzystwie Ludwiga schodzi w głąb wulkanu, gdzie spotyka Trepkosa. Trepkos morduje Ludwiga, w tym czasie Scully próbuje uwolnić się od zarażonej O’Neil. Trepkos schodzi do wnętrza wulkanu z ciałem ukochanej, pozostali przy życiu Mulder i Scully zostają poddani kwarantannie.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie uprowadzeń dzieci w Wisconsin. Nastolatki znajdowane są po kilkunastu godzinach, rozebrane, w szoku, z zaburzeniami pamięci, zatrute dużymi dawkami skopolaminy, z tajemniczym napisem na plecach. Miejscowy szeryf podejrzewa udział członków wegetariańskiej sekty Muzeum Czerwieni z charyzmatycznym przywódcą, byłym lekarzem, Richardem Odinem. Agenci badają inne dziwne wydarzenia w miasteczku: eksperymenty przeprowadzane na bydle rzeźnym, pomieszczenia ukryte za lustrami weneckimi w budynkach miasteczka, wypadek lotniczy małego samolotu. Okazuje się, że lekarz który zginął w katastrofie lotniczej opiekował się wszystkimi uprowadzonymi dziećmi. Przez wiele lat podawał im prawdopodobnie obce DNA wywołując nieprzewidziane efekty, w tym wzrost agresji. Kolejną ofiarą jest Rick, syn szeryfa, zostaje jednak znaleziony martwy. Podejrzany, Gerd Thomas, choć przyznaje się do uprowadzeń dzieci, nie jest winny morderstwa.

W domu starców dochodzi do gwałtu. Ofiara twierdzi, że zgwałcił ją duch.

W małym miasteczku Aubrey dochodzi do morderstw, podobnych do innych, sprzed kilkunastu lat. Treścią odcinka jest pamięć genetyczna.

Bohaterem odcinka jest fetyszysta, który bezcześci zwłoki by zdobyć trofea – włosy i paznokcie zmarłych.

Czterech nauczycieli tworzy sektę, wyznającą kult szatana. Nocą w lesie grupa nastolatków dla zabawy, wykonuje rytuał przyzywający demona, w trakcie którego jedyna osoba ginie w dziwnych okolicznościach. Na miejsce zdarzeń zostają wezwani Mulder i Scully, podczas oględzin spada na nich deszcz żab. W szkole pojawia się tajemnicza nauczycielka biologii pani Paddock, która przybyła w zastępstwie. Mulder dostrzega że w okolicy zaczynają dziać się dziwne rzeczy. Nowo przybyła nauczycielka w sekrecie odprawia dziwne obrzędy, na skutek których jedna z uczennic popełnia samobójstwo. Wyznawcy kultu szatana wyczuwają obecność, tajemniczej siły. Jeden z nich zaczyna wątpić w słuszność swoich dotychczasowych działań, składa zeznania Mulderowi za co zostaje ukarany przez panią Paddock, która zdaje się być diabłem wcielonym w człowieka. Pozostali członkowie sekty postanawiają złożyć w ofierze Muldera i Scully, aby załagodzić gniew demona.

Żołnierze, z obozu dla uchodźców z Haiti, giną w tajemniczych okolicznościach. Mulder podejrzewa, że to sprawa voodoo.

W tym odcinku pojawia się siostra Muldera, Samantha. Na lekarzy poluje mężczyzna, który wbija im szpikulec w podstawę czaszki. Wszyscy mężczyźni byli klonami. Samantha wyjaśnia Mulderowi, że zamordowani lekarze to potomkowie dwóch obcych, którzy pojawili się na Ziemi w latach 40. Od tamtego czasu budują oni kolonie – zaplecze pod inwazje, wierząc że czas ludzi dobiega końca. Łowca który zabija lekarzy ma za zadanie zlikwidować kolonie klonów, ponieważ nie mają oni zgody na przeprowadzanie takich działań.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Podczas próby uwolnienia Scully łowca zabija Samanthę. Mulder dostaje wiadomość, dzięki której odkrywa kolejne klony, które wyglądają jak Samantha. Kobiety proszą Muldera o pomoc w ukryciu przed łowcą pierwszego klona. Wkrótce pojawia się zabójca, obezwładnia Muldera i zabija wszystkie klony. Od swojego informatora Mulder dostaje informacje o lokalizacji statku łowcy, Fox postanawia ruszyć jego śladem. Dociera do opuszczonej łodzi podwodnej. Próbując obezwładnić łowcę strzela do niego zarażając się toksyczną krwią obcego. Na wpół żywy Mulder trafia do wojskowego szpitala, w którym pojawia się agentka Scully. Tylko ona wie jak wyleczyć partnera z tajemniczego wirusa.

Z ZOO znikają zwierzęta, po czym, ni stąd, ni zowąd, pojawiają się w różnych rejonach miasta. Mulder podejrzewa, że pozaziemska cywilizacja podjęła się utrzymania ginących gatunków na naszej planecie.

Mulder i Scully trafiają na statek, który był przez dziesiątki lat toczony przez rdzę. Okazuje się, że agenci trafili na fałdę czasową i nie są zbyt odporni na taką nagłą zmianę czasu.

Ginie cyrkowiec. Mulder początkowo sądzi, że to syrena z Fidżi, lecz prawda jest zupełnie inna i jeszcze bardziej zaskakująca.

Zdarzył się wypadek. Chłopca potrąciła lokomotywa, lecz balon, który trzymał w ręku, unosił się bez ruchu w powietrzu. Podczas jednej z rozmów okazuje się, że starszy brat chłopca miał bliźniaka, który umarł przy porodzie.

Szybko rozprzestrzeniająca się zaraza w więzieniu, w Wirginii.

Pewien naukowiec wytwarza coś w rodzaju czarnej dziury, przemieniając każdego w proch, gdy wejdzie na jego cień.

W pewnym mieście następuje seria zaginięć. Nagle pewna dziewczyna zaczyna chorować na bardzo rzadką chorobę. Agenci w rzece znajdują wygotowane kości wielu zaginionych osób.

W rezerwacie Indian w Navajo, zostaje znaleziony szkielet Obcego. Tymczasem Mulder dostaje od pewnego anarchisty-hakera kasetę z tajnymi danymi Departamentu Obrony nt. kosmitów. Tekst jest jednak zaszyfrowany w języku indiańskim.

Kontynuacja ostatniego odcinka drugiej serii. Albert Hosteen przetłumaczył zapis z taśmy lecz wojsko, z nakazu Palacza odbiera Scully papiery. Okazuje się, że Mulder przeżył atak i leczy się u Indian. Scully zostaje zawieszona w wykonywaniu czynności. Przypadkowo odkrywa, że ma pod skórą wszczepiony implant. Tajemniczy mężczyzna ostrzega Scully przed planowanym zamachem na jej życie. Mulder odwiedza swoją matkę, pyta ją o przeszłość ojca i tajemnicze zdjęcie, na którym widnieje m.in. pierwszy informator Muldera. Krycek przez pomyłkę strzela do Melissy, siostry Scully. Dana podejrzewa, że to Skinner ma ją zabić, ale on twierdzi, że ma dla niej kasetę z danymi.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Scully, wspólnie z Samotnymi Strzelcami, rozwiązują zagadkę kasety. Trafiają do rządowych archiwów, gdzie są przetrzymywane informacje nt. wielu ludzi, w tym agentów FBI. Skinner mówi Palaczowi, że ma zapis z kasety. Albert Hosteen i 20 członków jego plemienia nauczyło się go na pamięć. Melissa Scully umiera w szpitalu.

Młody chłopak z Oklahomy, Darin Peter Oswald jest w stanie władać piorunami. W miasteczku ginie kilku młodych chłopaków. Agenci postanawiają zająć się tą sprawą.

Mulder i Scully zajmują się sprawą morderstw wróżbiarzy. Pomaga im Clyde Bruckman, który potrafi przewidzieć czyjąś śmierć

Skazaniec z celi śmierci, Napoleon „Neech” Manley, zostaje stracony na krześle elektrycznym. Przed egzekucją mówi, że zemści się na wszystkich, którzy go źle traktowali. Wkrótce giną strażnicy więzienni.

Pan Incanto umawia się z samotnymi kobietami na randki. Jednak zamiast flirtu, zjada ich skórę.

W zakładzie opieki nad weteranami wojennymi, pewien były żołnierz pragnie popełnić samobójstwo, ale ciągle mu się nie udaje. Wkrótce potem, w jego dawnej jednostce dochodzi do serii niewytłumaczalnych zjawisk.

W Seattle, Carl porywa dziewczynkę Amy i mówi jej „nikt nas nie zniszczy”. W tym samym momencie na drugim końcu miasta, kobieta, która była kiedyś porwana, Lucy ma krwotok i wypowiada te same słowa.

W Knoxville, grupa japońskich naukowców zostaje zabita w trakcie sekcji Obcego. Wkrótce potem, Mulder trafia do tajnego laboratorium, gdzie Amerykanie i Japończycy badają wrak UFO. Mulder widzi również, jak do pociągu ładują żywą, zamaskowaną istotę. Postanawia on dostać się do tego pociągu.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. W Zachodniej Wirginii dochodzi do masowego mordu na trędowatych. Mulder, który wskoczył do pociągu, znalazł tam japońskiego lekarza, uczestniczącego w zabiegach na Scully. Okazuje się, że w pociągu jest bomba.

