Kod Lyoko

W szkole Kadic rozpoczynają się przygotowania do balu z okazji zakończenia roku. Dwie szkolne reporterki-amatorki, Milly i Tamiya przygotowują materiał o tym wydarzeniu, jednak Sisi postanawia wyśmiać je co doprowadziło Milly do rozpaczy. Młoda dziennikarka zabiera swojego misia i ucieka z nim do szopy gdzie go zostawia. XANA nie mógł przepuścić takiej okazji i postanowił opanować świat przy użyciu pluszowego misia.

Podczas niezwykle interesującej lekcji Fizyki na którą został zaproszony główny inżynier z elektrowni jądrowej dochodzi do zwarcia w projektorze. Yumi, Odd i Urlich nie widzą w tym nic nadzwyczajnego ale Jeremie uważa to za atak Xany.

Zbliżają się tygodniowe ferie, jednak nie dla Jeremi'ego. Dle niego szykuje się długa praca przy czyszczeniu muru za namalowanie na nim pięknego portretu Jim'a, o którym raczej wolałby nie mówić.

Od samego rana Urlich szuka czegoś po całym pokoju. Odd oczywiście jest głodny więc zostawia go samego i idzie na śniadanie. Kiedy Urlich się poddaje i rezygnuje z poszukiwań rusza za Odd'em, ale przed drzwiami zatrzymuje go Sisi, która ma dla niego bardzo interesujące wieści...

Kolejna próba Sisi aby dobyć Ulrich'a, kolejna porażka. Córka dyrektora nie dopuszcza do siebie jednak myśli że jej wybranek ma ją głęboko w poważaniu i wciąż uważa, że są sobie przeznaczeni. Jeremie tworzy nowy program który ma pomóc w identyfikowaniu ataków naszego kolegi Xany, a Odd i Urlich planują znaleźć Sisi nowego wybranka...

Jeremie wciąż pracuje nad materializacją swojej wirtualnej dziewczyny jednak mimo wysiłków wciąż mu się to nie udaje. Po kolejnej porażce postanawia się przejść żeby trochę odsapnąć, w tym czasie Odd postanawia go odwiedzić. Chłopak nie zastał Jeremiego w pokoju ale zastał chrupki które postanowił zjeść. W czasie gdy ten pałaszował w najlepsze mózgowiec wrócił tym samym wystraszając oda który wpuścił na klawiaturę kilka chrupków. Odd jest zapewne jakimś magiem albo po prostu ma farta, ponieważ upadające chrupki uderzyły w klawisze i zmodyfikowały program. Teraz Program materializacyjny działa, jednak pojawiają się inne problemy...

Yumi i Aelita wyruszają dezaktywować kolejną wieżę, jednak okazuje się, że nie jest on aktywna. Zanim Aelita i Jeremi zdążą się zastanowić nad tym zdarzeniem coś dzieje się z Yumi. Zostaje ona zdewirualizowana bez powodu i zaczyna się nietypowo zachowywać.

Do szkoły Kadic przyjeżdża znany reżyser filmowy, chce on nakręcić swój nowy film w fabryce naszych bohaterów co nie specjalnie im się podoba. Sytuację stara się uratować Ulrich jednak nie specjalnie mu o wychodzi. Udaje mu się jednak zostać konsultantem co daje to mu możliwość pilnowania sekretów fabryki przed niepowołanymi oczami.

Podczas lekcji z panią Hertz zaczynają dzwonić wszystkie telefony. Oburzona tym faktem nauczycielka konfiskuje je. Sisi zareagowała na ten fakt oburzeniem i zdecydowała wzniecić bunt.

Kolejna próba, kolejna porażka, Jeremie coraz bardziej się pogrąża, uważając że nie da rady zmaterializować Aelity. Na szczęście nasza różowo włosa panna podnosi go trochę na duchu, co daje m u siłę do kolejnej próby. Tego samego dnia do szkoły przybywa nowa uczennica. Jeremie uznaje że jest podobna do Aelity i postanawia o sprawdzić. Nowo przybyła go nie rozpoznaje co w normalnych warunkach oznaczałoby że to po prostu nie ona, jednak wszelki kontakt z Aelitą został przerwany...

Wiadomo nie od dziś, że Jeremie to młody geniusz, niestety wie o tym także szkolny psycholog który chce wysłać go do szkoły dla szczególnie utalentowanych. Jest to wysoce nie na rękę naszej grupie, ponieważ tylko on potrafi obsługiwać super komputer, co oznacza, że bez Jeremiego Xana wygra.

Ulrich otrzymuje niespodziewaną wiadomość. Ktoś podłożył mu list pod drzwi. Wiadomość jest zdecydowanie dla niego szokująca, jednak co jest w niej napisane i kto jest nadawcą musicie przekonać się sami.

Jeremie znowu próbuje zmaterializować swoją wirtualną znajomą. Można by się spodziewać że znowu mu się to nie uda, ale nie tym razem! Tym razem Jeremiemu się udało. Po setkach godzin nerdzenia przed kompem udało mu się napisać program który faktycznie działa.

Nasz Einstain nie może się oderwać od rozmów ze swoją cybernetyczną dziewczyną, przez co budzi się w środku nocy żeby z nią pogadać. Ważną uroczystością są urodziny Aelity, choć to tak naprawdę nie są jej urodziny tylko rocznica jej spotkania z Jeremim.

Na lekcji chemii pani Hertz omawia podtlenek azotu i sposób jego neutralizacji wodą. Tymczasem grupa zauważa, że Yumi jest smutna — jej rodzice pokłócili się. Ulrich próbuje ją pocieszyć. Podczas próby „Romea i Julii” Odd zostaje zaatakowany przez chmurę gazu rozweselającego kontrolowaną przez Xanę, a Sissi ratuje go, oblewając wodą. Jeremie podejrzewa atak Xany. Wraz z Oddem udaje się do fabryki, jednak ich działania utrudnia kolejny atak gazu. W szkole Ulrich i Yumi odgrywają scenę balkonową, podczas której chmura gazu ponownie ich atakuje. Widząc troskę córki, państwo Ishiyama godzą się. Po powrocie do przeszłości Jeremie wymyśla zabawne rozwiązanie z krzakiem podczas przedstawienia, które ostatecznie pomaga pogodzić rodziców Yumi.

Po meczu piłki nożnej, w czasie którego Ulrich z Oddem pokonali Herve'a i Nicolasa, pojawia się nowy uczeń o imieniu Theo. Wygląda na zainteresowanego Sissi (nie bez wzajemności), co nie podoba się podkochującemu się w dziewczynie Herve'owi. Nakłania nowego do owinięcia w nocy papierem toaletowym szkieletu w pracowni biologicznej, co ma udowodnić jego odwagę (w rzeczywistości Herve chce w ten sposób wpakować go w kłopoty), ale Odd i Ulrich (z pomocą Kiwiego) pomagają Theo uniknąć konsekwencji jego zachowania. Następnego dnia Xana opanowuje stołówkę, elektryzując ściany. Yumi i Jeremie wyszli wcześniej, dlatego tylko oni udali się do fabryki, by pomóc Aelicie. Po powrocie do przeszłości Theo bardziej interesuje się Yumi niż Sissi, co wzbudza złość w Ulrichu.

W czasie lekcji fizyki pani Hertz przedstawia klasie produkt nanotechnologii − żel zawierający małe maszyny. Odd dla żartu popycha Ulricha, który brudzi sobie nos niewielką ilością substancji. Po lekcji Ulricha dopada silny ból głowy, po którym traci przytomność. Jim zabiera go do pielęgniarki. Kiedy chłopak budzi się, nie pamięta niczego. Obecna przy nim Sissi wykorzystuje sytuację i wmawia mu, że jest jej chłopakiem, a Odd, Jeremie i Yumi to jego wrogowie, a Nicolas i Herve przyjaciele. Jeremie dochodzi do wniosku, że Ulrich cierpi na amnezję. Spotykają jeszcze kilka osób, zachowujących się podobnie jak on; odkrywają także, że źródłem choroby są nanowirusy Xany, znajdujące się w żelu. W tym czasie Ulrich próbuje na własną rękę przypomnieć sobie, kim jest i gdzie się znajduje. Wizje z jego przeszłości prowadzą go do fabryki, gdzie Jeremie kieruje Oddem, Yumi i Aelitą, przebywającymi w Lyoko. Chłopak wirtualizuje Ulricha.

