Shoumetsu Toshi

Pewnego dnia z mapy całkowicie znika całe miasto. Trzy lata później kurier samotnik imieniem Takuya ratuje Yuki, jedyną ocalałą ze zjawiska zwanego Lost, po czym oboje wyruszają w podróż ku pustce, która niegdyś była tętniącym życiem miastem.

Gdy tajemniczy chłopiec ciężko rani Takuyę, staje się jasne, że wyprawa prosto do Lost jest zbyt niebezpieczna. Yuki i jej towarzysze próbują uciekać, lecz drogę zagradzają im Suzuna oraz Agencja. Na dodatek pojawia się groźny, uzbrojony w nóż Tama-shi.

Takuya, Yuki i Geek utknęli w dziwnej czasoprzestrzennej kieszeni w pobliżu Lost. Martwiąc się o Yumiko i Koutę, szukają wyjścia. Nagle Geek dostrzega coś, w co nie potrafi uwierzyć. Na jego oczach pojawiają się członkinie grupy SPR5, w tym Yua.

Takuya trafia na OIOM, a Yuki zmaga się z traumą po tym, jak zraniła młodszego brata. Niczego nieświadomi bohaterowie stają się celem działań wielu osób – jedni ruszają im z pomocą, by odkryć prawdę, inni robią wszystko, by plany Agencji mogły wejść w życie.

W obliczu niedawnego odkrycia Łez Tsuki przed Takuyą staje słynny iluzjonista Yoshiaki. Prosi o pomoc w schwytaniu Tsubasy, przywódcy szajki widmowych złodziei X. Miotani wątpliwościami Yoshiaki i Yuki ruszają tropem swoich bliskich.

Yuki staje do walki z Soumą, mając nadzieję, że uda jej się przywołać go do rozsądku. Czasami jednak trudno zrozumieć prawdziwe uczucia rodzeństwa. W chwili gdy wydaje się, że zapędzili Soumę w kozi róg, ten przyzywa Tsubasę i przechodzi do ataku.

Takuya konfrontuje się z własną przeszłością – nieudaną misją w Akademii Światła Nadziei dla Niepełnosprawnych Dzieci. Po przekroczeniu jej progu Takuya i pozostali wpadają w kolejną czasoprzestrzenną anomalię. Mają jeden cel: zdobyć dowody, które pogrążą korporację Lacuna.

Takuya i reszta grupy postanawiają zinfiltrować Laboratorium Chemiczne Lacuna, by zmusić Agencję do ujawnienia swoich działań. Z pomocą Yoshiakiego nagłaśniają nadużycia firmy w mediach, zmuszając policję do reakcji.

Spośród ochotników z życiem uchodzą jedynie Daichi, Taiyo i Tsuki. Cała trójka rozpoczyna prace nad Projektem Noah, aby ocalić miliony swoich rodaków. Podczas dalszych badań Daichi poznaje kobietę o imieniu Miyuki i zaczyna kwestionować sens swoich działań.

Yuki i Takuya muszą podjąć trudną decyzję. Eiji i Kikyo próbują odwieść ich od wyprawy do Lost, uświadamiając im prawdziwe niebezpieczeństwa tego miejsca. W tym samym czasie Taiyo przechodzi do ostatecznej fazy swojego planu dokończenia portalu.

Dzięki wsparciu sojuszników Yuki i Takuya zdołali przedostać się do Lost. Zaraz po wejściu wpadają w wir własnych wspomnień. Jedyną rzeczą, która pozwala im iść naprzód, są głosy przyjaciół oraz łącząca ich więź.

Takuya i Yuki nie tracą panowania nad sobą po dotarciu do Lost. Odkrywają, że Taiyo próbuje wyeliminować ojca Yuki, Daichiego. Podczas walki Daichi wyjawia córce, że przygotował dla niej wszystko, a ona sama musi teraz dokonać ostatecznego wyboru.