Zabity zostaje pastor-oszust. Udawał stygmatyka. Niedługo potem młody chłopiec Kevin naprawdę ma stygmaty. Zabójca usiłuje go zamordować.

Inwazja karaluchów z metalowymi pancerzykami w Massachusetts.

W małym miasteczku dochodzi do serii zabójstw nastolatków. Lokalni mieszkańcy podejrzewają, że za zbrodnie odpowiedzialni są członkowie sekty satanistycznej. Mulder współpracuje z detektyw White, którą jest zainteresowany. Scully jest wyraźnie zazdrosna. Okazuje się że winnymi tajemniczych zgonów i niewytłumaczalnych zjawisk są dwie nastolatki obdarzone nadprzyrodzonymi zdolnościami. Mulder podejrzewa, że ich moc pochodzi ze zbliżającej się koniunkcji planet.

W Waszyngtonie zostaje zabity model z Wydziału Sztuk Pięknych. Zabójcą jest John Mostov, więc Mulder i Scully zamykają go. Wkrótce giną kolejni mężczyźni. Mulder musi współpracować z dawnym nauczycielem, Billem Patersonem.

Francuscy nurkowie odnajdują wrak samolotu z drugiej wojny światowej. Jeden z nich odkrywa, że w kadłubie samolotu nadal znajduje się żywy pilot, w jego oczach znajduje się dziwna czarna substancja, określana jako „Czarny Rak”. Po wyciągnięciu nurka na powierzchnię, teraz w jego oczach pojawiła się ta sama substancja. Wszyscy, prócz niego, zapadli na chorobę popromienną. Scully spotyka się ze starym przyjacielem ojca, który miał podobne przeżycia, podczas misji wykonywanej w trakcie drugiej wojny światowej. Francuski nurek wraca do swojego domu, i zaraża swoją partnerkę. Teraz to ona staje się nosicielem nieznanej substancji. Mulder prowadząc śledztwo wyrusza do Hongkongu, a jego tropem podąża zainfekowana kobieta. W Hongkongu Mulder spotyka Kryceka. Skinner zostaje ostrzeżony, aby dla swojego dobra porzucił sprawę morderstwa siostry Scully. Niedługo potem Skinner zostaje postrzelony. Mulderowi udaje się złapać Kryceka.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Krycek wracają do Waszyngtonu po kasety z rządowymi dokumentami. Scully odwiedza rannego Skinnera w szpitalu. Okazuje się, że zamachowcem jest ten sam człowiek, który uczestniczył w zabiciu jej siostry. Mulder spotyka się z członkiem Syndykatu. Wychodzi na jaw, że oni także szukają Kryceka. Mulder dowiaduje się, że w czasie drugiej wojny światowej, zostało zestrzelone UFO, którego wrak leżał na dnie morza, przez dziesięciolecia. Palacz bez zgody Syndykatu, przenosi wrak UFO w inne miejsce. Krycek kontaktuje się z Palaczem, oddaje mu kasetę z danymi, w zamian otrzymuje informacje o lokalizacji statku. Mulder i Scully udają się do opuszczonej bazy wojskowej. Palacz przeszkadza agentom w złapaniu Kryceka. Czarny Rak manipulując ciałem Kryceka, wykorzystał go, aby powrócić do swojego statku.

W Wirginii, mężczyzna pod pseudonimem Nagabywacz, potrafi siłą woli zmusić kogoś do samobójstwa. Za każdym razem potrafi się wymknąć policji, bo na nich też wpływa.

Ekspedycja dr Roosevelta w Ekwadorze odnajduje szczątki Amaru – indiańskiej szamanki. Zabierają je stamtąd, pomimo że grozi to klątwą. Wkrótce pojawiają się pierwsze ofiary...

W chińskiej dzielnicy San Francisco zostaje spalony imigrant z Chin (nie pierwszy w tym roku). Okazuje się, że byli oni członkami gry, w której sprzedawali swoje narządy.

Dwoje nastolatków jadąc samochodem doznaje przeskoku w czasie. Po jakimś czasie, dziewczyna odnajduje się i ma obrażenia jak po zgwałceniu. Następnie odnajduje się i chłopak, którego policja oskarża o gwałt. Oboje jednak twierdzą, że zostali porwani przez kosmitów.

Zastępca Dyrektora Walter Skinner jest w trakcie rozwodu. Z tego powodu jest w depresji i idzie, z poznaną w barze dziewczyną, do hotelu. Następnego dnia, dziewczyna leży obok niego, ze skręconym karkiem. Mulder i Scully starają się pomóc Skinnerowi.

W Georgii ginie w tajemniczych okolicznościach dr Bailey. Wcześniej zaginął również zastępowy harcerzy. Niektórzy miejscowi mieszkańcy są przekonani, że zjadł go potwór z pobliskiego bagna.

W Maryland dochodzi do serii tajemniczych zabójstw. Okazuje się, że jeden z ich sprawców, we wszystkich swoich ofiarach, widział twarz bośniackiego zbrodniarza wojennego. Wszystko wskazuje na to, że te przywidzenia, to efekt oglądania telewizji.

Pewien mężczyzna w barze mówi przypadkowym gościom o swoich niepowodzeniach. Nagle, w akcie rozpaczy, zaczyna do nich strzelać. Świadek tego zdarzenia, Jeremiah Smith, cudownie uzdrawia postrzelonych. Tymczasem Palacz spotyka się z matką Muldera. Wkrótce potem pani Mulder doznaje rozległego udaru.

Kontynuacja ostatniego odcinka trzeciej serii. Mulder i Jeremiah Smith uciekają przed mordercą i trafiają do wioski, w której pracują klony porwanych dzieci, również Samanthy. Scully odkrywa informacje nt. katalogowania ludzi, za pomocą Programu ds. Walki z Ospą. Informator Muldera – X – zostaje zamordowany. Palacz zleca uzdrowienie pani Mulder. Nową informatorką Muldera zostaje Marita Covarrubias.

Agenci zajmują się sprawą znalezionego noworodka z wieloma deformacjami genetycznymi. W trakcie śledztwa, wychodzi na jaw, że w sąsiedztwie mieszka rodzina Peacocków, którzy od pokoleń płodzą dzieci tylko pomiędzy sobą.

Teliko to afrykańskie duchy powietrza. Następuje seria tajemniczych zgonów czarnoskórych mężczyzn, których skóra została pozbawiona barwnika.

Pewna młoda kobieta robi zdjęcie do paszportu. Fotograf, który wywołał to zdjęcie zauważa, że na kliszy, twarz kobiety jest mocno zniekształcona. Te informacje prowadzą agentów FBI do człowieka o nienaturalnie długich nogach.

FBI dokonuje nalotu na sektę Efezjan, w poszukiwaniu arsenału broni. Podczas nalotu Mulder doznaje osobliwego wrażenia, jakby kiedyś już był w tym miejscu. Agenci przesłuchują kobiety z otoczenia guru sekty. Podczas przesłuchania jedna z żon guru, Melissa, doznaje rozszczepienia osobowości. Scully wierzy, że jest to tylko zaburzenie psychicznie, jednak Mulder podejrzewa, że w kobiecie uaktywniło się jej poprzednie wcielenie. Podczas ponownego pobytu na farmie, kobieta przypomina sobie wydarzenia z poprzedniego życia. Opowiada o bitwie z okresu wojny secesyjnej, twierdząc że w poprzednim wcieleniu Mulder brał udział w tej bitwie.

Mulder i Scully badają sprawę kliniki chirurgii plastycznej, gdzie kilku lekarzy, nieświadomie, zabiło pacjentów podczas operacji. Okazuje się, że rozwiązanie ma związek z datami urodzin i sabatem czarownic.

Odcinek poświęcony Palaczowi. Opowiada historię jego życia – o tym jak uczestniczył on w zamachu na prezydenta Kennedy’ego i Martina Luthera Kinga. Ujawnia również, że Palacz, pomimo wielu wad, ma talent literacki.

Agenci Mulder i Scully rozbijają grupę terrorystyczną. Okazuje się, że Krycek jest członkiem tej grupy. Agenci dostają od niego cynk, o tajnej przesyłce dyplomatycznej, którą ma przywieźć rosyjski kurier. Okazuje się ona być skałą pozaziemską i pochodzi z meteoru tunguskiego, który spadł na Ziemię w 1908 roku. Podczas badania w laboratorium wychodzi na jaw, że w skale znajdują się mikroby Czarnego Raka. Naukowiec badający meteoryt ulega zakażeniu. Krycek idzie na współpracę z agentami, żądając w zamian ochrony. Początkowo Mulder umieszcza Kryceka w swoim mieszkaniu, a wkrótce potem udają się do Rosji. Odkrywają gułag i kopalnie, w której wydobywa się fragmenty meteorytu tunguskiego. Od jednego z więźniów Mulder dowiaduje się, że w obozie przeprowadzane są nielegalne eksperymenty na ludziach. Celem badań jest opracowanie szczepionki przeciwko Czarnemu Rakowi. Krycek dogaduje się z władzami gułagu. Tymczasem Mulder zostaje zainfekowany Czarnym Rakiem.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. W Rosji zostaje wydane polecenie, aby były członek KGB zabił wszystkich którzy mieli kontakt ze skałą w USA. Mulder i Krycek usiłują uciec z obozu pracy na Syberii. Ulegają oni jednak wypadkowi: Mulder znajduje schronienie u tubylców, natomiast Krycek, aby przeżyć, musi dać sobie odciąć rękę.