Odd przeszkadza Ulrichowi muzyką, więc ten przenosi się do pokoju Jeremiego. Rano grupa znajduje Odda nieprzytomnego — chłopak zapada w śpiączkę. Wkrótce Sissi i pielęgniarka również tracą przytomność po kontakcie z tą samą piosenką, którą kontroluje Xana. Yumi odkrywa, że źródłem ataku jest utwór „Świetnie gra, gdy jest zła” i informuje Jeremiego. Po ataku na Jeremiego grupa odkrywa zagrożenie, a sytuację ratuje wcześniej zaprogramowany powrót do przeszłości.

Podczas próby materializacji Jeremie kłóci się z Aelitą, a następnego dnia próbuje ją przeprosić w Lyoko. Podczas transferu popełnia błąd i zostaje uwięziony między dwoma światami. Aelita wyjaśnia grupie, że aby go uratować, musi odzyskać dane z czterech wież. Gdy jedna z nich jest chroniona przez Bloki, Ulrich i Yumi próbują zdobyć laptop Jeremiego, ale Yumi zostaje przyłapana w szkole. Ulrich prosi Sissi o pomoc, a ta zgadza się w zamian za pocałunek i miesiąc związku. Dzięki ich działaniom Aelita przywraca Jeremiego na Ziemię, jednak sposób, w jaki Ulrich pomógł Yumi, powoduje kryzys w ich relacji.

W szkole organizowane są zawody własnoręcznie wykonywanych robotów. Herve przygotowuje Żelazną Sissi, a Jeremie Kiwiego 2. Xana również nie próżnuje − przejmuje kontrolę nad urządzeniami fabrycznymi, które produkują robota, mającego powstrzymać grupę. Mecz koszykówki robotów podstępem wygrywa maszyna Herve'a. Po zakończeniu meczu na sali pojawia się robot Xany. Grupa rozdziela się − Jeremie i Odd idą do fabryki, a Ulrich i Yumi szukają Herve'a, który jako drugi po Jeremiem specjalista od robotów ma im pomóc w wyłączeniu maszyny skonstruowanej przez Xanę. Kiedy chłopak odmawia, grożą mu, że ujawnią, w jaki sposób wygrał. Herve konstruuje samolocik wyposażony w wiertło, które niszczy układ sterujący robotem. Ulrich i Yumi idą do fabryki, by pomóc Oddowi i Aelicie w dezaktywowaniu wieży. Ulrich natyka się na kolejnego robota Xany. Od śmierci z jego rąk ratuje go powrót do przeszłości. Po podróży w czasie Jeremie usprawnia Kiwiego 2 tak, że unika manewru Herve'a i zwycięża.

Ulrich ciężko trenuje, by wykazać się na meczu piłki nożnej, na który przyjdą jego rodzice. Z tego powodu odmawia pójścia do Lyoko, gdy Xana z pomocą sieci elektrycznej miasta tworzy specjalne pole, znoszące efekt grawitacji. Kiedy Odd i Yumi walczą w Lyoko, Jeremie odkrywa, że Xana zamierza znieść grawitację na terenie szkoły. Informuje o tym Ulricha, ale ten odmawia pomocy. Wkrótce potem, w czasie drugiej połowy meczu, zostaje kontuzjowany; wtedy decyduje się wypełnić polecenie Jeremiego i idzie do budynku, gdzie znajduje się laboratorium pani Hertz, które Xana zaatakował jako pierwsze. Kiedy pojawia się tam Ulrich (i śledząca go Sissi), brak grawitacji rozszerza się na cały budynek, a wkrótce potem- na cały stadion. Sytuację ratuje powrót do przeszłości..

Po kolejnej misji w Lyoko Ulrich zaczyna wątpić w sens swojego życia i uczucia do Yumi. Zauważa zainteresowanie Emily, co prowadzi do nieporozumień — Sissi okłamuje Yumi, że Ulrich i Emily są parą. Gdy grupa rusza do Lyoko po wykryciu aktywowanej wieży, kłótnie między bohaterami utrudniają misję. Okazuje się, że Xana zmienił zasady Lyoko — śmierć w wirtualnym świecie oznaczałaby zniknięcie na zawsze. Podczas walki Ulrich ratuje Yumi, a między nimi prawie dochodzi do pocałunku, jednak powrót do przeszłości usuwa to wydarzenie. Oboje postanawiają zachować tę sytuację w tajemnicy.

Podczas trzydniowego weekendu grupa planuje imprezę u Yumi. Odd zaprasza DJ-a, którym okazuje się Samantha — dziewczyna prosząca go o pomoc w zdobyciu szkolnego laptopa. Gdy zostaje przyłapana w sali informatycznej, wina spada na Odda. W tym czasie Xana atakuje, powodując zapadanie się budynków w mieście. Jeremie walczy z zagrożeniem w fabryce, a Ulrich i Odd ratują uwięzioną Samanthę. Po powrocie do przeszłości Jeremie proponuje jej skorzystanie ze swojego komputera.

Po powrocie z kolejnej misji w Lyoko Jeremie odkrywa, że reszta grupy nie wróciła na Ziemię, lecz została uwięziona w wirtualnym świecie stworzonym przez Xanę. Ulrich, Odd i Yumi nie zdają sobie z tego sprawy, ale zauważają dziwne zachowanie Jeremiego i tajemnicze zjawiska. Dzięki pomocy Aelity Jeremie trafia do wirtualnego świata, gdzie spotyka kopię siebie stworzoną przez Xanę. Prawdziwy Jeremie ostrzega przyjaciół przed pułapką, a Xana ujawnia swoją tożsamość i wysyła przeciwko nim zombifikowanych uczniów i nauczycieli. Aelita ratuje grupę, niszcząc z zewnątrz wirtualny świat Xany.

Jeremie kończy program materializujący Aelitę i prosi Yumi, by jej rodzice pozwolili dziewczynie u nich zamieszkać. Ulrich i Odd załatwiają formalności, dzięki którym Aelita może rozpocząć naukę w Kadic jako kuzynka Odda. Podczas przygotowań Jeremie odkrywa, że Aelita jest zagrożona, a grupa udaje się do fabryki. Okazuje się jednak, że Jeremie zabrał zły nośnik z programem, a podczas próby odzyskania go ulega wypadkowi. Zmuszony do współpracy z Jimem, wyjawia mu prawdę o Lyoko. W tym czasie Ulrich, Odd i Yumi pomagają Aelicie dotrzeć do wieży, a Jeremie uruchamia program materializacji. Aelita w końcu zostaje przeniesiona na Ziemię, gdzie grupa wita ją wraz z Jimem.

Aelita zaczyna naukę w Kadic jako kuzynka Odda i zachwyca się życiem na Ziemi. Jeremie planuje wyłączyć superkomputer, jednak podczas próby Aelita traci przytomność. Okazuje się, że dziewczyna została zainfekowana wirusem Xany, dlatego superkomputer nadal musi działać. Jeremie obiecuje stworzyć antywirusa i pomaga Aelicie poznawać ziemskie życie. Następnego dnia podczas ataku Xany grupa ponownie walczy w Lyoko. Po powrocie do przeszłości Aelita prosi Jeremiego, by nie materializował jej ponownie, dopóki nie znajdzie lekarstwa, ale Yumi przekonuje ją, by korzystała z życia na Ziemi. Jim ponownie podejrzewa grupę, lecz zostaje z niej wybroniony.

Po odkryciu, że wyłączenie superkomputera zagraża życiu Aelity, Jeremie tworzy nowe pojazdy i program pozwalający wykrywać aktywne wieże bez jej pomocy. Aelita zaczyna normalne życie jako uczennica Kadic. Podczas wycieczki do lasu zostaje zwabiona przez wizje do Pustelni, którą przejmuje Xana. Grupa odnajduje Aelitę, ale Ulrich i Yumi zostają uwięzieni w rozgrzanej saunie. Udaje się ich uratować, a na koniec Jeremie daje Aelicie telefon, aby grupa mogła być w stałym kontakcie.

Aelitę prześladują koszmary związane z lalką uciekającą przed wilkami, a dodatkowo przez Sissi wpada w kłopoty w szkole. Jeremie odkrywa informacje o Franzu Hopperze, dawnym nauczycielu z Kadic, który prawdopodobnie ma związek z superkomputerem. Podczas gdy Jeremie szuka dalszych wskazówek, Aelita samotnie wraca do Lyoko. Grupa odkrywa piąty sektor — Kartaginę — gdzie Aelita zostaje uwięziona i zaatakowana przez nowe potwory Xany. Dzięki odkryciu hasła „Scipio” bohaterowie dostają się do sektora i ratują Aelitę, zanim scyfozoa odbierze jej wszystkie wspomnienia. Po powrocie na Ziemię grupa postanawia częściej odwiedzać Kartaginę.

