Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden

Iroha Tamaki nie pamięta życzenia, dzięki któremu została czarodziejką, i zaczyna śnić o tajemniczej postaci. Gdy jej towarzyszka Kuroe wspomina o plotce, według której czarodziejki mogą znaleźć ratunek w mieście Kamihama, obie postanawiają to sprawdzić.

Iroha przypomina sobie o swojej siostrze Ui i wraca do Kamihamy w poszukiwaniu jakichkolwiek śladów jej pobytu. Na miejscu spotyka trio czarodziejek – Momoko, Renę i Kaede – które polują na istotę uznawaną przez nie za Czarownicę.

Po porwaniu Kaede Momoko i Rena obmyślają plan jej odbicia, a Iroha postanawia im pomóc. Do grupy dołącza również Yachiyo, dziewczyna, którą Iroha spotkała podczas swojej pierwszej wizyty w Kamihamie.

Iroha zaczyna badać plotki krążące po Kamihamie, by natrafić na trop Ui. Mitama sugeruje jej spotkanie z inną czarodziejką, Tsuruno, która może pomóc jej w poszukiwaniu miejskich legend.

Iroha i Yachiyo potwierdzają plotkę o Kapliczce Seansów i widzą osoby, z którymi pragnęły się spotkać. Niestety okazują się one oszustami, a dziewczyny zostają zaatakowane przez potwora z kapliczki. W trakcie walki Klejnot Duszy Irohy zaczyna ciemnieć.

Iroha kontynuuje poszukiwania Ui w Kamihamie i trafia na miejsce oferujące „Wodę Szczęśliwej Sowy” – napój przynoszący pomyślność. Spotyka tam kolejną czarodziejkę, Felicię, najemniczkę szczerze nienawidzącą czarownic.

Felicia opuszcza Irohę i resztę, by dołączyć do Skrzydeł Magiusa, skuszona obietnicą unicestwienia wszystkich czarownic. Dzięki temu, że Yachiyo potrafi namierzyć jej pozycję, ruszają za Felicią, by dowiedzieć się więcej o tej tajemniczej grupie i powodach, dla których bronią uwas.

Iroha wprowadza się do Yachiyo w Willi Mikazuki. Podczas gdy przyzwyczaja się do życia w Kamihamie, zaczyna dostawać na telefon dziwne wiadomości od nieznanego nadawcy.

Iroha i pozostałe dziewczyny dowiadują się, że za tajemniczymi wiadomościami stoi tak naprawdę uwasa, która pragnie, by ocalić inną czarodziejkę uwięzioną w jej labiryncie.

Iroha i Sana uciekają z Wiecznej Samotności po zniszczeniu Ai i dołączają do reszty dziewcząt. Po utracie kolejnej uwasy wściekła Alina Gray przyzywa czarownice oraz swojego doppela, by je zaatakować.

Iroha i pozostałe dziewczyny postanawiają zrobić niespodziankę Yachiyo i wręczyć jej prezent z okazji zjednoczenia się w jedną drużynę. Gdy czekają, by ją zaskoczyć, w Willi Mikazuki niespodziewanie zjawia się Mifuyu.

Iroha i pozostałe czarodziejki wreszcie stają twarzą w twarz z jedną z przedstawicielek Skrzydeł Magiusa, a Iroha zasypuje ją pytaniami. Mifuyu przypomina dziewczynom, że przyszły na wykład, który ma ujawnić prawdziwe zamiary Magiusa.

Zamiary Skrzydeł Magiusa wychodzą na jaw, lecz część czarodziejek nie zamierza zaakceptować ich planów. Mami Tomoe staje w obronie Magiusa, dopóki nie zjawia się ktoś, kto od dawna jej szukał.