Seryjny morderca, odsiadujący dożywocie twierdzi, że to on zamordował Samanthę. Mulder, aby odkryć prawdę, daje sobą pogrywać.

W Puerto Rico grasuje obcy, zwany przez mieszkańców El Chupacabra. Jest on podejrzany o morderstwo młodej dziewczyny.

Pracownik karetki pogotowia, świetnie znający się na medycynie, „zabiera” komórki nowotworowe ludziom chorym na raka, aby sam mógł przeżyć.

Pewien mężczyzna, który jest świeżo po rozwodzie, upija się w pubie i potem robi sobie tatuaż z napisem „never again” (nigdy więcej). Wkrótce zaczyna słyszeć głosy. Podejrzewa, że to właśnie tatuaż do niego mówi.

Scully dowiaduje się, że ma raka nosogardła. Okazuje się, że choroba może być wynikiem uprowadzenia. Kontaktuje się ona z kobietą, która także była uprowadzona i też ma raka. Mulder jest gotów poprosić o pomoc Palacza.

Zostaje zabity młody Żyd, właściciel sklepu. W czasie, gdy jego rodzina opłakuje śmierć, ktoś zaczyna zabijać sprawców tej zbrodni. Ślady wskazują właśnie na zabitego Żyda.

Weteran wojny w Wietnamie, posiadający niezwykłą zdolność do ukrywania się przed ludzkim wzrokiem, zabija generałów, którzy odpowiadają za pozostawienie go na pewną śmierć w czasie wojny.

Rozbija się pasażerski samolot. Mulder i Scully prowadzą w tej sprawie śledztwo. Okazuje się, że jednym z pasażerów, był stary znajomy agentów – Max Fening. Odkrywają oni, że samolot został zestrzelony wraz z UFO.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zostaje aresztowany, za utrudnianie śledztwa. Wojsko zaciera ślady po rozbiciu się UFO, usuwając wrak z jeziora. Wychodzi na jaw, że Obcy interesowali się właśnie Maxem.

Młody naukowiec zostaje ostrzeżony przez starszego mężczyznę, że za chwilę potrąci go autobus. Tak się rzeczywiście dzieje. Okazuje się, że ów starszy człowiek przybył z przyszłości aby zapobiec wynalezieniu śmiertelnej broni.

Mulder i Scully zajmują się sprawą mężczyzny, który jest w stanie zmienić się w dowolnego człowieka. Jego znakiem rozpoznawczym jest jednak ogon, z którym się urodził.

W Wirginii, pracownica poczty zostaje zabita w toalecie. FBI wszczyna śledztwo w tej sprawie. Tymczasem Skinner zaciera ślady i pali zwłoki. Mulder sam prowadzi dochodzenie, gdyż Scully jest w szpitalu – lekarze podejrzewają przerzuty. Skinner próbuje uzyskać lekarstwo dla Scully, w tym celu musi wykonywać polecania Palacza. Mulder odkrywa, że pszczoły które zabiły pracownice poczty przenoszą zmutowany wirus ospy. Syndykat przeprowadza pierwszą próbę ataku na ludziach z użyciem pszczół. Za cel wybierają przedszkole.

W Waszyngtonie właściciel kręgielni widzi zjawę. Po chwili znajduje trupa dziewczyny, która mu się objawiła. Mulder i Scully prowadzą śledztwo w tej sprawie. Dowody doprowadzają ich do, chorego na autyzm, Harolda.

Mulder budzi się w hotelu, w Rhode Island i nie pamięta niczego z ostatnich dwóch dni. Kiedy przyjeżdża Scully, trafiają do domku letniskowego państwa Cassandra i znajdują tam trupy właścicieli. Mulder nie dość, że zostaje aresztowany, to jeszcze oskarża swoją matkę o romans z Palaczem.

W Kanadzie grupa naukowców odnajduje zamarznięte zwłoki Obcego. Mulder wraz z towarzyszami sprowadza ciało do USA i przeprowadza amatorską sekcję. Tymczasem Scully aresztuje Michaela Kritschgau, który twierdzi, że ciało Obcego zostało spreparowane przez ludzi, którzy wstrzyknęli jej komórki rakowe. Scully identyfikuje zwłoki Muldera.

Akcja odcinka rozpoczyna się bezpośrednio po wydarzeniach z finału czwartej serii. Okazuje się, że Mulder sfingował swoją własną śmierć, aby odkryć prawdę o Obcych. Michael Kritschgau zachwiał bowiem jego dotychczasową wiarą. Scully brnie w kłamstwa przed komisją, aby umożliwić Mulderowi działanie. Fox próbuje również znaleźć lekarstwo dla Dany.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Stan Scully znacznie się pogarsza i ląduje ona w szpitalu. Palacz naprowadza Muldera, jak zdobyć lekarstwo dla Scully. Przyprowadza do niego również Samanthę i obiecuje ujawnienie prawdy o Obcych. Chce jednak, by Mulder odszedł z FBI i pracował dla niego. Nowotwór Scully ulega remisji.

Odcinek poświęcony Samotnym Strzelcom. Historia zaczyna się w roku 1989, kiedy to Byers, Frohike i Langly poznają się, przy okazji pomocy w ucieczce pięknej kobiecie, Susanne Modeski, która okazuje się być groźną przestępczynią. Ściga ją Fox Mulder.

Na Florydzie, w lesie dochodzi do zaginięcia trzech mężczyzn. Wszystko wskazuje na to, że porwał ich niewidzialny drapieżnik.

Mulder dostaje list od kobiety z Indiany, która twierdzi, że 18 lat temu została zapłodniona w bardzo dziwnych okolicznościach. Teraz jest ponownie w ciąży i znów twierdzi, że zapłodnił ją potwór – Wielki Mutato.

Scully spędza święta Bożego Narodzenia wraz z matką, z bratem i jego żoną. W pewnym momencie dostaje dziwny telefon, w którym słyszy wołanie o pomoc, swojej nieżyjącej siostry. Prosi ona by zajęła się ona sprawą Emily Sin. Dana podejrzewa, że biologiczną matką dziewczynki jest właśnie Melissa.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Okazuje się, że to Dana jest matką Emily. Scully stara się o adopcję dziewczynki. Niestety, Emily ma wysoką gorączkę i jej stan znacznie się pogarsza. Mulder usiłuje znaleźć informację nt. jej wcześniejszego leczenia. Jest już jednak za późno – dziewczynka zapada w śpiączkę i umiera na rzadki rodzaj anemii.

Z więziennego szpitala ucieka Robert Modell – Nagabywacz, który został wcześniej aresztowany przez Muldera. Ma on zdolność do narzucania swojej woli innym. Modell rozpoczyna Kitsunegari – polowanie na lisa (Fox = lis).

W Michigan pewien nastolatek jest podejrzany o zabicie swojego ojczyma. W szkole jest uważany za ofermę i Mulder nie wierzy w jego winę. Kilka dni później ojciec jego przyjaciółki, Lisy również ginie w tajemniczych okolicznościach.

Scully przebywa na wakacjach w Maine, gdzie jest świadkiem dziwnego zdarzenia w hipermarkecie. Wszyscy w środku doznają ataku szału i zaczynają wydrapywać sobie oczy. Trop prowadzi do Melissy Turner, która uważna jest za wiedźmę, i jej córki.

W Waszyngtonie, w barze spotykają się handlarze narkotyków, by zabić człowieka, który jest im winny pieniądze. Po chwili wpada tam policja i rozpętuje się strzelanina. Mulder i Scully znajdują tam komputer pewnego informatycznego geniusza i sądzą, że jego obecność tam nie była przypadkowa.

W Teksasie, Mulder zabija człowieka, który udawał wampira. Wraz ze Scully, mają stanąć przed Skinnerem żeby przedstawić mu raport. Starają się więc wiernie odtworzyć przebieg wydarzeń. Cały odcinek zabarwiony jest lekką nutką humoru.

W Kazachstanie dwóch chłopców widzi jak coś spada z nieba. Chwilę potem wszystko staje w płomieniach. Następnego dnia Marita Covarrubias widzi tam Kryceka. Tymczasem Scully poznaje Cassandrę Spender – kobietę wielokrotnie porywaną przez kosmitów, a także jej syna Jeffreya – agenta FBI.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Scully budzi się z lekkimi oparzeniami, jednak wielu ludzi na moście zostało spalonych, a Cassandra Spender zaginęła. Dana postanawia się więc poddać hipnozie, aby przywrócić wspomnienia. Członkowie Syndykatu odkrywają, że podpalaczami byli kosmici-rebelianci bez twarzy.

Akcja dzieje się w roku 1990. W tym właśnie czasie młody agent FBI, Fox Mulder, zaczyna się interesować jedną z pierwszych spraw Archiwum X z 1952 roku, w którą może być zamieszany jego ojciec.

Mulder i Scully prowadzą sprawę morderstwa w stanie Delaware. Wszystkie dowody wskazują na to, że podejrzaną jest niewidoma kobieta. Mulder jednak nie wierzy w jej winę.