Aelita proponuje szukanie danych potrzebnych do usunięcia wirusa Xany w piątym sektorze — Kartaginie. Podczas gdy grupa udaje się do Lyoko, Yumi zostaje objęta kontrolą rodziców i nie może dołączyć do misji. W Kartaginie Ulrich, Odd i Aelita muszą wykonać tajemnicze zadanie przed końcem odliczania, jednocześnie walcząc z potworami Xany. Odkrywają przycisk zatrzymujący licznik, ale Ulrich i Odd zostają pokonani, a Aelita zostaje zaatakowana przez scyfozoę. Jeremie wzywa Yumi, która ucieka do fabryki i pomaga uratować Aelitę. Dziewczyny zdobywają potrzebne dane, lecz Yumi zostaje pokonana przez manty. Jeremie przywraca wszystkich na Ziemię i uruchamia powrót do przeszłości, zanim grupa zostaje odkryta przez dorosłych.

Sissi podsłuchuje rozmowę Jeremiego z Aelitą o wirusie Xany i szantażuje go, grożąc ujawnieniem sekretu grupy. Jeremie próbuje odzyskać nagranie, ale plan kończy się niepowodzeniem. Wkrótce Xana wywołuje powrót do przeszłości, a grupa odkrywa, że każda taka podróż wzmacnia jego moc. Wykorzystując kolejne cofnięcia czasu, bohaterowie poprawiają swoje błędy, a Jeremie próbuje uratować Aelitę uwięzioną w Lyoko. Sissi zostaje opanowana przez Xanę, lecz grupa pokonuje zagrożenie i dezaktywuje wieżę. Tym razem Jeremie rezygnuje z uruchomienia powrotu do przeszłości, obawiając się dalszego wzmacniania Xany.

Wizje Aelity stają coraz bardziej męczące. Grupa decyduje się zabrać dziewczynę do Pustelni, licząc na to, że znajdą tam coś, co pomoże w położeniu kresu koszmarom. Aelita odkrywa za obrazem skrytkę, w której znajduje się maskotka- bohater jej koszmarów, pan Pück. Do lalki dołączony jest kluczyk do skrytki na dworcu. Jeremie stwierdza, że znajdująca się tam walizka z dużą ilością płyt CD zawiera zaszyfrowany pamiętnik Franza Hoppera. Odpowiedzią Xany jest próba opętania Odda, Ulricha i Jeremiego- udaje mu się tylko z tym ostatnim. Chłopak porywa Aelitę do fabryki; Ulrich wzywa Yumi i razem z Oddem idą do fabryki. Aelita daje sobie radę z mechanizmem wirtualizacji i dezaktywuje wieżę. Yumi informuje Jeremiego, że płyty z pamiętnikiem zostały zniszczone; chłopak odpowiada jej, że skopiował wszystko na specjalną partycję superkomputera, gdzie dane są bezpieczne.

W noc przed walentynkami Xana podrzuca Aelicie naszyjnik, który dziewczyna uznaje za prezent od Jeremiego. Chłopak próbuje odkryć prawdziwego darczyńcę, co prowadzi do kłótni z Oddem i kar dla obu. Tymczasem walentynkowe gesty powodują nieporozumienia między Ulrichem, Yumi i Williamem. Okazuje się, że naszyjnik jest narzędziem Xany — Aelita pod jego wpływem próbuje samotnie udać się do piątego sektora. Podczas misji w Lyoko atakuje Yumi i zostaje opanowana przez Xanę. Jeremie wzywa pomoc, a Ulrich i Odd ratują Aelitę, uwalniając ją spod kontroli wirusa. Po powrocie na Ziemię Yumi niszczy naszyjnik, a Jeremie odkrywa, że jego zawartość może pomóc w walce z Xaną.

Dyrektor szkoły pozwolił na zorganizowanie imprezy techno. W czasie aranżacji sali gimnastycznej Williamowi psuje się sprzęt do miksowania. Odd prosi Jeremiego o pomoc w tej sprawie; chłopak, zajęty szukaniem antywirusa, odmawia, ale Aelita decyduje się pomóc, tłumacząc Jeremiemu, że ona też chce skorzystać z życia. Okazuje się, że ma talent do miksowania, w związku z czym wystąpi na imprezie jako DJ. Xana opanowuje Jima, który przywiązuje Jeremiego do krzesła, a następnie porywa Aelitę z sali gimnastycznej i idzie z nią do fabryki, by dostarczyć ją scyfozoi. Reszta grupy próbuje jednocześnie powstrzymać Jima i pomóc Aelicie zachować jej wspomnienia.

W czasie pobytu w sektorze leśnym Yumi zostaje zaatakowana przez scyfozoę. Potwór kradnie część jej DNA, przez co dziewczyna nie może zostać zmaterializowana. Co gorsza, tego dnia jej klasa będzie mieć robione zdjęcie, a nieobecność grozi zawieszeniem. Odd wpada na pomysł- przebierze się za Yumi. Ulrich modyfikuje plan Odda- obaj udają się do Sissi i proszą ją, by przebrała się za Yumi. Dziewczyna niespodziewanie zgadza się, nie żądając niczego w zamian. W tym czasie Aelita udaje się do Lyoko- chce przekazać Yumi swoje DNA, by mogła powrócić na Ziemię. Jeremie odkrywa, że to pułapka Xany, który chce w ten sposób ukraść pamięć Aelity. Proces zostaje przerwany; w zamian chłopak wysyła Odda, Ulricha i Yumi do sektora piątego, by stamtąd wykradli zaginiony kod Yumi. Wszystko kończy się dobrze. Yumi, dziękując Sissi za zastępstwo, proponuje jej pójście z Ulrichem na koncert Subsonic i wręcza kupione wcześniej bilety.

Ulrich dowiaduje się, że rodzina Yumi może wrócić do Japonii z powodu utraty pracy przez jej ojca. Po powrocie do przeszłości wygrywa na loterii i przekazuje kupon państwu Ishiyama, chcąc im pomóc. Gdy prawda wychodzi na jaw, Jeremie wyklucza go z grupy. Tymczasem Xana przejmuje kontrolę nad Nicolasem i aktywuje wieżę, powodując, że w Lyoko ból od ataków staje się realny. Ulrich odkrywa opętanie Nicolasa, pomaga Aelicie dezaktywować wieżę i odzyskuje zaufanie grupy. Ostatecznie ojciec Yumi znajduje nową pracę, a Ulrich przekazuje wygraną na cele charytatywne.

Pani Hertz opowiada o mięsożernych mrówkach Marabunta, a Jeremie informuje grupę, że odkrył w dzienniku Franza Hoppera pomysł na nową broń przeciwko Xanie. Gdy inni są zajęci, pokazuje program Oddowi i Aelicie — Marabuntę, substancję niszczącą potwory Xany. W Lyoko okazuje się jednak, że atakuje ona także Aelitę i Odda. Jeremie nie potrafi jej zatrzymać, więc wzywa pomoc. Początkowo Ulrich odmawia, zajęty problemami z Yumi i Williamem, ale po rozmowie z Williamem decyduje się dołączyć do walki. Dzięki pomocy potworów Xany i pomysłowi Jeremiego grupa niszczy Marabuntę. Po powrocie na Ziemię Ulrich i Yumi godzą się.

Opanowany przez Xanę przestępca Peter Duncan ucieka policji, zyskując nadludzkie zdolności. Grupa podejrzewa atak Xany, ale Jeremie odkrywa, że problem nie pochodzi z aktywowanej wieży. Duncan kradnie pręt uranowy potrzebny do zasilania reaktorów, a w tym czasie Aelita trafia do szpitala po utracie przytomności. W fabryce Jeremie odkrywa, że superkomputer traci zasilanie, przez co Lyoko zaczyna znikać, a życie Aelity jest zagrożone. Duncan porywa Jeremiego, zmuszając go do użycia skradzionej baterii. Dzięki działaniom grupy superkomputer zostaje uruchomiony, a Aelita dezaktywuje wieżę. Po wszystkim Duncan zostaje pozostawiony przed komisariatem.

