Dawno, dawno temu w krainie czarów

W pierwszym odcinku serialu, zatytułowanym „W głąb króliczej nory”, Alice wraca do domu, gdzie ojciec mówi jej, że wszyscy uznali ją za zmarłą. Jej barwne opowieści o gadającym Białym Króliku i mistycznej Krainie Czarów sprawiają, że trafia do szpitala psychiatrycznego. Tam dr Lydgate przekonuje ją do poddania się zabiegowi, który ma wymazać bolesne wspomnienia. Tuż przed operacją ratuje ją Walet Kier i zabiera do królika, od którego Alice dowiaduje się, że jej ukochany Cyrus wciąż żyje. Gdy cała trójka wskakuje w portal i powraca do Krainy Czarów, Alice rusza na poszukiwania ukochanego, ale nikczemny Jafar i Czerwona Królowa mają wobec niej zupełnie inne plany.

W Krainie Czarów Alice układa plan odnalezienia Cyrusa i używa butelki dżina jako przynęty, aby dowiedzieć się, z kim ma do czynienia i kto tak naprawdę jest jej przyjacielem. W międzyczasie dochodzi do konfrontacji Czerwonej Królowej z Jafarem, a we wspomnieniach widzowie dowiadują się, jak Alice i Cyrus się w sobie zakochali i w jaki sposób chłopak trafił do Krainy Czarów.

We wspomnieniach poznajemy Willa Scarleta, który okazuje się sprytnym Waletem Kier. Will dołącza do Wesołej Kompanii Robin Hooda i namawia zbójców do kradzieży złota z zamku Maleficent, a sam przy okazji przywłaszcza sobie zaczarowane zwierciadło, co niesie za sobą poważne konsekwencje. Tymczasem w Krainie Czarów Cyrus z powodzeniem podstępem skłania Jafara i Czerwoną Królową do wysłania Bandersnatcha śladem Alice, co z kolei ujawnia skrywaną przez Białego Królika tajemnicę.

Gdy życie Waleta wisi na włosku, Alice musi podjąć trudną decyzję, czy wykorzystać jedno ze swoich trzech cennych życzeń i co to oznacza dla niej oraz Cyrusa. Jej nowa znajomość z Lizard rzuca światło na przeszłość Waleta, podczas gdy Cyrus planuje ucieczkę. W tym samym czasie plan Jafara, by zabić Waleta, stawia Czerwoną Królową w kłopotliwej sytuacji, w której musi pogodzić uczucia do niego z chęcią osiągnięcia własnych celów. Retrospekcje przybliżają początki Jafara i zdradzają, czego tak naprawdę żąda od Cyrusa.

We wspomnieniach Will Scarlet i Anastasia wbrew woli jej matki przechodzą przez zwierciadło do Krainy Czarów. Oboje szybko zdają sobie sprawę, że życie na miejscu wcale nie wygląda tak, jak sobie wyobrażali. Tymczasem w teraźniejszej Krainie Czarów dowiadujemy się, jak Czerwona Królowa sięgnęła po władzę.

Jafar składa wizytę w szpitalu psychiatrycznym u dr. Lydgate'a, aby zdobyć informacje o Alice, podczas gdy ona sama w Krainie Czarów zmierza w ramach swojej misji do Czarnego Lasu. W tym czasie Walet zostaje wybudzony za pomocą magii dzięki nieoczekiwanemu sojusznikowi i wyrusza na poszukiwania Alice, trafiając na nią w chwili śmiertelnego niebezpieczeństwa, a Cyrus robi wszystko, by wymknąć się Czerwonej Królowej. We wspomnieniach Alice po stracie Cyrusa wraca do wiktoriańskiej Anglii i swojego ojca.

Kiedy Alice dowiaduje się, że jej ojciec przebywa w Krainie Czarów, oboje zaczynają naprawiać zniszczone relacje, co zmusza ją do podjęcia trudnej decyzji. We wspomnieniach młody Jafar przeżywa załamanie po śmierci matki, a my dowiadujemy się, co popchnęło go do stania się bezwzględnym złoczyńcą, jakim jest dzisiaj.

Z retrospekcji poznajemy przeszłość Cyrusa, podczas gdy Alice szuka Białego Królika, żądając wyjaśnień w sprawie jego poczynań w Krainie Czarów. W tym czasie wzajemna niechęć Czerwonej Królowej i Jafara osiąga punkt kulminacyjny, wywołując lawinę chaotycznych zdarzeń. Poważne konsekwencje ich konfrontacji sprowadzą niebezpieczeństwo na wszystkich i doprowadzą do drastycznych zmian.

Lizard uwalnia Waleta z butelki i otrzymuje szansę na spełnienie swoich marzeń za pomocą trzech życzeń. Cyrus i niechętna temu Alice łączą siły z Czerwoną Królową, by odnaleźć i ocalić Waleta, podczas gdy Królowa zostaje schwytana przez wieśniaków pragnących odwetu za jej okrutne rządy. W tym samym czasie Jafar przejmuje zamek Czerwonej Królowej i dowiaduje się o budzącym grozę stworzeniu zwanym Jabberwocky, z którym postanawia zawrzeć sojusz.

We wspomnieniach poczynania Cyrusa doprowadzają do tragicznego dnia, w którym jego matka niemal traci życie, co skutkuje decyzją niosącą za sobą ogromną cenę dla niego i jego braci. W teraźniejszości Alice, Cyrus, Walet i Czerwona Królowa po zjednoczeniu sił rozdzielają się na dwie grupy, przez co Walet i Królowa stają oko w oko z przerażającą Jabberwocky, a poczucie winy Cyrusa związane z przeszłością wystawia na próbę jego relację z Alice.

Alice i Cyrus odkrywają niepokojące wieści dotyczące więźniów przetrzymywanych przez Jafara, co zmienia ich plany. W międzyczasie Czerwona Królowa znajduje się w śmiertelnym niebezpieczeństwie i nikt nie może jej pomóc poza Waletem, który musiałby przekazać Jafarowi informacje, których ten tak desperacko szuka. We wspomnieniach Anastasia ma wyjść za mąż za Króla i zaprzyjaźnia się z Corą, co bezpośrednio odbija się na Willu. Cora stawia też Willa pod ścianą, co kończy się jego szokującą prośbą.

We wspomnieniach Walet na polecenie Cory tropi Alice i dobija targu, by odzyskać swoje serce. W tym samym czasie w Krainie Czarów przyjaźń Alice i Waleta zostaje wystawiona na próbę, gdy ten wykonuje rozkazy Jafara i okrada dziewczynę. Równocześnie Jabberwocky próbuje wyrwać się spod kontroli Jafara, a z samym czarnoksiężnikiem konfrontuje się jego dawny sojusznik.

Wszechpotężnemu Jafarowi udaje się wymusić miłość ojca i sprawić, by Anastasia uwierzyła, że go kocha. Gdy Alice, Amara i Cyrus uciekają, Jafar więzi Jabberwocky i przyzywa armię umarłych żołnierzy, by wykonywali jego rozkazy. W tym czasie Alice i Biały Królik zbierają własne wojsko do walki z Jafarem o losy królestwa, a ostateczne starcie między Alice i Jafarem rozstrzyga się przy Studni Cudów.