Pewnej nocy, szesnastoletnia, upośledzona umysłowo i fizycznie, dziewczyna wychodzi o własnych siłach na ulicę. Jej przybrany ojciec widzi jak klęka przed Czarną Figurą, później rozbłyskuje silne światło i dziewczyna pada martwa. O pomoc w rozwiązaniu tej zagadki prosi Scully znajomy ksiądz – ojciec McCue.

Dwunastu agentów FBI obserwuje w parku podejrzanego o rozprzestrzenianie broni biologicznej. W pewnym momencie podejrzany ucieka. Scully podejrzewa, że Mulder pozwolił mu uciec. Okazuje się, że bierze on udział w ściśle tajnej operacji i jest podwójnym agentem.

W Illinois Gary Lambert widzi jak jego szef zamienia ludzi w zombie. Sfrustrowany tym faktem, bierze zakładników, w tym przybyłego na miejsce Muldera. W czasie akcji FBI, napastnik ginie, lecz Mulder również zaczyna widzieć ludzi jako zombie.

Agenci zajmują się sprawa morderstwa rosyjskiego mistrza w czasie meczu szachowego. Rozgrywał on mecz z pewnym genialnym dwunastolatkiem, Gibsonem Praisem. Mulder, Scully i Diana Fowley prowadzą śledztwo w tej sprawie i okazuje się, że to chłopiec był celem zamachu. Tymczasem Krycek, na polecenie Syndykatu, sprowadza do kraju Palacza. Ten mówi Spenderowi, że jest jego ojcem.

Akcja dzieje się bezpośrednio po wydarzeniach z filmu pełnometrażowego. W Phoenix ginie człowiek którego ciało zostało rozerwane. Palacz wie, że to robota Obcego i szuka go z pomocą Gibsona Praisa. Tymczasem Mulder stara się odzyskać akta Archiwum X, które spłonęły w pożarze, jednak do pracy tam zostają skierowani Diana Fowley i Jeffrey Spender.

W Nevadzie pan Crump wiezie swoją żonę z szaleńczą prędkością. Kiedy zatrzymuje ich policja, żona Crumpa umiera na skutek rozerwania głowy. Samemu Crumpowi też to grozi, więc porywa Muldera i każe mu jechać na zachód. Jedyne co może go uratować, to przekłucie ucha środkowego.

Mulder trafia na statek „Królowa Anna”, który zaginął w czasie drugiej wojny światowej na obszarze Trójkąta Bermudzkiego. Jednak czas na tym okręcie się zatrzymał i wciąż jest tam wrzesień 1939 roku.

Mulder i Scully jadą do Nevady w celu spotkania się z informatorem, który ma im przekazać informacje nt. Strefy 51. W drodze jednak, zostają zatrzymani przez Morrisa Fletchera, z organizacji Majestic. W trakcie spotkania dochodzi do przelotu UFO, skutkiem czego, Mulder i Fletcher zamieniają się ciałami.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zostaje aresztowany. Scully w pewnym momencie orientuje się kim jest jej partner. Stara się pomóc Mulderowi, za co zostaje dyscyplinarnie zwolniona z FBI. Tymczasem przybywa ofiar tych zamian. Scully zauważa również, że to zjawisko zaczyna się cofać.

W Wigilię, Mulder zabiera Scully do Maryland, do domu, w którym straszy. Dokonano w nim kiedyś podwójnego morderstwa – kochankowie zabili się nawzajem. Para agentów znajduje pod podłogą dwa trupy. Były one ubrane tak samo jak oni.

Młoda matka zostaje oskarżona o morderstwo swojego nowo narodzonego dziecka. Jednak ona twierdzi, że przyśniło jej się jak demon porywa noworodka.

W małym miasteczku, w Kansas, Mulder i Scully prowadzą śledztwo w zagadkowej sprawie. Otóż pewien człowiek jest tam uważany za zaklinacza deszczu. Wszystkiemu zaś towarzyszą perturbacje uczuciowe bohaterów.

Do szpitala zostaje przyjęty dyrektor Skinner, z ciężkimi objawami – we wszystkich jego żyłach są zakrzepy, które grożą zawałem. Scully stara się mu pomóc i czuwa przy jego łóżku. Mulder za to stara się wyjaśnić co spowodowało u przełożonego taki stan. Okazuje się, że ma to związek z ustawą 819, dotyczącą nanotechnologii.

Scully dostaje od Kersha ostatnią szansę i zostaje przydzielona do agenta Paytona Rittera. Ma mu pomóc w rozpracowaniu sprawy fotografa, który, dziwnym zbiegiem okoliczności, zawsze jest pierwszy na miejscu zbrodni. W tajemnicy przed innymi, w sprawie pomaga jej również Mulder.

FBI odnajduje Cassandrę Spender, która była operowana przez lekarzy, którzy spłonęli. Ona koniecznie chce się widzieć z Mulderem. Mówi jemu i Scully, że jest pierwszą hybrydą człowieka z Obcym. Palacz spotyka się z członkami Syndykatu i mówi o zbliżającej się inwazji. Jeffrey Spender dostaje kolejne polecenie od ojca i doprowadza do zwolnienia Muldera i Scully. Palacz prosi o pomoc Dianę Fowley, natomiast Cassandra twierdzi, że Mulder musi ją zabić by uratować świat.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder nie mógł zabić Cassandry. W chwili gdy chciał to zrobić, Diana Fowley poddała jego, ją i Scully, kwarantannie i przewiozła do ośrodka. Mulder spotkał tam Maritę Covarrubias. Wkrótce potem, Palacz wyjawia mu prawdę o Obcych i o kolonizacji. Jednak zamiast Obcych, pojawiają się Rebelianci i zabijają wszystkich członków Syndykatu i ich rodziny, a także Cassandrę. Jedynie Palacz przeżył i udał się do Jeffreya by go zabić.

Na Florydzie szaleje huragan. W małym miasteczku zostaje zamordowane kilka osób. Ich ciała zostały wessane do kanalizacji przez nieznanego pasożyta. Gdy Mulder i Scully przybywają, huragan przybiera na sile i drogi stają się nieprzejezdne. Agenci zostają uwięzieni.

W tym odcinku świat wpada w pętlę czasową i ten sam dzień (poniedziałek) powtarza się cały czas. Tego dnia Mulder i Scully idą do banku, by zrealizować czek. Bank zostaje opanowany przez terrorystę, który wszystkich zabija. Tylko jedna kobieta widzi powtarzające się wydarzenia i próbuje je powstrzymać.

W Kalifornii, na pewnym idyllicznym osiedlu dochodzi do serii zaginięć. Mulder i Scully mają za zadanie zinfiltrować mieszkańców podając się za nowożeńców – Roba i Laurę Petrie.

Azjatycki pies, Wanshong Dhale, który był uważany za gatunek wymarły, zabija kilku ludzi. Mulder i Scully starają się złapać bardzo niebezpieczne zwierzę z miejscowym szeryfem i ekscentrycznym łowcą.

W więzieniu, w czasie tornada, groźny przestępca – Pinker – zabija strażnika i ucieka. Okazuje się, że może on przenikać przez ściany, a teraz szuka swojej byłej dziewczyny, która urodziła jego dziecko.

Następuje seria morderstw, w których ofiary mają usuwane serca. Okazuje się, że sąsiad Muldera jest pisarzem, który opisuje właśnie te morderstwa. Scully jest nim zafascynowana.

Mulder interesuje się sprawą z 1947 roku, kiedy to młody oficer, Arthur Dales, zostaje zobligowany do ochrony czarnoskórego baseballisty. Gracz ten jest wielką nadzieją Czarnych na grę w zawodowej lidze, lecz polują na niego członkowie Ku Klux Klanu.

Drugi odcinek poświęcony Samotnym Strzelcom. Kontynuacja wątków przedstawionych w odcinku 100. Po dziesięciu latach od konferencji w Baltimore, gdzie się poznali, przyjeżdżają na kolejną konferencję do Las Vegas, w poszukiwaniu Susanne Modeski – miłości Byersa. Kiedy ją tam znajdują, Byers zaczyna podejrzewać, że poddano ją praniu mózgu.

W Karolinie Północnej Mulder i Scully znajdują szkielety małżeństwa. Wszystko wskazuje na to, że zostali strawieni przez organiczną substancję, o składzie podobnym do soków trawiennych. Oboje agentów ma jednak potem dziwne halucynacje.

W Wybrzeżu Kości Słoniowej znalezione zostają starożytne artefakty, zawierające litery w zaszyfrowanym języku. Badający to doktorzy zostają zabici, więc w sprawę angażują się Mulder i Scully. Okazuje się, że tajemnicze znaki są w języku Indian Navajo, więc agenci zwracają się o pomoc do Alberta Hosteena, który jest jednak ciężko chory na raka. Mulder cierpi na straszliwe bóle głowy z powodu tych tabliczek i ląduje w szpitalu psychiatrycznym.