Po kolejnej misji Jeremie niespodziewanie uruchamia powrót do przeszłości, mimo że Xana nie spowodował żadnych szkód. Jego dziwne zachowanie wzbudza niepokój grupy. Wkrótce zostaje odkryta aktywowana wieża, a Jeremie wzywa przyjaciół do walki. Po dezaktywacji wieży ponownie cofa czas, lecz grupa znajduje go nieprzytomnego. Z jego komputera odkrywają wideodziennik, w którym wyjaśnia, że dzięki danym Hoppera odkrył sposób na zwiększenie swojej inteligencji, aby szybciej stworzyć lekarstwo dla Aelity. Specjalny hełm okazuje się jednak niebezpieczny — podczas ataku Xany Jeremie i Yumi ledwo uchodzą z życiem. Po kolejnym powrocie do przeszłości Jeremie niszczy urządzenie.

Jeremie, Odd i Aelita namawiają Ulricha, by wyznał Yumi swoje uczucia, jednak chłopak źle interpretuje jej rozmowę z Williamem i wpada w zły humor. Następnego dnia wdaje się z Williamem w bójkę, za co obaj dostają szlaban. W tym czasie Xana aktywuje wieżę i wysyła kraby do ataku. Grupa walczy z potworami — Yumi chroni rodzinę, a Ulrich i William zmuszeni są współpracować. Aelita samodzielnie dociera do wieży i ją dezaktywuje. Po powrocie do przeszłości William wyciąga rękę do Ulricha i zaprasza go na wspólną jazdę gokartami.

Xana przejmuje kontrolę nad Kiwim, który gryzie Tamię, zamieniając ją w zombie. Zarażona dziewczyna atakuje Milly, a grupa szybko odkrywa, że to kolejny plan Xany. Atak zombie ogarnia całą szkołę — uczniowie, nauczyciele i personel zostają opanowani przez wirusa. Yumi udaje się do fabryki, a reszta grupy próbuje przetrwać oblężenie stołówki. Odd również zostaje zarażony, a Jeremie i Aelita ruszają do Lyoko, by powstrzymać Xanę. W ostatniej chwili Aelita dezaktywuje wieżę, a zaprogramowany powrót do przeszłości ratuje wszystkich. Po wszystkim grupa pokazuje Milly, że Sissi potrafi być odważna i pomocna.

Jeremie przedstawia grupie bombę elektromagnetyczną, która ma pomagać w walce z osobami opanowanymi przez Xanę. Wkrótce dyrektor szkoły, kontrolowany przez Xanę, porywa Yumi i Odda. Grupa odkrywa aktywowaną wieżę i dowiaduje się, że Xana żąda wydania Aelity scyfozoi w zamian za ich życie. Ulrich dociera do fabryki i dowiaduje się, gdzie przetrzymywani są przyjaciele. Razem z Jeremiem, Aelitą i Sissi próbuje ich uratować, a Sissi pomaga przekonać policję do ewakuacji szkoły. Ulrich uwalnia Yumi i Odda, lecz bomba jedynie ogłusza dyrektora. Aelita trafia do Lyoko, unika scyfozoi i dezaktywuje wieżę. Po powrocie do przeszłości Ulrich okazuje Sissi więcej sympatii, co zauważa Yumi.

Po kolejnej misji w Lyoko Odd i Yumi wychodzą ze skanerów w zamienionych ciałach. Jeremie odkrywa błąd w programie materializującym, ale nie może od razu go naprawić. Bohaterowie próbują odnaleźć się w nowych rolach — Odd pomaga Ulrichowi w sprawach z Yumi, a sam wywołuje kilka zabawnych sytuacji. Tymczasem stan zamiany zaczyna zagrażać ich życiu, gdy ich ciała zaczynają zanikać. Grupa udaje się do Lyoko, gdzie Aelita usuwa przeszkody blokujące restart programu. Po powrocie na Ziemię Odd i Yumi odzyskują swoje ciała, a Yumi komentuje artykuł Milly sugerujący jej związek z Ulrichem.

Odd chwali się, że umawiał się z prawie wszystkimi dziewczynami z klasy. Wkrótce grupa zaczyna widzieć swoich przyjaciół całujących inne osoby — Jeremie Heidi, Yumi Matthiasa, a Ulrich Sissi. Okazuje się, że za wszystkim stoi Xana, który stworzył polimorficznego klona potrafiącego przybierać dowolną postać. Jeremie i Aelita godzą się, a grupa odkrywa prawdziwego Jeremiego. W czasie walki klon atakuje bohaterów, ale Odd pomaga pokonać przeciwnika, a Aelicie udaje się dezaktywować wieżę. Po powrocie do szkoły Aelita całuje Jeremiego, chcąc sprawdzić, czy tym razem reakcja będzie prawdziwa.

Podczas misji w Kartaginie grupa zdobywa kod źródłowy wirusa podobnego do tego, który ma Aelita. Jeremie tworzy antywirusa i z powodzeniem usuwa infekcję z jej ciała, jednak po zabiegu dziewczyna staje się niewidzialna. Wkrótce Xana aktywuje wieżę, a grupa zostaje zaatakowana przez wilki pod kontrolą Xany. Ulrich poświęca się, by odwrócić ich uwagę, a Odd i Yumi ruszają do Lyoko. Okazuje się, że błąd po usunięciu wirusa uniemożliwia Aelicie dezaktywację wieży, więc Jeremie cofa czas, by uratować Ulricha. Po powrocie do przeszłości Ulrich przyznaje się do lęku wysokości i unika kolejnej wspinaczki.

Do Kadic przyjeżdża dziennikarz Thomas Vincent, który chce nakręcić materiał o złym stanie szkół, ale jego aroganckie zachowanie rozczarowuje innych. Jeremie odkrywa aktywowaną wieżę i wysyła grupę do Lyoko, jednak Xana dezaktywuje ją i uruchamia kolejną. Tym razem atak powoduje ekstremalne ochłodzenie i śnieżycę w szkole. Ulrich, Yumi i Odd próbują dotrzeć do fabryki, ale mróz utrudnia im zadanie. Gdy drzewo przygniata Yumi, Ulrich zostaje, by ją uratować, a Odd rusza do Lyoko. Pomaga Aelicie pokonać scyfozoę i dezaktywować wieżę. Na prośbę Odda Jeremie uruchamia powrót do przeszłości, by ocalić Yumi.

Aelitę nawiedzają koszmary związane z Pustelnią i tajemniczymi mężczyznami w czerni. Dziewczyna opowiada o nich grupie, a podczas pobytu na basenie ponownie doświadcza wizji i zostaje uratowana przez Jeremiego. Gdy Xana aktywuje wieżę, Aelita samotnie udaje się do Pustelni, gdzie odkrywa wspomnienia związane z Franzem Hopperem. Grupa rusza do Lyoko, a tajemnicza sfera przenosi Aelitę do Kartaginy. Bohaterowie docierają tam i ratują ją przed scyfozoą. Aelita dezaktywuje wieżę, a po powrocie na Ziemię Odd odkrywa, że jego internetową znajomą była Sissi.

Podczas badań lekarskich Jeremie martwi się o brak dokumentów Aelity. Gdy Xana aktywuje wieżę, pielęgniarka zostaje opętana i porywa Aelitę. Ulrich ratuje dziewczynę, a Jeremie postanawia przetestować nową metodę walki — aktywuje wieżę, która daje Oddowi moce podobne do tych używanych przez ludzi kontrolowanych przez Xanę. Początkowo Odd zyskuje przewagę nad pielęgniarką, jednak Xana przejmuje kontrolę nad wieżą Jeremiego i odbiera mu zdolności. Aelita dezaktywuje obie wieże, ratując Odda i Jeremiego. Po wszystkim grupa ukrywa prawdziwy przebieg wydarzeń przed dyrektorem.

Sissi organizuje z Hervem i Nicolasem seans spirytystyczny, podczas którego zamiast ducha Leona Corbe pojawia się duch Xany. Zjawa porywa Odda i atakuje Jima, a grupa odkrywa, że Xana uszkodził program wykrywający aktywne wieże. Jeremie wysyła Aelitę i Yumi do Kartaginy, by naprawiły system, a Odd ma monitorować sytuację w Lyoko. Dzięki jego pomocy Aelicie udaje się pokonać scyfozoę i dezaktywować wieżę. Po powrocie na Ziemię Jeremie cofa czas, by naprawić program. Odd udaje później ducha Leona Corbe i straszy uczestników seansu.

