Shangri-La

Po dwóch latach odsiadki Kuniko wraca do swojej wioski. Momoko cieszy się, że dziewczyna jest już bezpieczna w domu, jednak przybycie oddziału szturmowego dowodzi, że nie wszystkim podoba się jej odzyskana wolność.

Kuniko wraz z sojusznikami zapuszcza się w niebezpieczne zarośla poza wioską, nie zdając sobie sprawy, że w pobliżu czai się zwiad z Atlasu. W międzyczasie na rynku węglowym wybucha chaos, gdy Karin wypuszcza Medusę.

Kiedy Miiko wygrywa szansę na przeniesienie się do Atlasu, Kuniko zaczyna ciekawić, jak wygląda życie w mieście. Z podrobionymi przepustkami w dłoni wyrusza na misję infiltracyjną – nie wszystko idzie jednak zgodnie z planem.

Kuniko i Momoko wyruszają do Akihabary, by spieniężyć część bogatych w węgiel zapasów grafitu należących do Metal Age. W tym samym czasie Karin próbuje ustalić tożsamość tajemniczego nowego gracza na rynku węglowym.

Śledząc poczynania Kunihito w Akihabarze, Kuniko spotyka go w miejscu publicznym. Ponieważ oboje nie ufają swoim zamiarom i metodom, rosnące między nimi napięcie w końcu prowadzi do przemocy.

Karin i japoński rząd wdrażają ryzykowny plan, by wywabić Orochi na otwarte pole. Gdy lokalizacja programu wychodzi na jaw, Ryoko przejmuje dane – a amerykańskie wojsko rozpoczyna atak.

Po aresztowaniu przez żołnierzy Atlasu Kuniko odkrywa, że w areszcie, który dopiero co opuściła, sprawy przybrały znacznie gorszy obrót. Na czele placówki stoi teraz nowa, bezwzględna naczelniczka: Ryoko.

W obliczu zbliżającej się egzekucji Kuniko otrzymuje wizytę – i paczkę – od Momoko. Później, gdy pluton egzekucyjny mierzy do celu, brawurowa próba ucieczki kończy się tragedią.

Kuniko, która już teraz zmaga się z poczuciem winy po schwytaniu Momoko, musi zmierzyć się z jeszcze większym bólem, gdy wraz z Takehiko dokonuje makabrycznego odkrycia na terenie więzienia.

Przytłoczona losem Momoko Kuniko próbuje zrozumieć i zaakceptować własne przeznaczenie. W międzyczasie Ryoko korzysta ze swojej nowo zdobytej władzy jako premier i przypuszcza atak na Medusę.

Po spotkaniu z tajemniczym chłopcem w głębi swojej kryjówki Karin musi zmierzyć się z ponurą prawdą o swoim samotnym życiu. Z kolei Kuniko z trudem odnajduje się w roli nowej przywódczyni Metal Age.

Wstrzymanie projektu osadniczego Atlasu przez Ryoko nie podoba się Kuniko, która zaczyna planować szturm na miasto. Gdy Metal Age przygotowuje się do uderzenia, w Duomo pojawia się znajoma twarz.

Wojna Metal Age przeciwko Atlasowi rozpoczęta! Kuniko prowadzi ryzykowny atak powietrzny na miasto, podczas gdy w murach samego Atlasu wybuchają zamieszki. W samym środku bitwy Karin próbuje ubić własny interes.

Metal Age przenika do Atlasu, ale zamieszanie wywołane przez nieustannie zmieniający się krajobraz przynosi poważne straty. Później Kuniko odkrywa wstrząsającą prawdę o przeszłości miasta, która na zawsze odmieni jej los.

Bojownicy Metal Age są zaskoczeni decyzją Kuniko, która zgadza się na zawieszenie broni zaproponowane przez władze Atlasu. Tymczasem Ryoko zwraca się przeciwko Tarsianowi po tym, jak Karin nasyła Medusę na Zeusa.

Po konfrontacji z Nagiko na temat jej dawnej roli w rządzie Atlasu Kuniko musi podjąć trudną decyzję. W tym samym czasie udaje się ustalić źródło ostatnich, niewyjaśnionych dotąd ataków artyleryjskich.

Gdy zaufany sojusznik zdradza Kuniko, napięta sytuacja szybko przeradza się w tragedię. Później Kuniko wyrusza do Akihabary po broń przeciwko daedalusom i trafia tam na znajomą twarz.

Kuniko odkrywa zaskakujący fakt, który może łączyć ją z Mikuni. Później Nagiko wraca do Duomo i proponuje zorganizowanie spotkania Kuniko z Ryoko – ale młoda przywódczyni Metal Age ma własny plan na rozprawienie się z Atlasem.

Kuniko bierze sprawy w swoje ręce i osobiście niszczy swój ukochany dom w Duomo. Podczas gdy na Japonię spadają bomby, plan Karin, by zarobić na kryzysie gospodarczym kraju, wali się w gruzy, gdy traci kontrolę nad Medusą.

Gdy żądza zemsty Mikuni i powiązania Ryoko z Zeusem sprowadzają zagrożenie na cały świat, Kuniko poprzysięga ich powstrzymać. Zanim jednak zdąży cokolwiek zrobić, pojawia się uzbrojony Kunihito – i bierze ją na celownik.

Tarsian, Karin i Nagiko próbują powstrzymać Medusę przed doprowadzeniem do nuklearnej zagłady. W tym czasie Kuniko pędzi do grobowca Himiko, by stawić czoła Ryoko i powstrzymać Mikuni przed wyciągnięciem świętej włóczni.

Atlas staje na skraju upadku, zagrażając życiu wszystkich wewnątrz. Jeśli mieszkańcy miasta mają ocaleć, a Japonia podnieść się ze zgliszcz swojej trudnej przeszłości, Kuniko musi stoczyć bój ze wskrzeszoną Himiko.