Kontynuacja ostatniego odcinka szóstej serii. Stan Muldera znacznie się pogarsza. Czuwa przy nim Skinner. Z niespodziewaną pomocą przychodzi Michael Kritschgau. We wszystko miesza się Diana Fowley, która gra na dwa fronty. Scully, po badaniach nad artefaktem, wraca do USA by pomóc Mulderowi odzyskać siły.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Do Muldera przychodzi jego matka. Wkrótce potem odwiedza go również Palacz i mówi mu, że jest jego ojcem. Zabiera go do innego szpitala i chce zamienić jego materiał genetyczny ze swoim, by móc stać się hybrydą. Skinner jest szantażowany przez Kryceka. Diana pomaga Scully znaleźć Muldera. Kiedy Mulder wraca do zdrowia dowiaduje się, że Fowley i pan Hosteen nie żyją.

W bagażniku porzuconego samochodu zostają znalezione zwłoki mężczyzny pozbawionego mózgu. Plakietka leżąca obok ciała naprowadza agentów na trop miejscowego fast-foodu o nazwie „Lucky Boy”. Podejrzenia padają na jednego z pracowników, który ma za sobą wyrok, jednak Mulder sądzi, że sprawcą jest mutant odczuwający niepohamowany apetyt na mięso.

Odcinek nawiązujący do innego serialu ze stajni Chrisa Cartera – „Millennium”. Pojawia się w nim Frank Black, do którego Scully i Mulder zwracają się o pomoc w rozpracowaniu kilku przypadków zbezczeszczenia grobów byłych agentów FBI, którzy popełnili samobójstwo. Ślady magicznych obrzędów w pobliżu grobów wskazują, iż grupa Millenium nie zaprzestała dążenia do wywołania Armageddonu wraz z nastaniem 2000 roku i że ktoś pragnie powołać z martwych Czterech Jeźdźców Apokalipsy, którzy poprowadzą powstanie innych umarłych w Dzień Sądu.

Na obrzeżach spokojnego miasteczka znajdują się zapadłe jaskinie i ukryte rozpadliny, które są, jak się wydaje, siedliskiem potężnej elektromagnetycznej siły. Korzystanie z niej daje umiejętności znacznie przekraczające te normalnie posiadane przez ludzkie ciało. Umiejętności te przejmuje kilkoro nastolatków, jednak niektórzy z nich nie chcą ich wykorzystać we właściwy sposób.

Trwa rozgrywka pokerowa w luksusowej siedzibie mafijnego bossa, niejakiego Cutrona. Niepozorny i nieco zdenerwowany mężczyzna, Henry, który – jak się wydaje – gra po raz pierwszy, zbiera w ręku małego pokera i wygrywa sto tysięcy dolarów. Mafia w przekonaniu, iż Henry ją wykiwał, wyrzuca nieszczęśnika z okna na trzydziestym piętrze. Dziwnym trafem jednak mężczyzna wychodzi z upadku bez szwanku. Mulder podejrzewa, że mężczyzna ma nieustające szczęście.

Kontynuacja wątku z odcinka „Irresistible” z drugiego sezonu Archiwum. Skazany na dożywocie seryjny morderca i nekrofil, Donnie Pfaster, z którego rąk niegdyś Scully ledwie co uszła z życiem, ucieka z więzienia za sprawą hipnotycznych właściwości więziennego kapelana. Jest udręczony długim postem i chce jak najszybciej zaspokoić swoją żądzę zabijania, a przede wszystkim – dokończyć to, czego nie pozwolono mu zrobić przed laty. Prześladowana przez piosenkę „Don't look any further” Scully ponownie ma wrażenie, że w jej życiu ścierają się siły dobra i zła.

Magik o pseudonimie Niesamowity Maleeni daje pokaz, w którym głównym punktem programu jest obrót głowy o 360 stopni. Jednak zaraz potem zostaje znaleziony martwy w swoim samochodzie, z głową oddzieloną od tułowia. Okazuje się, że niefortunny iluzjonista miał brata – bliźniaka, który jednak miał wypadek, w którym stracił nogi. Mulder podejrzewa, że w całej sprawie, chodzi o długi karciane.

Młody członek lokalnej społeczności, niewielkiej i zgromadzonej wokół miejscowej parafii, ginie od ukąszeń grzechotników. Okazuje się, że wraz ze swoją spodziewającą się dziecka dziewczyną odszedł niedawno ze zgromadzenia Kościoła Bożego Znaków i Cudów, gdzie elementem liturgii jest taniec z jadowitymi wężami. Jednak ci, którzy wydają się najbardziej oczywistymi podejrzanymi, nie muszą być faktycznie winni.

Rodzice małej Amber Lynn LaPiere odchodzą od zmysłów, gdy ich córka znika nagle z sypialni. W sprawie jest sporo dziwnych elementów – ojciec ma wizję, w której widzi Amber martwą, a matka w swoistym transie pisze list, rzekomo od porywacza. Sprawa okazuje się być dla Muldera ciężką próbą, gdyż przypomina mu casus zniknięcia jego siostry, Samanthy. Na domiar złego, matka Foxa popełnia samobójstwo. Ten i następny odcinek są hołdem dla rodzin uprowadzanych i zamordowanych dzieci. Przywołują przykłady porwań: Amber Hagerman, (jej porwanie spowodowało wprowadzenie AMBER Alert – natychmiastowego informowania mediów o każdym podejrzanym zniknięciu dziecka), Polly Klaas oraz JonBenét Ramsey.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zmaga się z bolesną świadomością, iż samobójcza śmierć matki nie pozwoliła im wyjaśnić sobie wielu rzeczy i że wiedziała ona więcej o porwaniu Samanthy, niż mu kiedykolwiek zdradziła. Z pomocą jasnowidza, którego zdolności przebudziły się po osobistej tragedii – gdy bez śladu zniknął jego synek – Mulder odbudowuje krok po kroku zdarzenia sprzed lat. Okazuje się, że Samantha była przetrzymywana w ośrodku rządowym, z którego uciekła i wkrótce potem zmarła. Kiedy Mulder się o tym dowiaduje, odnajduje wreszcie spokój, którego tak długo szukał.

Pomysłowy odcinek zrealizowany na wzór serialu dokumentalnego „Cops”, w którym kamera towarzyszy na żywo poczynaniom amerykańskich policjantów w czasie służby. Obiektem śledztwa jest niezidentyfikowane stworzenie, grasujące w czasie pełni, które potrafi przyjąć dowolną, najbardziej w danym momencie przerażającą dla ofiary formę. Strach jest tak rzeczywisty, że potrafi zabić.

W testowaną tuż przed wypuszczeniem na rynek grę komputerową wkrada się niepokojący błąd. Nagle w grze pojawia się urodziwa i niezniszczalna superkobieta, która bez wahania wykańcza przeciwników. Problem jednak, że nie umierają jedynie w świecie wirtualnym, a ich doznane w grze obrażenia są prawdziwe. Samotni Strzelcy, którzy brali udział w pracach nad projektem, zwracają się o pomoc do Komórki X. Kiedy Mulder zostaje uwięziony w wirtualnym świecie, Scully wypowiada wojnę niebezpiecznej wersji Lary Croft.

Za pomocą ludowej magii pewien mężczyzna mści się na lekarzu, którego uważa za sprawcę śmierci swojej córki. Chce go ukarać, ściągając na rodzinę obiektu swojej nienawiści rzadko spotykane i trudne do wyleczenia choroby.

Scully jest zaintrygowana cudownym ozdrowieniem chłopca chorego na raka, którego rodzice nie wierzyli w terapie medyczne, gdyż są one wbrew woli Boga. Wkrótce odkrywa, że jego wyzdrowienie nie jest cudowne i można je wyjaśnić naukowo. Chętna, ale ostrożna, aby odkryć skrywane przez niego sekrety, Scully zgadza się na podróż z Palaczem, aby pokonać wszystkie choroby ludzkości.

W tym odcinku agenci rozdzielają się, prowadząc osobne śledztwa. Scully spędza czas na nudnych obserwacjach w nieogrzewanym budynku, marząc o solidnej kąpieli i ciepłym łóżku, Mulder zaś bada sprawę brutalnych morderstw, które poprzedza pojawienie się kruka. Kluczem do rozwiązania zagadki mogą być prywatne tajemnice miejscowego szeryfa.

Refleksyjny odcinek, którego główną bohaterką jest Scully. Przypadkowe spotkanie z mężczyzną, który był jej wykładowcą, z którym łączyło ją wielkie uczucie i od którego uciekając zrezygnowała z praktyki medycznej na rzecz FBI, staje się dla agentki przyczynkiem do rozważań nad zasadnością jej życiowych wyborów i słusznością ścieżki, którą ostatecznie wybrała. Odcinek w reżyserii Gillian Anderson.

Były pracownik koncernu tytoniowego Morley umiera dramatyczną śmiercią tuż przed złożeniem obciążających firmę zeznań. Początkowe podejrzenia, iż został zamordowany, okazują się być bezpodstawne, gdy pojawiają się kolejne ofiary. Przyczyną może być genetycznie zmutowany owad, żerujący na tytoniu – świdrzyk tytoniowec, którego larwy przedostają się do układu oddechowego wraz z dymem papierosowym. Wśród śmiertelnie zagrożonych niespodziewanie znajduje się także Mulder. Przełamanie zmowy milczenia w koncernie Morleya to jedyny sposób, by go ocalić.