Jeremie odkrywa, że Xana aktywował pięć wież jednocześnie. W fabryce grupa spotyka tajemniczego Franza Hoppera, który przedstawia się jako twórca Lyoko i Xany. Obiecuje pomóc w stworzeniu antywirusa dla Aelity, ale szybko wzbudza podejrzenia Jeremiego. Hopper ostrzega przed zagrożeniami wirtualizacji i proponuje wyprawę do Kartaginy po dane potrzebne do stworzenia lekarstwa. Gdy Jeremie sprzeciwia się jego planom, zostaje odsunięty od grupy i zaczyna podejrzewać, że Hopper jest w rzeczywistości Xaną. Jego podejrzenia okazują się słuszne — Hopper atakuje grupę, wysyłając Ulricha, Yumi i Odda do Kartaginy, a Aelitę wystawia na atak scyfozoi. Dzięki sprytowi Aelity, która wysyła do Lyoko swoją kopię, plan Xany zostaje pokrzyżowany. Jeremie ratuje przyjaciół, a Aelicie udaje się dezaktywować wieżę. Po wszystkim Jeremie rezygnuje z przenosin do innej szkoły i zostaje w Kadic.

Odd prezentuje w szkole swój film, który rozgniewa Sissi. Dziewczyna zaczyna dziwnie się zachowywać i mówić w nieznanym języku, a następnie zapisuje tajemnicze ciągi liter i cyfr. Jeremie odkrywa, że są one próbą kontaktu od nieznanego nadawcy. Ulrich i Aelita badają Lyoko i znajdują aktywowaną białą wieżę, podczas gdy Yumi i Odd próbują sprowadzić Sissi do fabryki. Xana przejmuje kontrolę nad pielęgniarką, ale grupa pokonuje zagrożenie. Aelita dezaktywuje wieżę, a Jeremie rozszyfrowuje wiadomość Sissi — zawiera ona dane potrzebne do stworzenia antywirusa dla Aelity, a jej nadawcą okazuje się Franz Hopper.

Jeremie, korzystając z danych z sektora piątego, próbuje odszyfrować pamiętnik Franza Hoppera, ale do przetworzenia informacji potrzebuje dodatkowej mocy superkomputera. Postanawia wykorzystać do tego wieżę w Lyoko. W tym czasie Odd otrzymuje tajemniczą wiadomość od dziewczyny i znika, a Jeremie wykrywa aktywowaną wieżę. Ulrich, Yumi i Aelita udają się do Lyoko, a później dołącza do nich Odd, który okazuje się polimorficznym klonem Xany. Prawdziwy Odd zostaje uwięziony w Pustelni, ale Yumi ratuje go przed śmiercią. Grupa walczy z klonami i potworami Xany, a sam Xana przejmuje kontrolę nad wieżą Jeremiego i niszczy postęp odszyfrowywania. Niespodziewanie wieża zmienia kolor na biały i proces zostaje wznowiony, co Jeremie uznaje za pomoc Franza Hoppera. Po odszyfrowaniu pamiętnika grupa dowiaduje się, że Hopper stworzył Lyoko i Xanę, a przed uwięzieniem miał córkę, którą przeniósł do Lyoko — wszystko wskazuje na to, że była nią Aelita.

Jeremie odkrywa w pamiętniku Hoppera, że Aelita i jej ojciec posiadają klucze do Lyoko, które dają pełną kontrolę nad tym światem. Dochodzi do wniosku, że właśnie tych kluczy Xana potrzebuje, by wydostać się z superkomputera. Ostatnia część wspomnień Aelity znajduje się w sektorze piątym i jej odzyskanie pozwoli dziewczynie uwolnić się od Xany oraz wyłączyć superkomputer. Aelita, zrozpaczona odkryciem prawdy o ojcu, próbuje sama zakończyć zagrożenie i wyłączyć system, ale Jeremie ratuje ją, ponownie uruchamiając superkomputer. Podczas misji w Kartaginie scyfozoa odbiera Aelicie wspomnienia, dzięki czemu Xana przejmuje kontrolę nad Lyoko. W ostatniej chwili dziewczyna odzyskuje brakującą część pamięci, a kontrolę nad Lyoko odzyskuje Franz Hopper. Aelita zostaje uwolniona od wpływu Xany, ale ten również zyskuje niezależność od superkomputera. Grupa postanawia wspólnie walczyć z Xaną i odnaleźć ojca Aelity.

Nowy rok szkolny przynosi zmiany – Odd trafia do innej klasy niż Aelita, Ulrich i Jeremie. Odkrywa, że to decyzja Jima, więc szantażuje nauczyciela znalezionym filmem z dyskoteki. Yumi postanawia zakończyć związek z Ulrichem i zostać tylko jego przyjaciółką. W tym czasie Xana atakuje Sektor Piąty, a grupa udaje się do Lyoko, by chronić jego „serce”. Podczas misji Aelita zdobywa nowe zdolności – może strzelać kulami energii i nie znika po utracie wszystkich punktów życia. Ostatecznie Odd oddaje Jimowi film, a nauczyciel i tak przenosi go do klasy przyjaciół.

Podczas wyborów do samorządu klasowego Xana przejmuje kontrolę nad pasażerami autobusu, w którym znajduje się Yumi. Dziewczyna prosi Jeremiego o pomoc, a grupa odkrywa aktywowaną wieżę w sektorze leśnym. Ulrich rusza ratować Yumi, a Jeremie, Odd i Aelita udają się do fabryki. William, który podsłuchał ich rozmowę, postanawia pomóc. Xana przejmuje kontrolę nad Aelitą, która wpisuje w wieży kod KOD:XANA, powodując zniszczenie sektora leśnego i wyłączenie wieży. Jeremie ratuje Aelitę i Odda, a Ulrich zabiera nieprzytomnego Williama do szkoły. Ostatecznie Odd zostaje przewodniczącym klasy.

Podczas lekcji uczniowie dowiadują się o zdrowym odżywianiu. Jeremie i Aelita odkrywają aktywowaną wieżę w sektorze górskim, a Xana przejmuje kontrolę nad jedzeniem w stołówce. Odd i Ulrich próbują zdobyć lepszy posiłek, lecz zostają zaatakowani przez opętane produkty. Grupa udaje się do fabryki, gdzie Odd i Aelita walczą w Lyoko z potworami Xany. Po udanej misji Aelita dezaktywuje wieżę, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Odd odkrywa, że ktoś ukradł jego tamagotchi. W tym czasie tajni agenci oskarżają Jeremiego o włamanie do komputera fabryki zbrojeniowej i zaczynają go śledzić. Xana okazuje się odpowiedzialny za całą sytuację, a agenci aresztują Jeremiego i próbują zniszczyć superkomputer. Grupa udaje się do fabryki, gdzie Aelicie udaje się dezaktywować wieżę i uratować Jeremiego oraz superkomputer. Po wszystkim Jeremie uruchamia powrót do przeszłości, a Yumi przyznaje, że namówiła Ulricha do kradzieży tamagotchi Odda.

Odd martwi się nieprzyjemnym zapachem stóp i prosi pielęgniarkę o pomoc. Tymczasem Aelita zaczyna wspominać ojca i zastanawia się, czy Franz Hopper nadal żyje. Po kłótni z Jeremiem ucieka do Pustelni, gdzie Odd namawia ją na wyprawę do Kartaginy w poszukiwaniu informacji. W tym czasie Xana atakuje, a grupa walczy z jego potworami i chroni serce Lyoko. Po misji Aelita zdobywa dane o Hopperze, a Jeremie odkrywa w nich fragment DNA, który sugeruje, że ojciec Aelity może wciąż żyć w Lyoko.

Ulrich, zazdrosny o Yumi, radzi Johnny’emu, by nie odstępował jej na krok, co wywołuje niezadowolenie grupy. Xana przejmuje kontrolę nad ptakami, które atakują przyjaciół. Grupa próbuje dezaktywować wieżę w sektorze pustynnym, a Yumi zostaje ranna i trafia do szpitala. W Lyoko Xana przejmuje kontrolę nad Aelitą i Oddem, jednak Aelita wpisuje KOD:XANA, niszcząc sektor pustynny i ratując sytuację. Jeremie uruchamia powrót do przeszłości, a Yumi dowiaduje się, że Ulrich kazał Johnny’emu ją śledzić.

