A.I.C.O. -Incarnation-

Dwa lata po tajemniczym Wybuchu, w którym zginęła jej rodzina, Aiko niemal na nowo nauczyła się chodzić. Jednak pojawienie się nowego ucznia wywraca jej życie do góry nogami.

Kanzaki zabiera Aiko do Miasta, gdzie dawny współpracownik jej ojca, Kurose, mówi jej coś niewiarygodnego: jej mózg przeszczepiono do sztucznego ciała.

CAAC zatrzymuje Aiko i Yuya, ale Nurkom udaje się ich uwolnić. Choć Materia znów wykazuje aktywność, grupa planuje dotrzeć do Punktu Pierwotnego.

Grupa przekracza Bramę dokładnie w momencie, gdy rząd zarządza ewakuację. Ich pierwszym celem jest śluza gilotynowa w punkcie K1, lecz Materia jest aktywna.

Wewnątrz Obszaru grupa odpoczywa i uzupełnia zapasy w obozie. Kurose podwozi Nanbarę, ale ona i Isazu najwyraźniej mają własne plany.

Popisy Kaede opóźniają dotarcie grupy do punktu K2, w którym muszą znaleźć się przed wschodem słońca, by wejść do Obszaru Trzeciego. Isazu mówi Kurose, co zrobił.

Siły specjalne CAAC przechwytują grupę, próbując odbić Aiko. Kurose zdaje sobie sprawę, że córka Isazu, Yuzuha, ma połączenie z Materią.

Nurkowie konfrontują się z Aiko i Kanzakim, ale ostatecznie zgadzają się kontynuować misję. Isazu zostaje dyrektorem laboratorium i dowiaduje się o Jednostce Pierwszej.

Drużyna dociera do ośrodka badań biotechnologicznych w Punkcie Pierwotnym, lecz Isazu zdołał nawiązać połączenie wideo, by skonfrontować się z Kanzakim w sprawie jego intencji.

Aiko ma okazję porozmawiać ze swoim drugim „ja” wewnątrz Złośliwej Materii. W tym samym czasie Materia o ludzkiej formie pochłania Yurę, odsłaniając Yuzuhę.

Isazu łączy się z Materią, by przesłuchać Yurę. Mimo sprzeciwu Nanbary Japońskie Siły Samoobrony szykują się do spalenia całego Obszaru.

Na sali operacyjnej Yura przyznaje, że zmienił zamiary pod wpływem decyzji Aiko. Kurose próbuje zerwać połączenie między Yuzuhą a jej duplikatami.