Oddelegowani do zbadania sprawy dewastacji i podłożenia ładunku wybuchowego w podziemiach kościoła, znajdującego się we władaniu jednego z najbardziej wpływowych kardynałów, Mulder i Scully znoszą przy sobie irytującą obecność scenarzysty z Hollywood. Scenarzysta, kolega Skinnera z jednego roku, planuje nakręcić film o FBI. Bohaterami stają się agenci Archiwum X, jednak mają problem z rozpoznaniem siebie w postaciach z ekranu. Filmową Scully zagrała Téa Leoni – prywatnie żona Davida Duchovnego, który wyreżyserował ten odcinek.

Dwie identycznie wyglądające kobiety zdają się być połączone dziwnym polem siłowym. Jeśli znajdą się w swoim sąsiedztwie, wokół wybucha prawdziwe pandemonium: bójki, wybuchy i wypadki. Prawdziwy problem pojawi się jednak, kiedy obie pokochają tego samego mężczyznę.

W opuszczonym magazynie spoczywa wiekowy dywan, a w nim zawinięty jest najprawdziwszy dżin. Dżin ten – a właściwie ta, bo to kobieta – ma zdolność spełniania wszelkiego rodzaju życzeń osoby, która ją odwinie z dywanu. Lata obcowania z ludzką chciwością i egoizmem pozbawiły jednak dżina wszelkich złudzeń co do natury człowieka.

W Oregonie, gdzie miało miejsce pierwsze śledztwo Archiwum X, dochodzi do tajemniczego zniknięcia posterunkowego. Mulder i Scully podejrzewają, że rozbił się tam statek kosmiczny. Tymczasem umierający Palacz, na nowo współpracuje z Maritą Covarrubias i Alexem Krycekiem. Agenci FBI dowiadują się, że, za zniknięcia, odpowiadają Łowcy. Mulder znika, dobrowolnie wchodząc na pokład statku kosmicznego, czego świadkiem jest Skinner. Scully odkrywa, że – wbrew wszelkim prawom logiki – jest w ciąży. Krycek zabija Palacza, spychając jego wózek inwalidzki ze schodów.

FBI wszczyna poszukiwania Muldera. Szefem grupy dochodzeniowej zostaje agent specjalny John Doggett. Scully pozostaje wobec niego bardzo nieufna, więc decyduje się na szukanie zaginionego partnera wraz z Walterem Skinnerem. Tymczasem w FBI znikają tajne dokumenty dotyczące Gibsona Praisa. Agenci postanawiają jak najszybciej odnaleźć chłopca.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Scully i Skinner odnajdują Gibsona Praisa. Chłopiec nie wie komu ufać, ponieważ boi się porwania przez Łowców. Agenci ukrywają chłopca na pustyni, tuż pod statkiem kosmicznym, na którym przebywa Mulder. Tymczasem Łowcy są coraz bliżej złapania Gibsona, gdyż mogą upodobnić się do dowolnej osoby. Gdy chłopiec jest już bezpieczny w szpitalu, Scully zabija Łowcę. Doggett zostaje oficjalnie przydzielony do Archiwum X.

Scully i Doggett prowadzą śledztwo w sprawie ataków dokonywanych przez stworzenie podobne do wielkiego nietoperza, które najprawdopodobniej przez kilkadziesiąt lat spoczywało w uśpieniu. Scully czuje, iż jej lojalność wobec Muldera wymaga także odrzucenia naukowych ograniczeń i otwarcia umysłu na to, co wydaje się niemożliwe. Rolę sceptyka przyjmuje natomiast Doggett, chociaż perspektywa zmienia mu się nieco w momencie, gdy sam zostaje zaatakowany.

Scully zostaje pojmana przez małomiasteczkową sektę, która otacza kultem stworzenie podobne do ślimaka. Paraślimak potrzebuje żywiciela, a aktualnie zarażony nim mężczyzna jest najwyraźniej na skraju zapaści. Scully ma zająć jego miejsce. Szczęśliwie Doggettowi udaje się zlokalizować partnerkę w samą porę. To doświadczenie jest dla Scully ważną lekcją – uświadamia sobie, że musi się nauczyć ufać Doggettowi.

Chłopiec, który zniknął w tajemniczych okolicznościach dziesięć lat wcześniej, pojawia się znikąd żywy i zdrowy, chociaż ani o jeden dzień starszy. Doggett ma nadzieję zlokalizować porywacza, jednak kolejne wydarzenia każą mu wątpić w tożsamość chłopca. Ponadto okoliczności sprawy boleśnie przypominają mu jego własną rodzinną tragedię.

Przyjaciel Doggetta, prokurator Martin Wells, jest oskarżony o zabicie swojej małżonki. Przedstawia jednak niesamowitą historię: twierdzi, iż czas biegnie dla niego w przeciwnym kierunku i dostał tę szansę, by naprawić popełnione błędy. Nie jest mu jednak łatwo przekonać Scully i Doggetta do swojej wersji. Ma z nimi kłopot za każdym razem.

Scully ma kłopoty ze zdrowiem i trafia do szpitala na obserwację. Pozostawiony sam sobie Doggett angażuje się w śledztwo w sprawie śmierci dwudziestu członków sekty i dwóch agentów FBI. Wygląda na to, iż guru sekty opanował umiejętność oddziaływania na ludzkie umysły skoncentrowaną energią tak zwanego trzeciego oka.

Ginie człowiek – zabójca trafił idealnie, chociaż nie mógł widzieć swojej ofiary. Z uwagi na techniczne okoliczności sprawy Scully dochodzi do wniosku, iż sprawca zabójstwa potrafi przenikać wzrokiem ściany. Podejrzenia Doggetta koncentrują się na dwóch braciach prowadzących wspólnie firmę deratyzacyjną.

Weteran wojny w Zatoce, Ray Pearce umiera. Jego żona twierdzi, że śmierć nastąpiła z powodu zespołu stresu pourazowego. Kiedy jednak ginie również przyjaciel Pearce’a, Scully i Doggett zaczynają wątpić, czy Ray faktycznie nie żyje. Śledztwo doprowadza ich do firmy Chambers Technologies, gdzie są prowadzone badania nad inteligentnym metalem. Okazuje się, że mężczyźni poddali się eksperymentowi, który miał uczynić z nich niezniszczalnych ludzi.

W pokoju hotelowym umiera mężczyzna, który dopiero co wrócił z podróży do Indii. Sekcja zwłok dowodzi istnienia rozległych obrażeń w ciele ofiary, a na dodatek stopień stężenia pośmiertnego sugeruje czas śmierci wcześniejszy, niż by to wynikało z relacji świadków. Scully wysnuwa teorię, że ktoś (lub coś) ukrył się we wnętrzu mężczyzny i potem wydostał na wolność. Kluczem do zagadki wydaje się być 11-letni chłopiec z ubogiej hinduskiej kasty, jeżdżący na wózku inwalidzkim.

Doggett bada okoliczności wyprawy, którą Mulder podjął niedługo przed swoim zniknięciem. Wygląda na to, iż szukał dla siebie pomocy u legendarnego stworzenia, które ma moc leczenia wszelkich chorób. Jednak kontakt z tą istotą uświadomił Mulderowi, iż każde wyleczone schorzenie uzdrowiciel przejmuje na siebie i przez to jego życie jest jednym wielkim cierpieniem. Postanowił zabić tę istotę, by jej ulżyć. Doggett podejmuje działania bardziej zgodne z formalną procedurą, lecz przypłaca to jednak życiem. Niespodziewanie właśnie uzdrowiciel przychodzi mu z pomocą.

Policjant patrolujący peron metra zostaje zaatakowany i ginie gwałtowną śmiercią. Na jego ciele widać ślady żrącej substancji. Naczelnik policji jest bardzo niechętny zarządzonemu przez FBI wstrzymaniu kursowania pociągów. Doggett bada podziemia metra i odnajduje kolejne zwłoki, a Scully na zmianę walczy z upartym naczelnikiem i szuka możliwego wyjaśnienia tajemniczych zgonów.

Z Dogettem i Scully kontaktuje się mężczyzna, który twierdzi, iż jego żona została zamordowana wkrótce po tym, gdy urodziła dziecko. Tyle, że nie on był jego ojcem, lecz kosmita. Okazuje się, że nie był to jedyny tego rodzaju przypadek. Sama Scully zaczyna się zastanawiać, czy zajście przez nią samą w ciążę nie miało podobnego początku.

W Montanie znaleziono Teresę Hoese, uprowadzoną przez Obcych krótko przed Mulderem. Scully, Doggett i Skinner odwiedzają ją w szpitalu. Kobieta jest ciężko ranna w wyniku obrażeń odniesionych podczas badań na statku kosmitów. Teresę odnajduje też dawny znajomy agentów, Jeremiah Smith. W Montanie pojawiło się ostatnio mnóstwo doniesień o przybyszach z kosmosu. Scully i Skinner docierają na miejsce, gdzie znaleziono Teresę. Czeka na nich również Monica Reyes, agentka FBI z Nowego Orleanu, która specjalizuje się w sprawach morderstw rytualnych. Doggett znajduje zwłoki Muldera.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Na pogrzebie Muldera spotkali się Doggett, Skinner oraz Scully. Szczególnie dla Scully jest to bolesne przeżycie, ponieważ Kersh chce na zawsze zamknąć Archiwum X. Rybacy u wybrzeży Karoliny Północnej złowili w sieci ciało. W kostnicy topielec ożywa. Okazuje się, że jest to Billy Miles, porwany przez Obcych razem z Mulderem. Skinner i Doggett zabierają zwłoki Muldera do szpitala wojskowego. Okazuje się, że ciało agenta żyje, ale jego mózg znajduje się w stanie rozkładu. Krycek proponuje Skinnerowi szczepionkę dla Muldera, lecz w zamian chce, by Scully nie urodziła dziecka.