Yumi zostaje wezwana przez Jeremiego do fabryki, a William zaczyna podejrzewać, że ukrywa jakiś sekret. Podczas kolejnej misji Xana przejmuje kontrolę nad pracownikiem budowlanym, który podkłada bomby w fabryce. William pomaga grupie powstrzymać zagrożenie, a Aelita dezaktywuje wieżę. Yumi i William ratują sytuację, rozbrajając bombę, jednak podczas głosowania grupa odrzuca jego prośbę o dołączenie do walki z Xaną. Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Podczas misji w Kartaginie Odd i Ulrich zostają trafieni tajemniczym promieniem mant Xany. Wkrótce podczas szkolnego przedstawienia zaczynają widzieć ludzi jako potwory i trafiają do szpitala. Jeremie odkrywa, że za ich zachowanie odpowiada Xana i aktywowana wieża. Aelita i Yumi zabierają chłopaków do fabryki, gdzie grupa walczy w Lyoko, odpierając atak na serce wirtualnego świata. Po dezaktywacji wieży Odd i Ulrich odzyskują normalne zachowanie, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Podczas misji w Lyoko grupa zauważa liczne błędy wirtualnego świata. Jeremie odkrywa, że przyczyną jest uszkodzona część superkomputera zniszczona przez osobę opętaną przez Xanę. Gdy grozi awaria systemu, Aelita musi naprawić urządzenie, a Xana aktywuje wieżę. Grupa walczy z atakiem żywych korzeni, a Ulrich i Aelita próbują dezaktywować wieżę w Lyoko. Aby uratować superkomputer, Aelita decyduje się zniszczyć sektor polarny, co pozwala Jeremiemu zrestartować system i zakończyć atak Xany.

Ulrich otrzymuje złą ocenę z fizyki i grozi mu powtarzanie klasy. Jeremie testuje nowy program przenoszący bezpośrednio do Kartaginy, a ochotnikiem zostaje Ulrich. Eksperyment kończy się niepowodzeniem – jego ciało i umysł zostają rozdzielone, przez co staje się niewidzialny dla innych. Dzięki Kiwiemu udaje mu się powiadomić grupę o problemie. Okazuje się, że Xana przejął jego ciało i wykorzystuje je do ataku na serce Lyoko. Podczas gdy Yumi i Aelita walczą w Kartaginie, Ulrich pomaga sobie, przejmując ciało Jima, a potem wspiera Odda w misji. Jeremie łączy ciało i umysł Ulricha, a chłopak odzyskuje normalność.

Odd zazdrości innym ich supermocy, więc Jeremie tworzy dla niego zdolność teleportacji. Eksperyment powoduje jednak powstawanie kopii Odda, które szybko zaczynają sprawiać problemy. Jeremie odkrywa sposób na ich połączenie, lecz Xana atakuje, zamieniając ludzi w kamień. Grupa walczy z zagrożeniem, a wszystkie kopie Odda trafiają do skanerów – w Lyoko zostaje tylko prawdziwy Odd. Aelita dezaktywuje wieżę, Jeremie uruchamia powrót do przeszłości, a Odd rezygnuje z naprawy programu teleportacji.

Yumi grozi wydalenie ze szkoły z powodu wielu nieobecności. Grupa uznaje, że potrzebuje nowego członka, a Aelita proponuje Williama, choć Yumi początkowo się sprzeciwia. Xana tworzy polimorficznego klona Jeremiego, który próbuje przejąć kontrolę nad superkomputerem i atakuje grupę w Lyoko. Aelita zostaje opanowana przez Xanę i niszczy sektor górski, pozostawiając Lyoko bez czterech pierwotnych sektorów. Prawdziwy Jeremie pokonuje klona i ratuje przyjaciół. Po wydarzeniach kończy program umożliwiający bezpośrednie przejście do Kartaginy, a Yumi zgadza się, by William dołączył do grupy.

Grupa przyjmuje Williama jako nowego wojownika Lyoko i skanuje go, aby zachować jego pamięć po powrotach do przeszłości. Jeremie kończy program mający pomóc odnaleźć ojca Aelity, lecz podczas jego testowania Xana atakuje serce Lyoko. Aelita zostaje sama z Williamem w Kartaginie, gdzie chłopak świetnie walczy, ale ignoruje rozkazy Jeremiego i zostaje przejęty przez Xanę. William niszczy sektor piąty i staje się narzędziem Xany. Po nieudanej misji grupa zastanawia się, jak go uratować, a Jeremie otrzymuje wiadomość od Franza Hoppera.

Jeremie udaje ojca Williama, by usprawiedliwić jego nieobecność w szkole. Dzięki wskazówkom Franza Hoppera wraz z Aelitą zaczyna odbudowę Lyoko. W tym czasie Sissi przejmuje szkolną gazetkę i zostaje jej redaktorem naczelnym. Gdy Lyoko zostaje częściowo odtworzone, William wraca do szkoły, twierdząc, że nie pamięta wydarzeń po ataku Xany. Wkrótce okazuje się, że chłopak nadal jest pod kontrolą Xany i próbuje wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. Grupa ratuje dziewczynę, a Jeremie odkrywa, że Xana zmienił swoją strategię. Na koniec uczniowie oglądają występ Jima, który ponownie wciela się w króla disco.

Jeremie pracuje nad nowym wyposażeniem dla grupy oraz sposobem ukrycia nieobecności Williama. Tworzy własnego klona, aby zastąpił go w szkole, jednak podczas lekcji klon zostaje częściowo przejęty przez Xanę. Grupa udaje się do Lyoko, gdzie korzysta z nowych broni i walczy z Williamem. Aelita dezaktywuje wieżę, ratując Jeremiego, a Odd pomaga Yumi uniknąć wrzucenia do cyfrowego morza. Po powrocie do przeszłości Jeremie tworzy klona Williama.

W szkole odbywa się konkurs talentów organizowany przez Chrisa z zespołu Subdigitals. Odd bierze w nim udział, a Aelita również chce zaprezentować swoją muzykę, lecz początkowo pomaga Jeremiemu w walce z Xaną. Gdy w końcu występuje, Chris jest zachwycony jej utworem. Xana jednak porywa Aelitę za pomocą polimorficznego klona Chrisa i przenosi ją do Lyoko, gdzie atakuje ją William. Grupa rusza na ratunek, a Aelita dezaktywuje wieżę. Po powrocie do przeszłości Jeremie przekazuje Chrisowi nagranie jej muzyki.

Jeremie kończy program, który ma pozwolić prawdziwemu Williamowi wrócić na Ziemię. W internacie uczniowie wybierają klona Williama na opiekuna sali rekreacyjnej. Jeremie i Aelita próbują uruchomić program powrotu, ale pojawia się błąd, a Aelita musi zrobić to w Lyoko. Xana przejmuje kontrolę nad klonem Williama, który atakuje grupę i próbuje wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. Dzięki pomocy Odda i Yumi dziewczyna dezaktywuje wieżę i ratuje sytuację. Po powrocie do przeszłości grupa doprowadza do wyboru Sissi jako opiekunki sali rekreacyjnej.

Jeremie i Aelita kończą pracę nad łodzią podwodną, która ma pozwolić grupie zbadać cyfrowe morze. Po tym, jak Jim przyłapuje Aelitę u Jeremiego, oboje dostają szlaban w bibliotece. W tym czasie Xana próbuje zniszczyć łódź, a Jeremie za pomocą alfabetu Morse’a przekazuje Yumi wiadomość z prośbą o pomoc. Grupa udaje się do fabryki, a dzięki pomocy Kiwiego Jeremie i Aelita uciekają z biblioteki. Po walce z Williamem i powrocie na Ziemię grupa nadaje łodzi nazwę Skidbladnir, skróconą przez Odda do Skid.

Grupa namawia Jeremiego, by podczas ćwiczeń przeciwpożarowych przetestował Skida. Wojownicy udają się do cyfrowego morza, gdzie podczas podróży psuje się system nawigacji. Jeremie wraca do szkoły po program naprawczy i zdobywa go nietypową drogą, wchodząc do pokoju przez dach. W czasie jego nieobecności Skid odkrywa w cyfrowym morzu tajemniczy świat podobny do Lyoko i zostaje zaatakowany przez potwory Xany. Po naprawie systemu Jeremie sprowadza grupę na Ziemię i wyjaśnia, że odkryty świat został stworzony przez Xanę z danych skradzionych Aelicie. Odd zdradza, że wiedział, jak Jeremie dostał się do swojego pokoju.

Jeremie postanawia nauczyć Ulricha, Odda i Yumi obsługi superkomputera na wypadek, gdyby sam nie mógł walczyć z Xaną. Podczas treningu Xana atakuje – polimorficzny klon ogłusza Jeremiego, a aktywowana zostaje wieża w sektorze górskim. Ulrich i Odd trafiają do Lyoko, gdzie walczą z Williamem, a Yumi sprowadza Aelitę z występu zespołu Subdigitals. Po trudnej walce Aelita dezaktywuje wieżę i ratuje sytuację. Po powrocie do szkoły ogłasza grupie, że wystąpi razem z Subdigitals na ich kolejnym koncercie.

