Pentagon: Sektor E

Pułkownik McNulty popada w konflikt z majorem Jimem Tisnewskim. Major musi przekonać swoich przełożonych w Pentagonie i Kolegium Połączonych Szefów Sztabów, że Stany Zjednoczone powinny zaryzykować wojnę z Chinami, aby ocalić amerykańskiego agenta.

McNulty i jego ludzie muszą działać szybko, aby sojusznik terrorystów nie wymknął się im z rąk. Tymczasem w misję JT, polegającą na wysłaniu jego dawnego oddziału w sam środek niebezpieczeństwa, wplątuje się ktoś z jego przeszłości, gdy ryzykowna operacja wymaga udziału najlepszych komandosów.

McNulty wysyła JT na misję do Iraku, by ustalić, skąd wzięły się nieautoryzowane tajne działania i czy USA bezprawnie naruszają terytorium Iranu. JT zostaje jednak ranny i musi uciekać. Sonny i Algazi zbierają zespół, aby wydostać go z Iraku. Inspektor Generalny oskarża McNulty'ego o molestowanie seksualne.

W Afryce pojawia się zagrożenie przypominające ludobójstwo w Rwandzie, co motywuje J.T. do działania. Mężczyzna szuka poparcia u ambitnego biurokraty, podczas gdy zegar nieubłaganie tyka.

Kryzys w Surinamie skupia się wokół dwóch marines podejrzanych o gwałt na nastolatce, na których poluje żądny zemsty tłum. J.T. chce ewakuować żołnierzy, ale jego plan zderza się z politycznymi priorytetami i międzyrządowymi sporami.

Naciski ze strony różnych agencji dają się we znaki J.T. w związku z podejrzanym o terroryzm w Sarajewie, który uciekł z więzienia i stał się politycznie niewygodnym problemem.

Część 1 z 2. Angie zostaje postrzelona w Waszyngtonie podczas brutalnego ataku powiązanego z kolumbijskim kartelem narkotykowym, który wraz z J.T. rozpracowywała lata temu pod przykrywką. Wydarzenia te powracają we wspomnieniach, które ukazują również początki ich związku.

Finał. W Kolumbii J.T. ryzykuje życiem podczas tajnej misji, której celem jest dorwanie morderczego barona narkotykowego. To pełna dwulicowości i intryg operacja, która budzi w J.T. poczucie winy i chęć zemsty.

J.T. wyrusza do Detroit, by opanować delikatny kryzys zakładniczy po tym, jak radykalna grupa chrześcijańska przejmuje meczet i więzi zgromadzonych w nim ludzi.

McNulty i J.T. organizują misję ratunkową w odległym rejonie Filipin, by ocalić pojmanego komandosa Navy SEAL, którego trzy lata wcześniej uznano za zmarłego. Operacja napotyka jednak na liczne przeszkody, w tym opór ze strony cywilnej komisji nadzorczej Pentagonu.

Jest Wigilia, ale J.T. ciężko pracuje nad specjalną misją pomocy afgańskim wieśniakom, którzy zmagają się z gwałtownym załamaniem pogody i, co gorsza, nadciągającymi talibami. Tymczasem Samantha poznaje ojca J.T., który prosi ją o wyjątkową przysługę.

J.T. i jego zespół robią wszystko, by udaremnić zamach bioterrorystyczny, gdy okazuje się, że w nielegalnym laboratorium produkowana jest zaraza. W międzyczasie związek J.T. z Samanthą zostaje wystawiony na próbę, gdy kobieta otrzymuje kuszącą propozycję.

J.T. i jego zespół ruszają do akcji, by zbadać sprawę zbrodniarzy wojennych w Sarajewie, jednak misja komplikuje się, gdy prawniczka, którą mają chronić, zostaje otruta.

J.T. awansuje na podpułkownika i staje na czele wielu jednostek do zadań specjalnych na całym świecie. Świętowanie przerywa jednak porwanie cenionego amerykańskiego generała w Hiszpanii przez terrorystów, którzy zabijają przy tym jego żonę. W międzyczasie rozkwita życie uczuciowe Pierce.