Mężczyzna ginie od postrzału na trawniku przed Białym Domem. Przed śmiercią udaje mu się przekazać jednemu z agentów ochrony płytę z napisem: „Fight The Future”. W tym czasie Mulder szybko powraca do zdrowia, ale wciąż pamięta koszmarne doświadczenia, które Obcy przeprowadzali na nim. Scully zabiera go do siebie. Obawia się mu wyznać, że ma już nowego partnera w FBI. Mulder nie będzie zachwycony, gdy odkryje, że ktoś zajął jego miejsce w Archiwum X i nie kryje, że jest wściekły na Doggetta. Tymczasem Absalom ucieka z więzienia.

W Nowym Orleanie doszło do strzelaniny. Na miejscu zbrodni zjawia się agent specjalny Monica Reyes, gdyż prowadzący sprawę policjant uważa, że morderstwo ma coś wspólnego z okultyzmem. Reyes nie widzi w zabójstwie niczego diabolicznego do czasu, gdy spostrzega, że ciało jednej z ofiar zamienia się w proch. Scully z powodu problemów zdrowotnych trafia do szpitala. Reyes prosi Muldera o pomoc, gdyż sądzi, że sprawa może mieć związek z zabójstwem syna Doggetta. Sprawca strzelaniny jest coraz bardziej zdesperowany – wydaje mu się, że cała jego twarz płonie.

Na platformie wiertniczej w Zatoce Meksykańskiej dzieją się dziwne rzeczy. Mulder zakrada się do Archiwum X, by przejrzeć akta podobnych spraw. Doggett oficjalnie rozpoczyna śledztwo w tej sprawie i odkrywa, że Mulder zjawił się przed nim na platformie, gdzie doszło do tajemniczego zgonu. Mężczyźni zaczynają ze sobą współpracować. Zdaniem Foxa na dnie morza znajduje się wirus obcych – czarna ropa. Jeśli zostanie wydobyty, zainfekuje miliony ludzi. Doggett nie wierzy w tę hipotezę, ale zachowanie świadka dramatycznych wydarzeń wydaje mu się podejrzane.

Scully odchodzi na urlop macierzyński, a w jej zastępstwie Doggettowi zostaje przydzielona tymczasowa partnerka, Leyla Harrison. Wraz z Doggettem badają sprawę zgonów, w których znaczącą rolę zdaje się odgrywać jad jaszczurki. Wkrótce potem oboje znikają. Mulder włącza się w sprawę i odnajduje parę pechowych agentów uwięzionych w jaskini i oślepionych przez jad. W pobliżu zaś krąży zmutowany człowiek-jaszczur, który jest najwyraźniej głodny.

Zbliża się termin porodu Scully i w związku z tym wprowadza się do niej pielęgniarka Lizzy, która wkrótce potem zostaje przyłapana, gdy podrzuca agentce nieznane leki. Przesłuchiwana przez Muldera i Doggetta kobieta przyznaje, że pracuje w laboratorium Haskela, które od lat zajmuje się klonowaniem ludzi. Działalność tej instytucji była opłacana przez organizację, która starała się zapobiec inwazji przybyszów z kosmosu, ale prawie wszyscy jej członkowie zostali zamordowani przez obcych.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Wraz z narodzinami dziecka agentki Scully wszystkie najważniejsze tajemnice Archiwum X zostaną odsłonięte. Szczątki Billy’ego Milesa, który ją ścigał, trafiają do kostnicy w Waszyngtonie, gdzie on niedługo potem w zawrotnym tempie odtwarza ludzką powłokę i rusza do siedziby FBI. Mulder, Doggett i Skinner dowiadują się, że jest on super-żołnierzem i jest praktycznie niezniszczalny. Agentka Reyes wywozi Scully w bezpieczne miejsce w Georgii. Po przywiezieniu kobieta zaczyna rodzić. Jej prześladowca i inni odnaleźli ją. Gdy Scully rodzi chłopca, super-żołnierze odchodzą, nie zabierając dziecka.

John Doggett prowadzi wewnętrzne dochodzenie odnośnie do Dyrektora Alvina Kersha. Okazuje się, że wszystkie dowody zostały zatuszowane. Doggett próbuje skontaktować się z Mulderem, lecz nie potrafi go znaleźć. Skinner prosi Doggetta, aby zaprzestał dochodzenia, bo doprowadzi to do czyjejś śmierci. Pewna kobieta systematycznie topi mężczyzn. Sprawę przejmuje Archiwum X. Scully obawia się, że z Williamem jest coś nie tak.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Wewnątrz FBI rozpoczyna się śledztwo dotyczące nadużywania władzy przez agentów z Archiwum X. Shannon McMahon, która służyła niegdyś z Doggettem wyjawia mu, że jest prototypem super-żołnierza. Prosi go, aby ujawnił śmierć mężczyzn, których zabiła oraz to, czym się zajmowali. Wszystko prowadzi do laboratorium znajdującego się na pokładzie statku marynarki wojennej.

Seria rytualnych zabójstw wydaje się być związana z kultem satanistycznym, podejrzenia Doggetta kierują się jednak w stronę charyzmatycznego profesora, osadzonego w zakładzie dla psychicznie chorych. Wiele wskazuje na to, iż posiadł on zdolność manipulowania umysłami na odległość i materializacji ektoplazmy. Reyes sugeruje, iż może to być przypadek opętania przez czyste zło.

Monica Reyes nie żyje, Doggett postrzelony walczy ze śmiercią. Tak naprawdę jednak wszystko dzieje się w alternatywnej rzeczywistości. Podczas gdy Doggett ledwo żywy egzystuje pod aparaturą, Monica wpada na pomysł, iż mogło dojść do przecięcia się rzeczywistości faktycznej z alternatywną i przypuszczalny zabójca posiadł zdolność przemieszczania się między jednym wymiarem czasowym a drugim.

Pewien chłopiec zdaje się kontrolować zachowanie much i poddawać je swojej woli. Z tego powodu ginie kilkoro nastolatków. Doggett i Reyes usiłują dojść, na ile jego działania są świadome. Okazuje się, że nie tylko on posiada takie zdolności.

Scully ma nadzieję na ponowne spotkanie z Mulderem, kiedy pojawia się nieznajomy – Człowiek-Cień, który oferuje nowe informacje dotyczące tego, co skłoniło Muldera do ukrywania się. Jednakże jej zaufanie do obcego może doprowadzić do tego, że Mulder znajdzie się w jeszcze większym niebezpieczeństwie. Slogan epizodu brzmi: „Oni obserwują”.

Agent Doggett budzi się w małym miasteczku w Meksyku, nie pamiętając kompletnie kim jest i skąd się tam wziął. W przebłyskach powraca do niego wizja małego chłopca – to jego zamordowany syn, Luke. John zmuszony jest pracować dla kartelu narkotykowego. Kluczem do zagadki okazuje się być szef kartelu, potrafiący kraść wspomnienia.

Reyes bada sprawę zabójstw, których ofiary są żywcem obdzierane ze skóry. Podobne przypadki miały miejsce w latach sześćdziesiątych, a także w poprzednim stuleciu. Obecne ofiary zdają się być reinkarnacją ówczesnych zabójców. Monica jest szczególnie zainteresowana tą sprawą, gdyż sądzi, że sama może być taką reinkarnacją.

W Dakocie Północnej motocyklista próbuje nielegalnie przekroczyć granicę między Kanadą i USA, lecz ulega wypadkowi. Okazuje się, że przewoził ze sobą kopie hieroglifów z poszycia statku kosmicznego pozaziemskiej cywilizacji, takie jak te, które zostały 2 lata wcześniej znalezione na statku odkrytym przez rybaka na wybrzeżu w Afryce. FBI prowadzi własne dochodzenie ukrywając je przed agentami z Archiwum X. Tymczasem Scully jest zmuszona do podjęcia drastycznych środków, kiedy odkrywa, że coś grozi Williamowi.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Ciężko ranny Doggett leży w szpitalu. Nieufna w stosunku do Skinnera i Follmera, Scully omija dochodzenie FBI w sprawie porwania Williama i przeprowadza własne, wspomagana przez Monicę Reyes i Samotnych Strzelców. Okazuje się, że dziecko porwał lider sekty uważającej, że tylko syn Dany, może uchronić ludzkość przed Obcymi. W sprawę angażuje się członek Nowego Syndykatu – Człowiek z wykałaczką.

Monica Reyes po wypadku samochodowym przebywa w stanie śpiączki. Podczas gdy Doggett zamartwia się u jej wezgłowia, ona przebudza się w opuszczonym budynku o wyglądzie szpitala. Z dwóch innych obecnych tam pacjentów jeden wkrótce umiera. Tylko posługaczka pracująca na oddziale intensywnej terapii ma dostęp do świata, w którym przebywają dusze ludzi na granicy życia i śmierci i tylko ona może przekazać Doggettowi wiadomość, iż ktoś bezprawnie eksperymentuje na chorych.