Odd po całonocnym graniu udaje chorego, a Aelita kryje go przed Jimem. Ich kłamstwo zostaje odkryte i oboje dostają szlaban. W międzyczasie grupa bada cyfrowe morze i odkrywa kopię sektora leśnego Lyoko stworzoną przez Xanę. Ulrich i Yumi zwiedzają nowy świat, a Odd i Aelita pilnują Skida przed atakami Xany i Williama. Jeremie próbuje powstrzymać Hervé’a i Nicolasa przed odkryciem fabryki, a Odd wraz z Aelitą udają parę, by ich odstraszyć. Po powrocie Jeremie wyjaśnia, że odkryty świat prawdopodobnie znajduje się w pamięci innego superkomputera i zaczyna szukać sposobu dotarcia do niego.

Jeremie zarządza intensywne treningi fizyczne, ale grupa uznaje go za słabego trenera i prosi o pomoc Jima. Podczas ćwiczeń Xana aktywuje wieżę, a opętany dzik atakuje uczniów i nauczyciela. Grupa udaje się do fabryki, a Jeremie zostaje z rannym Jimem. Aelita odkrywa, że Xana atakuje serce Lyoko, więc wojownicy walczą w Kartaginie i sektorze leśnym. Po dezaktywacji wieży Jim i Jeremie zostają uratowani, a po powrocie do szkoły reszta grupy rezygnuje z dalszych treningów.

Podczas gdy Aelita, Odd i Ulrich badają cyfrowe morze, Yumi bierze udział w szkolnym projekcie budowy modelu Układu Słonecznego. Xana zmienia tor komety, która zagraża Ziemi i fabryce. Jeremie odkrywa jego plan i próbuje powstrzymać katastrofę, lecz Skid wpada w pułapkę Xany. Yumi pomaga w ewakuacji szkoły, a dzięki pomocy Hirokiego i Johnny’ego Jeremie przejmuje kontrolę nad wojskowym satelitą. W Lyoko Aelita poświęca się, by zmusić Xanę do działania – dzięki temu laser niszczy kometę przed uderzeniem w Ziemię. Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Podczas szkolnego wyjazdu nad jezioro Ulrich, Aelita, Odd i Jeremie badają rośliny, a Yumi zostaje w szkole na egzaminach. Xana atakuje – przejmuje Skida i razi prądem osoby na wyspie. Yumi odkrywa aktywną wieżę i walczy z Williamem, który na chwilę odzyskuje wspomnienia z czasów walki z Xaną, lecz ponownie zostaje przez niego kontrolowany. Aelita przywraca działanie wież w Lyoko, ratuje Skida i Yumi przed cyfrowym morzem, a następnie dezaktywuje wieżę. Po powrocie na Ziemię Yumi uruchamia powrót do przeszłości.

Hiroki prosi Ulricha o pomoc w zdobyciu sympatii Milly. W tym czasie Jeremie przygotowuje program, który ma pomóc sprowadzić prawdziwego Williama z cyfrowego morza. Ulrich znajduje pamiętnik Yumi, który przypadkowo zgubił Hiroki, i później oddaje go właścicielce. Podczas wyprawy Skidem do cyfrowego morza łódź zostaje zaatakowana przez potwory Xany, a ministatek Yumi znika. Mimo uszkodzonego sonaru Aelita, Odd i Ulrich ruszają jej na pomoc. Pokonują potwory i Williama, a cała grupa wraca bezpiecznie na Ziemię. Ulrich oddaje Hirokiemu pamiętnik Yumi, dzięki czemu rodzeństwo się godzi.

Jeremie odkrywa sposób na dotarcie do superkomputera odpowiedzialnego za replikę Lyoko. Ulrich dowiaduje się, że Yumi jest na niego zła, ponieważ zapomniał o jej urodzinach, więc Odd pomaga mu przygotować prezent. Grupa wyrusza Skidem do repliki Lyoko, gdzie Odd i Aelita teleportują się do laboratorium Xany, by odnaleźć superkomputer. W tym czasie Ulrich i Yumi bronią statku przed Williamem i potworami. Mimo trudnej walki Odd i Aelita odnajdują cel, ale nie udaje im się zniszczyć superkomputera. Po powrocie Ulrich wręcza Yumi prezent, lecz przez pomyłkę Odda dziewczyna dostaje gumową kość dla Kiwiego zamiast naszyjnika.

Ulrich zakłada się z Oddem, że ten przez dobę nie będzie się chwalił. Grupa ponownie próbuje zniszczyć superkomputer Xany w repliki Lyoko. Ulrich i Yumi atakują laboratorium, a Odd i Aelita pilnują Skida, lecz Xana wysyła przeciw nim potwory i Williama. Mimo wyłączenia zasilania superkomputer zostaje uruchomiony ponownie, a bohaterowie muszą kontynuować walkę. Odd niszczy generator mocy, a Aelita dezaktywuje wieżę, co kończy misję. Po powrocie na Ziemię Odd przyznaje, że lubi się chwalić i jest z tego dumny.

Podczas sprawdzianu Sissi zaczyna podejrzewać, że William zachowuje się dziwnie. Jeremie odkrywa, że aby go uratować, Aelita musi uruchomić specjalny program w Lyoko. Odd zgłasza się na ochotnika i potajemnie zabiera ze sobą Kiwiego do skanera, jednak podczas transferu ich ciała łączą się. Odd zaczyna zachowywać się jak pies, a Jeremie odkrywa przyczynę problemu. Grupa zabiera Odda z powrotem do Lyoko, gdzie chłopak zostaje rozdzielony od Kiwiego. W tym czasie Xana atakuje, a Aelita dezaktywuje wieżę. Yumi i Ulrich pomagają powstrzymać zagrożenie, a Odd odzyskuje normalność.

William zwraca na siebie uwagę Jima swoim dziwnym zachowaniem, a grupa zaczyna podejrzewać, że klon wymaga poprawy. Jeremie odkrywa możliwość istnienia kolejnej repliki Lyoko i planuje ją zniszczyć. Grupa udaje się do repliki przypominającej sektor pustynny, gdzie Aelita i Ulrich badają laboratorium, a Odd i Yumi chronią Skida. Tymczasem Milly i Tamiya dowiadują się od Williama o Lyoko i Xanie, a klon zabiera je do fabryki. Prawdziwy William, opanowany przez Xanę, próbuje zniszczyć superkomputer, lecz zostaje powstrzymany przez grupę. Klon Williama zostaje zniszczony, a Jeremie ratuje superkomputer. William wraca do Lyoko, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Aelicie śni się wspomnienie z dzieciństwa związane z porwaniem matki. Gdy Jeremie, Ulrich i Odd wyjeżdżają na wakacje, Jeremie martwi się o Aelitę, lecz dziewczyna postanawia zostać w internacie. Wkrótce otrzymuje tajemniczą wiadomość i melodię od Franza Hoppera, który wzywa ją do Lyoko. Aelita odnajduje ojca w sztucznym świecie stworzonym przez Xanę, lecz odkrywa, że jest to tylko jego klon. Xana próbuje ją uwięzić, a William wrzuca ją do cyfrowego morza. W ostatniej chwili prawdziwy Franz Hopper ratuje córkę, lecz sam musi wrócić do cyfrowego morza. Grupa ratuje sytuację, a po wszystkim Odd rozdaje prezenty. Jeremie daje Aelicie szalik i zabiera ją na wakacje do swojego domu.

Odd zaczyna dzień pechowo po stłuczeniu lusterka. Zła passa trwa dalej – dostaje szlaban, kiepskie śniadanie i zostaje odrzucony przez dziewczynę. Podczas misji w Lyoko również nie ma szczęścia, a grupa walczy z Xaną w repliki sektora pustynnego. Ulrich i Yumi próbują zniszczyć superkomputer w Nowym Meksyku, odkrywając produkcję implantów dla cybernetycznych pająków. W walce wszyscy napotykają problemy, a błąd w programie wirtualizacji powoduje dewirtualizacje wojowników. Ulrichowi udaje się zniszczyć superkomputer, a Jeremie sprowadza Skida do Kartaginy. Na koniec Odd sądzi, że los się do niego uśmiechnął, gdy znajduje telefon, lecz okazuje się, że należy on do Jima.