Na wolność wychodzi aresztowany przed trzynastoma laty seryjny morderca. Analiza DNA wykazała bowiem, iż jest niewinny. Doggett, który osobiście schwytał maniaka, ma jednak wątpliwości co do wyniku tych badań. Wygląda na to, iż zabójca potrafi w zależności od potrzeb przyjąć postać dwóch różnych mężczyzn, zapewniając sobie tym samym żelazne alibi.

Śledztwo wspólnie prowadzone przez Reyes i Scully. Monica sugeruje, iż kluczem do rozwiązania sprawy seryjnych śmierci jest numerologia. Dana odkrywa, iż na ciele każdej ofiary widnieje znak 666. Sytuacja robi się krytyczna, gdy obie agentki zostają uwięzione na ogromnym podziemnym parkingu, gdzie ukrył się również psychopatyczny morderca. Gościnny występ Burta Reynoldsa i rozrywkowa muzyka zabarwiają odcinek nutką humoru.

Pewien mały chłopiec, trzymany w izolacji i zamknięciu przez swojego ojca, opowiada z przekonaniem, że jego matka padła ofiarą ataku przerażających potworów. Wszyscy uznają to za przejaw wybujałej wyobraźni dziecka. I faktycznie jest wybujała, ale w trochę inny sposób niż mogłoby się wydawać. Twory wyobraźni chłopca stają się prawdziwe, kiedy tylko je narysuje.

Tytuł odcinka nawiązuje do serialu Happy Days, w którym jeden z bohaterów wykonuje przysłowiowy skok przez rekina. Morris Fletcher zwraca się do agentów Reyes i Doggetta prosząc o ochronę. Przez przypadek wspomina o Super Żołnierzach. Pada nazwisko tajemniczej Yves Adele Harlow. Do akcji wkraczają Samotni Strzelcy – mają za zadanie ją wytropić. Okazuje się, że jest ona wplątana w wątek bioterrorystyczny. Odcinek kończy wątek, który został rozpoczęty w ostatnim odcinku innego serialu ze stajni Chrisa Cartera – „Samotni Strzelcy”, który to zakończył się cliffhangerem.

Doggett zostaje napadnięty w biurze Archiwum X przez dziwnie zniekształconego mężczyznę. Twierdzi, że zna Muldera i przyszedł szukać dowodów na to, co mu zrobiono. Scully zabiera go do Quantico, aby dokładnie przebadać. Badania jego DNA ujawniają, że jest to były agent FBI – Jeffrey Spender, syn Palacza. Chce się on zemścić na swoim ojcu. Ponadto chodzi mu również o Williama.

Odcinek w którym Doggett wreszcie dowiaduje się prawdy o okolicznościach śmierci syna i zaznaje ostatecznego spokoju. Pracuje on nad sprawą morderstwa, która z początku nie wydaje się być niezwykła. Jednak pewien kadet FBI twierdzi, że zbrodnia ma ścisły związek ze śmiercią Luke’a Doggetta. John rozpaczliwie usiłuje dotrzeć do prawdy i wymierzyć sprawiedliwość sprawcy.

Doggett i Reyes badają sprawę dziwnych zgonów. Ofiary dosłownie wyleciały z domu, w którym widzieli rodzinę Bradych, z serialu „Grunt to rodzinka”. Okazuje się, że mieszkaniec domu posiada zdolności telekinetyczne i zgadza się by go przebadać w Waszyngtonie. Jednak za każdym razem gdy ich użyje, jego stan zdrowia ulega pogorszeniu. W obawie o jego życie agenci Archiwum X odstępuje od przeprowadzania dalszych testów.

Mulder, który znika na początku dziewiątego sezonu, by swoją osobą nie zagrażać Scully i dziecku, zdobywa informacje o dacie planowanej kolonizacji – 22 grudnia 2012. W Bluemont w Virginii, chyłkiem przemyka się do rządowego budynku i rozpoczyna inspekcję. W pewnej chwili atakuje go jednak Knowle Rohrer – super-żołnierz i członek Nowego Syndykatu, praktycznie niezniszczalny. W walce z Rohrerem pomaga Mulderowi duch Kryceka. Zrzucony na kable elektryczne Rohrer wydaje się być martwy, więc Mulder zostaje natychmiast aresztowany pod zarzutem morderstwa. Mulder prosi Skinnera, by go bronił. Proces, który potem następuje, zamienia się w farsę, pomimo zeznań Marity Covarrubias, Jeffreya Spendera i Gibsona Praise'a. Mulder zostaje skazany na śmierć, lecz z pomocą przyjaciół ucieka z celi śmierci. Wraz ze Scully, odwiedza również Palacza. Zostają wtedy zaatakowani przez Rohrera i innych. Palacz ginie, a para agentów ucieka w nieznanym kierunku.

Mulder, który znika na początku dziewiątego sezonu, by swoją osobą nie zagrażać Scully i dziecku, zdobywa informacje o dacie planowanej kolonizacji – 22 grudnia 2012. W Bluemont w Virginii, chyłkiem przemyka się do rządowego budynku i rozpoczyna inspekcję. W pewnej chwili atakuje go jednak Knowle Rohrer – super-żołnierz i członek Nowego Syndykatu, praktycznie niezniszczalny. W walce z Rohrerem pomaga Mulderowi duch Kryceka. Zrzucony na kable elektryczne Rohrer wydaje się być martwy, więc Mulder zostaje natychmiast aresztowany pod zarzutem morderstwa. Mulder prosi Skinnera, by go bronił. Proces, który potem następuje, zamienia się w farsę, pomimo zeznań Marity Covarrubias, Jeffreya Spendera i Gibsona Praise'a. Mulder zostaje skazany na śmierć, lecz z pomocą przyjaciół ucieka z celi śmierci. Wraz ze Scully, odwiedza również Palacza. Zostają wtedy zaatakowani przez Rohrera i innych. Palacz ginie, a para agentów ucieka w nieznanym kierunku.

Ze Scully kontaktuje się Skinner. Dziennikarz śledczy; Tad O’Malley, wpadł na trop globalnego spisku i pragnie rozmawiać z Mulderem. Byli agenci spotykają się z młodą kobietą utrzymującą, że wielokrotnie była uprowadzana przez kosmitów.

Scully i Mulder zajmują się zagadką samobójczej śmierci pewnego naukowca i natrafiają na sprawę eksperymentów genetycznych przeprowadzanych na dzieciach.

W lesie zostają znalezione zwłoki. Agenci poszukują sprawcy, nie mając przy tym pewności, czy jest nim człowiek, czy zagadkowa istota, o której opowiadają mało wiarygodni świadkowie.

Mulder i Scully poszukują zabójcy urzędnika miejskiego, zajmującego się przesiedlaniem bezdomnych. Tymczasem giną kolejne osoby zajmujące się tym tematem.

Ze Scully i Mulderem kontaktuje się para młodych agentów. Proszą o pomoc w rozbiciu siatki islamskich radykałów, przygotowujących zamachy samobójcze. Jeden z nich, w stanie krytycznym, znajduje się w szpitalu. Agenci, każdy na swój sposób, próbują się z nim skomunikować i nakłonić do złożenia zeznań.

W mieście coraz więcej osób zapada na groźną chorobę. Scully odkrywa, że może ona być konsekwencją prowadzonych od lat eksperymentów rządowych.

Kontynuując wydarzenia z poprzedniego sezonu, Mulder i Scully dowiadują się, że nie tylko oni desperacko poszukują ich dawno zaginionego syna Williama. Od tego może zależeć los świata.

Stary przyjaciel kontaktuje się z Mulderem i Scully w pozornie niemożliwy sposób, odkrywając mrożący krew w żyłach sekret.

Szereg zgonów, w których ofiary nękane są przez ich własnych sobowtórów, doprowadzają Muldera i Scully do pary bliźniaków grających w niebezpieczną grę.

Badając ideę efektu Mandeli, w którym duże grupy ludzi pamiętają alternatywną historię, Mulder i Scully dowiadują się, jak zapoczątkowano śledztwa nad sprawami z Archiwum X.

Kiedy para nastoletnich dziewcząt atakuje się nawzajem, uważając tą drugą za potwora, Mulder i Scully dowiadują się, że ich śledztwo może doprowadzić do ich dawno zaginionego syna Williama.

Skinner nagle znika, gdy jego przeszłość wydaje się go prześladować. Kiedy Mulder i Scully próbują go wytropić, ich rosnąca nieufność do niego sięga szczytu.

W świecie stale rosnącej automatyzacji i sztucznej inteligencji Mulder i Scully stają się celem śmiertelnej gry w kotka i myszkę.

Mulder i Scully badają brutalny atak zwierzęcia na małego chłopca w Connecticut, podejrzewając, że w grę wchodzą mroczne siły.

Podczas badania kradzieży ludzkich organów Mulder i Scully odkrywają tajemniczy kult pochłonięty makabrycznymi rytuałami.

Mulder i Scully spieszą się, by znaleźć uciekającego Williama, podczas gdy Człowiek z papierosem zaczyna wrażać w życie swój ostateczny plan.