Jeremie otrzymuje nagrodę w konkursie – lot myśliwcem, do którego zgłosił go Odd. Początkowo podejrzewa podstęp Xany, lecz ostatecznie decyduje się skorzystać z okazji. W tym czasie Aelita odkrywa aktywowaną wieżę, a Xana przejmuje kontrolę nad samolotem Jeremiego i chce wykorzystać go do zniszczenia superkomputera. Grupa walczy z Williamem w Lyoko, a Ulrich ratuje Aelitę przed wrzuceniem do cyfrowego morza. Dziewczyna dezaktywuje wieżę tuż przed katastrofą samolotu, a Yumi uruchamia powrót do przeszłości. Po podróży w czasie Odd bierze udział w locie myśliwcem zamiast Jeremiego, a Aelita odkrywa, że anonimową kartkę z Montrealu wysłał właśnie Jeremie.

Do szkoły przyjeżdża Brynja, przyjaciółka Sissi z Islandii, która szybko zdobywa sympatię uczniów, w tym Odda. Chłopak, chcąc jej zaimponować, pokazuje jej fabrykę i superkomputer, co powoduje błędy w systemie. Xana atakuje, a Aelita trafia do niewłaściwego sektora Lyoko, gdzie zostaje zaatakowana przez Williama. Ulrich i Yumi ruszają jej na pomoc, a później dołącza Odd, który porzuca spotkanie z Brynją. Dzięki ich pomocy Aelita zostaje uratowana. Brynja wyjeżdża z Kadic, więc Jeremie nie musi uruchamiać powrotu do przeszłości.

Podczas nieobecności Ulricha Kiwi niszczy jego poduszkę, przez co grupa postanawia, że pies powinien zostać w fabryce. Wkrótce Xana aktywuje wieżę i przejmuje kontrolę nad robotycznymi kopiami Kiwiego. Atakują one szkołę i więżą uczniów oraz nauczycieli. Odd i Aelita walczą w Lyoko, a Yumi i Ulrich próbują pomóc na Ziemi. William atakuje Aelitę, lecz okazuje się, że zniszczył tylko jej kopię. Prawdziwa Aelita dezaktywuje wieżę, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości. Po wszystkim grupa dochodzi do wniosku, że Kiwi potrafi być pomocny, mimo wcześniejszych problemów.

Odd prosi Yumi, by podczas inspekcji internatu zaopiekowała się Kiwim. Dziewczyna zgadza się, a pies trafia pod opiekę Hirokiego. Tymczasem grupa odkrywa kolejną replikę Lyoko – kopię sektora piątego. Aelita, Ulrich, Yumi i Odd wyruszają Skidem do repliki, gdzie Yumi i Odd teleportują się w pobliże superkomputera znajdującego się na stacji kosmicznej. Podczas walki Ulrich poświęca się, by uratować Skida, a William atakuje Aelitę. Odd niszczy superkomputer i razem z Yumi ratuje Aelitę. Misja kończy się sukcesem, a rodzice Yumi pozytywnie reagują na obecność Kiwiego w domu.

Jeremiego odwiedza kuzyn Patrick, który wydaje mu się zbyt „fajny” w porównaniu z nim. Podczas gdy grupa zajmuje się gościem, Jeremie pracuje nad Skidem i odkrywa kolejną replikę Lyoko. Tymczasem Sissi namawia Patricka, by pozwolił Hervemu sprawdzić komputer Jeremiego. Przez przypadek chłopak uszkadza pliki Skida, a Xana wykorzystuje sytuację, przejmując kontrolę nad Sissi i Hervem, którzy próbują zniszczyć łódź podwodną. Jeremie zatrzymuje ich, odcinając prąd w internacie. W Lyoko Aelita dezaktywuje wieżę, a po trudnej walce Jeremie uruchamia powrót do przeszłości. Po wszystkim chłopak zaczyna lepiej dogadywać się z Patrickiem.

Aelita ma wystąpić jako gwiazda koncertu Subdigitals, lecz stresuje się swoim debiutem, a Jeremie zamiast ją wspierać skupia się na szukaniu kolejnych replik Lyoko. Tuż przed koncertem Xana aktywuje wieżę i przejmuje kontrolę nad menedżerką zespołu, która porywa Aelitę do fabryki. Dziewczyna trafia do Lyoko, gdzie atakują ją potwory Xany i William. Yumi i Odd ratują Aelitę, a Ulrich i Jeremie walczą z osobami opętanymi przez Xanę. Aelita dezaktywuje wieżę i powstrzymuje zagrożenie. Jeremie uruchamia powrót do przeszłości, a po nim koncert odbywa się bez problemów, tym razem z Jeremiem wśród publiczności.

Aelita znajduje zdjęcie z ojcem, na którym Jeremie odkrywa tajemniczy wzór matematyczny. Przez pomyłkę Odd wysyła Sissi zdjęcie Aelity, a jej ojciec rozpoznaje Franza Hoppera. Grupa trafia do gabinetu dyrektora i dostaje szlaban. Opętany przez Xanę dyrektor porywa Aelitę do fabryki. Przyjaciele ruszają jej na pomoc: Odd walczy z dyrektorem, a Yumi i Ulrich pomagają Aelicie w Lyoko. Xana przejmuje kontrolę nad dziewczyną, ale Jeremie używa wzoru, by ją uwolnić. Aelita dezaktywuje wieżę, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości.

Odd przygotowuje szkolny pokaz swojego filmu, ale obawia się reakcji rodziców. Xana przejmuje maszt telefonii i zaraża wirusem osoby odbierające jego telefony. Odporni pozostają członkowie grupy i Sissi. Jeremie odkrywa aktywną wieżę, a Yumi, Ulrich i Aelita ruszają do Lyoko. Odd i Sissi ukrywają się przed opętanymi uczniami. Mimo przeszkód Aelicie udaje się dezaktywować wieżę i ich uratować. Po powrocie do przeszłości Odd pokazuje swój film.

W szkolnej gazetce pojawia się kompromitujące zdjęcie Yumi. Dziewczyna obwinia Odda, który przekonuje Ulricha, by wziął winę na siebie. Tymczasem grupa wyrusza na Syberię, by zniszczyć replikę Lyoko. Xana aktywuje wieżę i pojawia się William. Aelita odkrywa program mogący go uratować, po czym dezaktywuje wieżę i ratuje Yumi. Xana tworzy jednak potężnego Kolosa, który niszczy Skida. Jeremie ewakuuje Odda i Yumi. Po powrocie Yumi wybacza Ulrichowi, a później odkrywa, że to Odd opublikował zdjęcie. W ramach zemsty wysyła do gazetki kompromitujące zdjęcie Odda i Ulricha.

Jeremie informuje grupę o konieczności ulepszenia walki z Xaną i wykorzystania syberyjskiego superkomputera do uwolnienia Williama. Rodzice chłopaka odwiedzają szkołę, zaniepokojeni jego zachowaniem. Aelita, Odd, Yumi i Ulrich udają się do repliki Lyoko. Odd i Aelita odkrywają armię robotów Xany, a Yumi i Ulrich walczą z Williamem i Kolosem. Bohaterowie zostają pokonani, ale program ratunkowy przywraca Williama na Ziemię. Skidbladnir zostaje zniszczony, a Jeremie dezaktywuje wieżę tworzącą klona Williama. Oryginalny William wraca do rodziców i uspokaja ich.

Aelicie śni się śmierć ojca, a Jeremie pracuje nad nowym systemem walki z Xaną. Franz Hopper kontaktuje się z grupą i proponuje spotkanie w Lyoko. William pomaga im uniknąć Sissi, ale podczas misji Xana przejmuje nad nim kontrolę. Hopper przekazuje Jeremiemu potrzebne pliki, a grupa walczy z Kolosem. Ulrich go niszczy, lecz Yumi zostaje zaatakowana przez opętanego Williama. Dzięki poświęceniu Franza Hoppera Jeremie zdobywa energię potrzebną do ukończenia programu. Xana zostaje pokonany, a jego duch opuszcza ciało Williama.

Po pokonaniu Xany grupa jest przygnębiona śmiercią Franza Hoppera. Yumi chce wyłączyć superkomputer, ale pozostali nie są na to gotowi – Jeremie nie chce stracić urządzenia, Aelita wciąż wierzy w ratunek ojca, a Ulrich i Odd lubią rolę bohaterów. Sissi odkrywa sekret Lyoko dzięki podsłuchowi Ulricha, lecz Jeremie cofa czas, by temu zapobiec. Po powrocie do przeszłości Sissi zostaje przyjęta do grona przyjaciół. Cała grupa wspólnie decyduje się wyłączyć superkomputer i zakończyć przygodę z Lyoko.